Hiromi Matsumae
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Evolutionary biologist using genomics and traits analysis. Human Evolution (genetics & culture), Fungal Evolution, Computational Biology
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いまだに生命の進化のイラストでは多くの系統樹が人間をゴールとして描くこともある中で、1995年の出版のかこさとしの科学絵本「人間」は、人間の進化史がテーマなのに系統樹は人間中心ではないのが、画期的だったと今になって思う
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S06 『シンポS06 進化学者が子を抱えてガッツリ研究発表する。 果たして無事に終えることができるのか！？』2人目の
@kfuku0502
のトーク始まりました！
食虫植物の捕食シーンに釘付けの子供達👀
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私が知りたいことの一位は、ヒトはいつから排便の後に拭くようになったのか、生理の血を垂れ流してたのか、である…
妊娠出産子育てしながら考古学を細々とですが続けているのですが、私もどうしていたんだろう？と思います。縄文時代や弥生時代の「子育て」についてはほとんど分かっていないと思います。
遺跡出土人骨の同位体分析や病変等を探る御研究はありますが日々の具体的な事となると分からないです。
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研究者界隈で、土曜日の国際生物学賞Dr. Richard Durbinの講演（研究者向け）を聞かれた方はどのくらいいるのだろう。英国はヒトの医学研究だけではなく生物多様性のゲノミクスでも世界を圧倒的にリードしている。講演内容は、ゲノム解析の歴史とヒトゲノム、後半はTree of Life Project(ToL)で (続
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日本の生物多様性業界の人から見たら衝撃では？ToLプロジェクトでは、
英国・アイルランドの7万種を対象に、バーコードではなく、ロングリードやHiCで高精度全ゲノムを生物で解析し、ただ読むだけでなく、ゲノムと生息環境との関係を調べるとかやっているわけです。（続
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この業界でスヴァンテが圧倒的だったのは、人類進化の研究成果はもちろんだけど、そこに至るまでの実験もバイオインフォも徹底的に技術に拘るところ。常に最先端の技術を研究に取り入れて、必要な技術ならゼロから開発するくらい遡ってやる。
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培養肉とかオルガノイド流行ってるけど、材木の人工培養系はないのかな。樹齢100年の木と同じ木材を工場で一年で作れたらエコでいいのに。植林いらずで花粉フリーでヒノキが手に入って、家庭のお風呂も総檜が選べたら素敵では。草本に比べて樹木は難しいんだろうけど
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2023年の進化学会で、子連れシンポから託児所の裏側まで子育て世代の学会参加についてまとめた記事が一般公開されました。6ページも書いたのでみんな読んでね！日本進化学会ニュースvol.24 No.3 （2023.11.29発行）
S06 『シンポS06 進化学者が子を抱えてガッツリ研究発表する。 果たして無事に終えることができるのか！？』2人目の
@kfuku0502
のトーク始まりました！
食虫植物の捕食シーンに釘付けの子供達👀
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今週Natureに発表されたNIHの24万人ゲノム解析"All of Us"が、不適切な遺伝学用語や手法で社会に誤解を招くとし、集団遺伝学やバイオインフォマティクス研究者から大きな批判を浴びています。
私たち日本の研究者も10年前に同様の課題を指摘しています
The All of Us paper is rightly being criticized for its UMAP figure, which suggests an overly discrete view of human variation—a problem that is compounded by colouring the plot with self-identified race and then omitting the “self-identified” from the title & legend. 1/n
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辞令をいただいて助教→講師になりました。学内外の業務が増えた結果、新たに日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)ではダイバーシティ推進担当を拝命しました。これまでJSBiには貢献できていませんでしたが、今後は男女共同参画に限らず、DEI案件に対し会員の皆様のご相談に乗れたらと思います。
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Our paper illuminating the relationships between culture and genetics in NEAsia with
@BalthasarBickel
@PatrickESavage
@blasi_lang
@kkshimizu1
@hiroki_oota
published from
@ScienceAdvances
! Thanks for support
@evolinguistics
@NCCR_Language
@uzh_evolution
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冬休みの課題図書。何冊かは読みかけなのと、のんびりリファレンスチェックしていくので、読み切り重視ではない。
Williamsの「適応と自然選択」は今年読んだ本で一番良かった。未だ古びず1960年代とは思えないし、辻先生の解説も勉強になる。進化研究者向け
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英国では国レベルで基盤のデータベース作り、インフォマティクスの解析法、生物学的解釈（病気から自然史まで）を一貫して明らかにしていく、まさにデータの博物学・博物館が英国で出来上がるのを目の辺りにしているような、そんな刺激的な講演でした。（終
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#進化学会 子連れシンポについて
@Ishikawa_Yuki
@AsanoIshikawa
とインタビューを受け、
@MadokaNakano
が政治・学術・産業界での子連れ出張を東洋経済オンラインでまとめてくださりました。記事では女性中心だが、進化学会では男性
@Parapriacanthus
も子連れ参加。父親の子連れ出張も広がるといいですね
【母親の｢子連れ出張｣に理解が及ばない日本の現実】 やる気があっても｢出張できない｣母親たちの苦悩 #東洋経済オンライン
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8月に公開された論文がScience Advances誌の今年5番目のfocusに選ばれました！著者はマックスプランク人類史科学研究所の
@SimonJGreenhill
氏で平易な文章で紹介してくれていてとてもありがたいです。また他のfocusの4報は生命医学で、このような研究が取り上げられるのは光栄に思います。
Do languages and genes share cultural evolutionary history?
A commentary on
@hmat_evo
et al's new paper.
#linguistics
#genetics
#culturalevolution
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UKはヒトゲノムでもイギリス人のゲノム情報をUK Biobankとして収集・解析・研究者向けに提供するプロジェクトで これまでにこのデータを使った数千本の論文が出ていて、ゲノムは2023年12月で当初の予定通り50万人のデータを達成。（続
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文化や生物のデータ解析をしてみたい方へ。年末に27ページに渡る和文総説が公開されました。主に用語解説に力点置きました。
@chalkless
@dancing_infobio
@mothprog
+畠山さんとの共著です。度重なる修正に応えて下さった編集部と査読者の方々には感謝です。解説は後ほど
おまたせしました、Primersに追加記事として、東海大・松前さんらによる「生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス」を公開しました。様々な広がりを見せる生物多様性情報や文化情報の研究に関する非常に充実した紹介記事となっています。
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タイプ標本をガッツリ削ってまで読んでたからねー Fig1参照
化石の中の保存状態の悪い古代 DNA を微生物ゲノムのコンタミなどと分離して解析する難しさを乗り越えたことがブレークスルーとのこと。バイオインフォマティクス的にも高いハードルだったようだ。
#nobelprize2022
#nobelprize
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生物多様性情報の利用については、例えば、進化生態ゲノミクスの研究をやろうと思ったら、自分でフィールドに行きサンプリングするしかないですが、ゲノムと観察•環境•標本情報が紐づいた公開データがあれば、ドライだけでもそうした研究ができるようになるかも？！というsuggestionです
来週月曜は、IIBMPでワーク��ョップ「遺伝子から飛び出せ！ネオ・マルチオミックス解析の未来 』を
@dancing_infobio
と企画します。文化データ解析や生物多様性情報などを使ったバイオインフォに関心のある方はご参加ください。録画なしです！
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『生物学者のための科学哲学』をパラパラ読んでいる。どの章を開いても最近の問題意識とオーバーラップして役立つ！あ〜なんだ他の人もそう思ってたのか、と安心できる笑。科学哲学の役割の1つにファシリテーターがあったと思うけど、本当にそうなっている書籍だと思う
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そういえば子供の用事の待ち時間に、三中さんのこれを読みました。分けすぎる功罪、なんでもデータになる時代の課題かなと。他の記事は専門すぎて読めてませんけど
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北大の人間知×脳×AI研究教育センター(CHAIN)のサマースクールで進化の集中講義を担当します。先日初めて打ち合わせを行いましたが、CHAINのカリキュラムの手厚さを知り、学びの場の構築に貢献できればと身が引き締まる思いです。私自身も刺激を受けるだろうなと想像中。楽しみにしています。
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先日、夏休みこども科学インターネット相談にお答えした内容ですが、関連して、東アジア〜シベリアの言語の多様性を分析した研究が論文になりました。ちょっと難しいかもしれないけど、よろしければお読みください。日本語プレスリリース→
お待たせしました「夏休みこども科学インターネット相談」第８回の配信でう。今回の質問は「なぜ世の中にはいろんな言語があるのか？」、答えてくれるのは自然人類学／進化言語学が専門の松前ひろみ先生です！
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AI produced a cover picture of my lecture tomorrow on the concept of evolution of the mind
#midjourney
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この本、パラパラ眺めたけど生体試料やそこから得られたデータの品質を一定に保持する上ですごくいいですね。バイオバンク向けですが、研究室レベルでも役立ちます；生体試料ごとの保存方法や品質管理、ラベリングなど、暗黙知になりがちな部分をISO基準で分かりやすく紹介。
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私見ですが、彼の業績は、一つの素晴らしい薬を作りました、というシンプルなものではなく、広く浅くヒトの定義やその解析法を築いていった、ヒトに対する科学の裾野を広げたとも言えるのではないか。一応書いておくと、過去には彼はオオナマケモノやクアッガなどの絶滅種も解析したことがある
ペーボ博士らの研究は、ヒト以外のほかの生物の分子系統解析にも影響している？の？だよね？ そういう意味も含めての受賞という意味合いもあったりなかったりするのだろうか？（確信がないので終始疑問形）
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1/31(火)に崩し字等人文学のデータベースで有名なROIS北本朝展先生をお呼びして文化x情報のワークショップを行います。下記HP要参加登録。以下スレッドにて私の視点から文系・バイオインフォ系・情報系向けに説明します。一緒に文化のデータ化とは何か考えましょう！
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ちょうど進化学会で話をしていて、文化•心理研究のための現代進化生物学入門とかあったら需要あるのかなあと思ってたところではある。
"Selection by consequence" のことだと思うけど「種の自然選択」とは実際書かれていて、コメンタリで「もうちょい生物学お勉強してほしい(意訳)」とお叱りを受けている。1981年の論文だから、そらそうなりますね。
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An excellent summary for our paper by
@SimonJGreenhill
, a leading researcher of human cultural evolution, is now available in Sci Adv. I'm also very honored to be selected as the fifth focus article of Sci Adv this year! (the other four are biomedicine) 🎉
Do languages and genes share cultural evolutionary history?
A commentary on
@hmat_evo
et al's new paper.
#linguistics
#genetics
#culturalevolution
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ヒト発生のロングリード遺伝子発現解析からアノテーションされてないアイソフォーム（コード領域と非コード領域両方）が万単位で発見されたとのこと。まじか。あとで読む
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[予告] 7/28(木) 15:30 東大本郷（ハイブリッド）で
@ThomasPellard
のセミナーを予定しています。生物学者・考古学者向けに、6/12に投稿されたトランスユーラシア語族に関するpreprintの内容についてお話し頂く予定です。事前の参加申し込みは後日、案内を出します。
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進化学会ニュースレター「進化学xダイバーシティ:育児世代の座談会」にて
@Ishikawa_Yuki
@Parapriacanthus
@MasakiHoso
@marie_saitou
@MasatoYamamichi
他と日常生活から今後の学会のあり方まで語り合った内容が14ページにもなりました❗この機会に会員になって読んでもらえると嬉しいです
日本進化学会ニュースVol.24No.1が発行されました！今回は、学会賞受賞記を中心にお届けします。会費納入済の会員にはMLでDL情報が送られていますのでご確認ください。
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1時間後です！後日、録画を公開予定です。
来週講演します！
日時：7/28(木) 15:30〜
話題：トランスユーラシア語族論文(Robbeets et al., 2021, Nature)への反証論文()の内容を中心に、生物学者・考古学者向けに言語学の解析についてお話しします
場所：東大本郷キャンパス・Zoom
事前登録：
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この総説、私のゲノミクスへの関わり方に近い。ヒトゲノムの知見を非モデルに導入して進化や生態を見たいし、非モデルをやったからこそヒトだったら自分でやらなくて済むような新しい技術を使えたわけで。
Genome annotation: From human genetics to biodiversity genomics
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DryからWet始めたけど、データ取得の解像度が飛躍的に上がった。wetはドライ以上にノウハウが暗黙値だらけなのでwet→dryよりdry→wetのハードルはずっと高い
データサイエンス専門の助教の先生が
「いつか自分で実験してデータをとりたい。論文に書かれている生物・化学系のデータがどのような方法で取得されるのか、全くイメージが湧かない」
と嘆いていました。wet出身の自分にはない悩みですが、dry出身の人にはあるあるなんでしょうか？
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先日、子が小石川植物園の牧野展の紹介をNHKで見て、原画の精緻さに魅せられ植物園行きたいとのこと。真夏になる前に行きたい。読売KODOMO新聞 、MOE、日経サイエンスと我が家で購読してる媒体が牧野特集してたおかげで牧野富太郎が映ると「野草に名前をつけてあげた優しいおじいさん」と認知してる
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めちゃくちゃ気になる→「文系学問をガチりたくない理系勢は何を知っておけば良いか」中川奈津子（国立国語研究所）
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論文チラ見メモ（Figしか見ていないので不正確）。腸内細菌はヒトと進化史を共有しているか＝共多様化(codiversification)しているか？ 共多様化という言葉は聞いたことが無かったが(PubMedで107件)、共生微生物とかで使われているのか。 (1/4)
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知り合いの職場でのポスドク募集です。分子生物学経験者が国立科学博物館で働くチャンス！科研費等申請資格があり自由度もあるようです。事務の都合で応募期間が1ヶ月になっているようですが、詳しい業務を知りたければ中の人におつなぎできます。
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NCBI Taxonomyのstaff scientistの募集がかかってる。植物・藻類の分類学の知識＋インフォのスキルがあると良いみたいです
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進化生物学を学ぶと、いろいろな生物現象を分布として見ることができ、最頻値や平均値だけを見て定義することの難しさが分かるかと
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保全生態学・生物多様性ゲノミクスで流行ってきた標本DNAも先に古代DNAでの蓄積があったからでしょう。古代ゲノムはコンタミの確認はかなり徹底したし。コンタミ検出の論文読んでたら、例えばこういう技術はバイオリソースのコンタミ管理などに使えるとあって、なるほどと思いました。
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中堅世代に負担となる学会を畳むべきか議論。情報処理学会2024年2月号稲見先生の記事が分かりやすい。運営は目上の教員や会社の指示で手伝うような話が多いが、本来、内発的動機のあるメンバーが多い方が健全「この指とまれ力」。ニコニコ学会βでは設立当初から10年やったら（1/4)
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ゲノムを読んだだけでは毒か分からないものもあり（薬物間相互作用や代謝経路の予測など）、インフォでやれること、やるべきことはたくさんあると思います
話題の紅麹や酵母菌、カビもみんなキノコの仲間なのだけど、食品としてメジャーだったスギヒラタケが実は最近になるまで毒とわからなかったように、それなりのゲノムサイズを持つキノコ連中ってまだ知られてないだけで「実は毒がある」パターンはあるんだろうなって気がする。
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去年からこの話を簡単に1年生向けの授業で紹介している。生物・医療系の学生は必読だと個人的には思っていますが、多様性・遺伝・差別・障害といったキーワードに関心がある人はぜひ読んで欲しい
従来の色覚検査は「自己の特性」を適切に知ることができないことが分かってきたにもかかわらず、日本眼科医会は従来検査を再開したいとしているのが大きな問題なのです。学校健診の必須項目から外れた最大の理由は、従来の色覚検査が本人の困り事とあまり相関しないことがわかったからです。
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鮮魚コーナーに連れて行くと丸物を欲しがり先週はイカ。「イカの脳ってどこにあるの？」と言われて食べる前に観察。こども向けのイカの解剖コンテンツや図鑑はあるけど、中枢神経がどこにあるかはなかなか書いてないですね。ダーウィンがきたでダイオウイカやってたから興味津々🦑
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物理学の人が本格的に実験生物学に参入するのも珍しくなくなってきたように、哲学の人もナマモノとしての生物学を体験してみたらどうかな
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来週月曜は、IIBMPでワークショップ「遺伝子から飛び出せ！ネオ・マルチオミックス解析の未来 』を
@dancing_infobio
と企画します。文化データ解析や生物多様性情報などを使ったバイオインフォに関心のある方はご参加ください。録画なしです！
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平塚市美術館で開催中の段ボール物語展by
@tamada_taki
で段ボールでできたカメレオンを抱っこできるよ。生き物がとてもリアルで生き生きしているので生き物好きクラスタにオススメ。作り方もYouTubeで紹介しており、段ボールとボンドだけでできる過程が面白かった
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立ち見、満員御礼です！
S06 『シンポS06 進化学者が子を抱えてガッツリ研究発表する。 果たして無事に終えることができるのか！？』2人目の
@kfuku0502
のトーク始まりました！
食虫植物の捕食シーンに釘付けの子供達👀
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演者にNGS猛者が並ぶ中、de novo assemblyも核酸抽出もど素人の人間が、多くの人達の協力を得て先行研究の少なかったキノコのゲノムをMinIONで読んだ挑戦録を話します。午後から参加ですが、会場でお会い出来るのを楽しみにしてます！
@DEMETER298
,
@mika_san123
,
@yaskaz
らとの共同研究です
来週の10月4日にナノポアユーザ会を開催するので、ぜひ皆様お越しください。コロナ対策で参加人数少し控えめにしていますが、久しぶりの対面での会を楽しみにしています。Adaptive Sampleの詳細に加え、会場ではデモも予定しているので現在ご検討中の方もお気軽に！
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職場の本棚その1を整理。下段→基礎生物学の授業で使うシリーズ、中段→バイオインフォ、実験手技系、上段→ハウツー本、実験医学、真菌医学。だいぶ先生っぽいラインナップになった。なお他の本棚は人類、言語、文化、進化その他の本が詰め込まれ雪崩の危険ありで未着手🫠
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門外漢のつぶやき。生物多様性がビジネスになるのであれば、生物多様性そのものの評価を支える分類学者が圧倒的に不足している問題はどうするんだろうか。企業が新たに分類学者を雇用するような動きもあるのかな（基礎学問でも生命倫理、遺伝人類学など雇用が生じた例あり）
生物多様性が”お金”になる未来。
生物多様性指数でスクリーニングされた企業で構成される初めての投資信託が遂に始まるようです。記事によると、機関投資家向けの生物多様性関連のリスクをヘッジするためのファンドのよう。
生態学者として気になるのは指数の中身ですが、
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この一年、おにぎり主義だった新小2さんのお弁当を地味地味弁当（ピーマンと鮭が乗った海苔弁）にしてみた。苦情くるかなーって思ったら、超美味しかったとのこと。新年度イチ嬉しかった！明日のリクエストは日の丸弁当（ただし梅干しの代わりに鮭ほぐし身）です。
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A new postdoc, Yuri Nishikawa joins my group today! He will work on cultural evolution. I'm really happy to work with him!
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カイコの繭標本という自然史標本なのか人文資料（科学史）なのか、カテゴライズするのが難しい例とのことでした。面白い、見てみたい。//東京農工大学科学博物館 デジタルアーカイブ「繭標本・生糸・真綿」資料の公開
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#JCoLE2022
the last week was my first conference where sign language interpreters were present. I hope the attendance of interpreters will be more common in our societies.
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『ゲノミクス時代の文化進化』というタイトルでお話させて頂く予定です。
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すごく面白かったです。おすすめ
3月3日に行った私の最終講義の録画がアップされました。少し専門的ですが、進化に興味のある方に視聴いただければと思います。#進化 #多様性 #変異
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恐竜マニアって訳でもない6歳が「これは哺乳類っぽい？？」と気づいてたので褒めた（今回の目玉な装盾類との比較のアルマジロ）
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After 17 hours of flights, I'm in Europe for the first time in five years. Warmer than I expected. When I came here five years ago, my ability to listen to German worsened because my brain memory had been used up by looking after my baby. Now it has got better😆
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進化学会は台風直撃っぽい。沖縄の台風は本州の台風とは別物なので、停電でも宿泊施設こもり生活ができるように、ライトと充電器、子供用時間つぶし用品をかばんに入れる（←在沖縄時に超大型台風が通過した時の教訓）
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参加登録はこちらからお願いします🤲
登録締切：オンライン参加は7月22日（金）、Zoom参加は7月25日（月）
[予告] 7/28(木) 15:30 東大本郷（ハイブリッド）で
@ThomasPellard
のセミナーを予定しています。生物学者・考古学者向けに、6/12に投稿されたトランスユーラシア語族に関するpreprintの内容についてお話し頂く予定です。事前の参加申し込みは後日、案内を出します。
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我が家の5歳児によると、カメムシとカブトムシは「か」で始まるので同じ仲間。鳥類と蝶類はどちらも飛ぶちょうなので、昔の人は同じ言葉にしたのではないか、とのこと。形の相似ではなく言葉で分類する傾向がある
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東洋経済オンラインで掲載して頂いた進化学会沖縄大会の子連れ参加の裏側を、託児所設置の苦労話から子連れシンポのアンケート結果まで超詳しく紹介しました！回答してくだった方を始めとしてご協力ありがとうございました。会員でない人は次号発行時に一般公開されるのでそれまで待ってくださいね🙌
日本進化学会ニュースVol.24No.3が発行されました！今回は、沖縄大会の大会報告を中心にお届けします。会費納入済の会員にはMLでDL情報が送られていますのでご確認ください。
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来週木曜です。菌類に関するデータベースをどう作って行くか？の話だそうですので、データベースに関心があるバイオイン��ォマティクスの方もどうぞ！
菌学会の自由集会『菌類の機能形質と環境条件』にて話題提供します．大会登録者以外でも事前登録にて無料参加できます．どの話題も面白そうで楽しみです！
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人類学や進化以外でも洋書の教科書を何冊か持っているが（主に遺伝医学）、ネアンデルタールの話とかデニソワからの高地適応遺伝子流動の話とかフツーにページ割いてるんだよね。日本とは捉え方が違うとは思う
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会員にはメール配信済みですが、今年の日本進化学会のHPが公開されています。日程等、詳細な情報は今後更新予定です。参加をお待ちしてます！
神奈川県・2024年8月21日（水）ー24日(土）
大会テーマ 「木村資生 生誕100周年」
大会ホームページ
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過去に参加したコロナ禍の国内オンライン学会で、プログラムがワーキングタイムに始まり終わる学会は、日本バイオインフォマティクス学会の年会が初めて。日本の学会にありがちな隙間のないプログラムだと子供の送り迎えや家事で参加できなくなる。切り捨てられないのはありがたい。
#IIBMP2021
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遺伝人類学における「人種、民族、祖先」の使い分けとは何か。他のヒト・人間に関する研究分野の方、ぜひ読んで頂けたら。
Do you know the differences in “race, ethnicity, and ancestry” in human genetics? The points in this paper are common knowledge in anthropological genetics but are not in other research fields related to human studies. Read it!
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これで言うとスエヒロタケでは、もともと菌株維持がイージーモードな利点はあったけど、1人だとゲノム読むとこ中心に周辺の技術やリソースを埋めるところが精一杯。ゲノム編集は時々聞かれるけどそこまで達してないのでやりたい人いたらどうぞ！
基礎生物学研究所 新規モデル生物開発トレーニングコース「自分が本当にやりたい研究に向けて、新しく生物を導入したい研究者のために〜入手して、解読して、編集・解析して、保存・管理する〜」
2024年3月5日(火) 13時 〜 6日(水) 16時 ハイブリッド開催
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今週のJCは利き手を決める希少変異の論文にしようと思い読み始めた。人類進化では脳と手の左右差は重要な話題の1つで、他の類人猿はヒトほどの顕著な差が見られないと考えられる。サラブレッドは利き足があり、競馬の勝敗を決めることも。野生では左右差に意味があるのかな。
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