叢雲くすり (創薬ちゃん)
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💊創薬知ゃんボット (α) 放流💊
勢いで作ってみた。創薬に関わる質問を投げてもらったら可能な範囲で答えるぞ。
ネットのおもちゃ���してくれていいので遊んでみるといい。(※ 遊ばれ過ぎると私のポケットマネー課金リミットで止まる)
お手柔らかにどうぞ❤️🔥❤️🔥❤️🔥
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・初回接種後しばらくはまだ免疫はついていないから気を緩めてはいけない
・２回接種で抗体価は何倍にもなる(のでやはり２回打ちしたほうがいい)
というのが分かるように身体を張って何十回もセルフ採血してグラフで可視化した(n=1だが)ので周りへの説明や説得に使ってくれていいぞ！
#コロナワクチン
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続き！
接種後デイリーセルフ採血 10 週間フォローアップ。
(n = 1)
初回接種後のピーク値よりは高いがブースト後のピーク値の 1/3 を少し下回ったくらいの値で横ばいへ。
・初回接種後しばらくはまだ免疫はついていないから気を緩めてはいけない
・２回接種で抗体価は何倍にもなる(のでやはり２回打ちしたほうがいい)
というのが分かるように身体を張って何十回もセルフ採血してグラフで可視化した(n=1だが)ので周りへの説明や説得に使ってくれていいぞ！
#コロナワクチン
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大規模言語モデルほど大量のデータを食わなくても子供は言語を獲得する。それをニューラルネットで再現できるか確認するため、赤ちゃん１人の頭に生後 6〜25 ヶ月の間に録画用ビデオを延べ 61 時間装着して音声･映像データを取得、マルチモーダル学習を成功させたとする報告、Science。
Congrats！👏
1/ Today in Science, we train a neural net from scratch through the eyes and ears of one child. The model learns to map words to visual referents, showing how grounded language learning from just one child's perspective is possible with today's AI tools.
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ワクチン接種後 抗体価セルフモニタリング定例報告。(n = 1)
ある程度サンプル数を集めた抗体価フォローアップ調査結果がここ最近いくつか報告されて来ているが、それらと概ね傾向は一致する典型的な減衰カーブ。
免疫記憶によって守られ続けてはいるはずだが、引き続きできる限りの防疫を継続する。
続き！
接種後デイリーセルフ採血 10 週間フォローアップ。
(n = 1)
初回接種後のピーク値よりは高いがブースト後のピーク値の 1/3 を少し下回ったくらいの値で横ばいへ。
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My 1st shot of tozinameran (COMIRNATY®: Pfizer–BioNTech COVID-19 vaccine).
#igotmyshot
#COVIDVaccination
接種した。せっかくなので連日採血して抗体価の変化を見ていこうと思う。
#day_0
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百年前ですら既に推奨されていたインフルエンザ感染予防策。
・マスク着用
・清潔、衛生
・手洗い
・換気
・よく寝る
・人ごみを避ける、風邪っぽい人を避ける
・自分に理解できないからといって専門家の言うことを軽視しない
・自分には特権があると思うな
ほか
#基本が大事
Flu prevention recommendations from 1918 newspaper 😳😢😭
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💊Happy Valentine's Day！💊
恒例の。ブースター接種後デイリー採血抗体価フォローアップ (n = 1)。
接種４日後あたりから抗体価が立ち上がり始め、１週間程度で２回目接種後のピーク値と同等程度の水準のピーク値となった。
#FullyVaccinated
+
#Boosted
=
#UpToDate
#GetVaccinated
#blockbustART
Antibody titer follow-up for 8 months (n=1).
抗体価の経時的な低下はもはや周知の事実で特に目新しさも無いと思うが、接種後８ヶ月経過ということで久しぶりにセルフ採血データ最新版。
創薬アドベントカレンダー () 記事を兼ねて:
#souyakuAC2021
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感染流行下、マスクをしてくれているみなさんへ
お互いのためにマスクをしてくれてありがとう
あとこのへんを直してもらえれば完璧です
･人前で咳やクシャミをする時に敢えて外す
･会話する時にずらす
せっかく着けていても飛沫を出す時に外すと意味が無いです
よろしくお願いします
わたしより
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利用しやすいように登録しておいた！
iconDecotter | [I GOT VACCINATED ワクチン接種済マーク] | あなたのTwitterアイコンをデコレーション！アイコンデコッター
version P
version M
#iconDecotter
#FullyVaccinated
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発注した。ちょっと成分分析してみようと思う。
感度が低い『研究用』抗原検査キットで荒稼ぎした東亜産業が今度は、
『吸入抗体』
というゴミを販売します。
抗体は特異的に効果を示すもので、SARS-Cov2抗体でないこれに感染予防効果は皆無です。
しかも見えないくらい小さな文字で
『予防効果はない』
と書く始末……
絶対に買わないで下さい。
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バズっているのでついでに HPV ワクチンも推しておこう！
早々に９価を打って自費で十万かかったが、これも是非装備しておきたい免疫だ。（こっちの抗体価測定はしていない）
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株によらず発症・重症化の予防効果は長めに続きそうという知見は確立されてきているが、無症候感染を含む感染自体の予防効果が経時的にどうなっていくかについては、抗体価低下や変異による相対的な力価の低下が加わると心許ないところがある。
流行っている間は感染対策は怠らないほうが無難だろう。
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接種後の日々の経過のツリーもぶら下げておこう
My 1st shot of tozinameran (COMIRNATY®: Pfizer–BioNTech COVID-19 vaccine).
#igotmyshot
#COVIDVaccination
接種した。せっかくなので連日採血して抗体価の変化を見ていこうと思う。
#day_0
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接種報告が流行っているらしいので便乗。
#HPV
ワクチン #子宮頚がんワクチン
#ガーダシル #シルガード
これは輸入品を自費で打った時のものだが今はシルガード®︎９として国内でも承認されたので接種しやすくなっている。早めに装備しておきたい免疫の１つ。
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この謝辞がすごい 2023:
「1987 年以来 私の申請を全てリジェクトしてくれてありがとう米国国立科学財団。おかげでグラントを更新する必要も獲得する見込みも無かったので、好奇心のみで科学を探求できた。」
J. I. Katz
Prof. of Physics, Wash U.
Best Acknowledgment ever!
“ The author thanks the U. S. NSF for rejecting every proposal he has submitted since 1987. Not needing to renew grant support and with little prospect of obtaining it, he has been free to pursue curiousity-driven science.”
Source: arXiv: 2302.00738
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講義の難易度が高過ぎるとして学生の署名を受けて先日クビにされたジョーンズ有機化学のジョーンズ教授本人による、近年の学生の姿勢の変化を嘆く述懐。
Teachers must have the courage to assign low grades when students do poorly without fear of punishment — and students need to develop the ability to take responsibility for failure, writes Maitland Jones Jr.
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CDC 勧告
「デルタの猛威。流行っているエリアでは接種済みであってもマスクはつけるべき」
#DeltaVariant
surging in U.S. New data show Delta much more contagious than previous versions of
#COVID19
. Unvaccinated people: get vaccinated & mask until you do. Everyone in areas of substantial/high transmission should wear a mask, even if vaccinated.
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時々ひどい言説が報道されるたびに引用が増えるツイート
・初回接種後しばらくはまだ免疫はついていないから気を緩めてはいけない
・２回接種で抗体価は何倍にもなる(のでやはり２回打ちしたほうがいい)
というのが分かるように身体を張って何十回もセルフ採血してグラフで可視化した(n=1だが)ので周りへの説明や説得に使ってくれていいぞ！
#コロナワクチン
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「現行版ワクチンが効かない variant はいずれ出てくるだろう、だが出てきたとしても３ヶ月でそれに対応したワクチンを作れる」Pfizer CEO 談。
Pfizer CEO Dr. Albert Bourla says that a vaccine-resistant COVID variant will “likely” emerge.
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ブースター接種後 14 日後など定点観測データの報告は比較的よく見かけるのだが、１日単位で抗体価を追って約何日目にどの程度上がるのかを調べたデータが意外と世の中に存在しないので微更新と共に再掲しておく。
私の場合はブースター接種後 12 日程度でピークに達していた (やや測定値のブレあり)。
💊Happy Valentine's Day！💊
恒例の。ブースター接種後デイリー採血抗体価フォローアップ (n = 1)。
接種４日後あたりから抗体価が立ち上がり始め、１週間程度で２回目接種後のピーク値と同等程度の水準のピーク値となった。
#FullyVaccinated
+
#Boosted
=
#UpToDate
#GetVaccinated
#blockbustART
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遺伝子検査で希少がんのドライバー変異を特定し、標準治療を越えて自ら進んで治験薬の被験者となり見事に薬が奏功していたのはさすが生粋の創薬科学者だった。2019 年に承認薬となっており、まさに彼のデータは今も生きている。
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@sknn
@concert_1750
昨日 Pfizer が出したデータ()によると、２回打ってあると、追加でもう一度打った時には２回接種後のさらに５～１０倍以上に抗体が上がるようです。つまり、ブレークスルー感染した時の免疫反応も、１回打ちより２回打ちしてあったほうが何倍も強いと考えられます。(続
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@sknn
@concert_1750
つまり、１回打ちで抗体価が（２回打ちしてしばらく経って抗体価が下がってきた人と比べて）半分程度はあるように見えても、実質的には半分も守られていないことがあり得ます。少なくともデルタ等VOCに対しては１回打ちでは不十分と分かっています。１回打ちでは不足であると思ったほうがよいです。(終
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バズっているグラフ、n=1なので参考程度にというのは間違いないが、接種前後等の定点観測採血で抗体価が概ね同様に振舞うというのは既にさんざん報告があり、このグラフの推移の傾向自体は当たり前体操なので既知エビデンスと思っていい（間の時系列を埋めたから見た目上インパクトが増しているだけ）
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AlphaFold 2 予測構造 30 連発。
緑: 実験により測定された正解構造
水色: AlphaFold 2 による予測構造
昨夜結果が発表され、話題をさらっているタンパク質立体構造予測コンテスト
#CASP14
。ダントツ１位をもぎとった DeepMind チームの予測プログラム AlphaFold 2 の革新的性能を眺めてみよう。
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フル◯ン(２回目接種後１〜２週間経過)になってやっとしっかり免疫ができた(重症化は概ね防がれる装備を得た)ところだからそれまで決して油断しない、更には、流行っているうちはフル◯ンであっても引き続きやれる範囲の感染対策は怠らないことが大切だ。
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タンパク質折り畳みパズル Foldit で、SARS-CoV-2 の感染を防ぐ分子をデザインするコンペが始まっている。
標的はウイルス粒子☀表面の突起、スパイクと呼ばれる分子だ。スパイクを介してウイルスがヒトの細胞表面に取りつくので、そこを邪魔してやれば感染成立を防げるかもしれない。
Today we're calling on YOU to help design antiviral proteins against
#coronavirus
:
The most promising solutions will be manufactured & tested at the Institute for Protein Design (
@UWproteindesign
) in Seattle.
#CitizenScience
#COVID
#COVID2019
#citsci
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話題の #吸うやつ のざっくり成分分析結果。
・主成分は鶏卵由来と思われるアルブミン類やビテロゲニン
・免疫グロブリン類は少量含まれる
・アルパカ由来成分は検出できず
卵と牛乳を混ぜて薄めたようなものに近そうだ。
また、製品原液のSARS-CoV-2 RBD中和活性も測定したが、検出限界未満(ゼロ)。
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伸びたツイートから丁度１年ということでグラフの update。個人差の大きい所と考えられるが、私の場合はブースター接種後の抗体価半減期は２回目接種後よりは長かった。
#FullyVaccinated
+
#Boosted
=
#UpToDate
#COVIDVaccination
#GetVaccinated
#Up_to_Date_with_COVIDVaccination
#blockbustART
・初回接種後しばらくはまだ免疫はついていないから気を緩めてはいけない
・２回接種で抗体価は何倍にもなる(のでやはり２回打ちしたほうがいい)
というのが分かるように身体を張って何十回もセルフ採血してグラフで可視化した(n=1だが)ので周りへの説明や説得に使ってくれていいぞ！
#コロナワクチン
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「DeepMind、ヒト+ 20 生物種のプロテオーム 35 万タンパク質ぜんぶの
#AlphaFold
2 予測構造データベース公開するってよ」
Today with
@emblebi
, we're launching the
#AlphaFold
Protein Structure Database, which offers the most complete and accurate picture of the human proteome, doubling humanity’s accumulated knowledge of high-accuracy human protein structures - for free: 1/
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頑張って実験で解いた未発表構造を AlphaFold 2 に完璧に当てられてしまうと虚しくなることもあるかもしれないが、その AlphaFold 2 を AlphaFold 2 たらしめたのは過去積み上げられてきた構造生物学者たちの血と汗と涙の結晶だ。
#AlphaFold
#AlphaFold2
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ここで 日本の医薬品構造式集 の裏表紙を見てみよう！
薬学が化学に力を入れなくなったら、それ医学部の完全下位互換といっても過言ではないぞ。「体内に生じる現象」や「外的な物質に対する生体応答」について、原子・分子ベースで専門性を持ち、深く思考できるのが薬学を専門とする者の強みぞ。
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全ての構造生物学者たちに対しても謝辞が必要な授賞でもある。
#NobelPrize
#NobelPrize2024
頑張って実験で解いた未発表構造を AlphaFold 2 に完璧に当てられてしまうと虚しくなることもあるかもしれないが、その AlphaFold 2 を AlphaFold 2 たらしめたのは過去積み上げられてきた構造生物学者たちの血と汗と涙の結晶だ。
#AlphaFold
#AlphaFold2
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@tIRlMEYYLndQktS
せっかくなのでケースリポート的な形でどこか査読誌に出そうと思ったので微妙に数字等までは分かりにくい形にさせて頂いている🙏（いずれにしろ CLIA の arbitrary unit なのでそこまで単位に意味はない）
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創薬の世界では毒と薬がひっくり返ることもある。
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作った💉
追加接種を含め、推奨されるワクチン接種が済んだ状態を Up to Date と呼ぶことになっている () 。
#iconDecotter
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#Up_to_Date_with_COVIDvaccination
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#iconDecotter
#FullyVaccinated
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フル◯ン者用アイコン装飾はこちら。
利用しやすいように登録しておいた！
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version M
#iconDecotter
#FullyVaccinated
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【新規 Kaggle チャレンジ】
新型コロナウイルスに関連する三万本近い論文を基に、自然言語処理で知見をひねり出せ！
９つのタスク:
・ウイルスの伝播、増殖、環境中での安定性について何が知られているか
・COVID-19 のリスクファクターについて何が知られているか
(続
We just launched a challenge focused on open
#COVID19
research questions, including a dataset of thousands of relevant papers to help:
Thanks
@WHOSTP
@allen_ai
@NIH
@Microsoft
@Georgetown
@ChanZuckerberg
for the rapid collaboration on data.
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ニホンウナギの筋肉から発見された緑色蛍光タンパク質、UnaG だ (4I3B.PDB)。脂肪酸結合タンパク質ファミリーに属し、ビリルビン (図中 yellow) を発色団として結合することで蛍光性を発揮するんだ。絶滅してしまってはこういう発見もなくなってしまう、種は守らないとな。
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#COVIDVaccination
#day_28
#antibody_titer
コミナティ®２回目接種７日後。体調かわりなし。
初回接種後デイリー採血 28 回目実施。
これまでの抗体価推移:
２回目の接種により、既に初回接種後のプラトーの３倍近くに。
カラダもってくれよ！！（← 特に身体に負担は無い）
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※ フル◯ン達成済みであれば私に断りなく使って頂いて OK
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Resiniferatoxin, TRPV1 ligand.
関節痛の治療薬として FDAブレークスルーセラピー指定されたとのこと。カプサイシンの天然アナログで、カプサイシンの千倍辛いらしい。辛過ぎて痛み神経が機能しなくなるという機序。
投与時は激痛を催してしまうので麻酔下で関節注射される。
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ACE2 発現細胞と SARS-CoV-2 spike 発現細胞がくっついて合胞体 (syncitia; 融合して多核化した細胞) になる動画。
The spike protein of SARS-CoV-2 interacts with cholesterol and ACE2 to induce viral entry and pathological cell-cell fusion. Can cholesterol-lowering statins be used as a treatment for COVID-19?
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> 「免疫は2週間後に突然、できるのですか？ それとも毎日、少しずつ増えていくのですか？」
> 「少しずつです」
> それを聞いて、少し安心した。接種した翌日あるいは翌々日であっても、少しは免疫は形成されるのだから。
安心してはいけない接種直後は全く出来ていないぞ
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夜上げ。70 日間こつこつ毎日穿刺したので見てくれ💉（その後は３日に１回ペースの採血としている）
#コロナワクチン
続き！
接種後デイリーセルフ採血 10 週間フォローアップ。
(n = 1)
初回接種後のピーク値よりは高いがブースト後のピーク値の 1/3 を少し下回ったくらいの値で横ばいへ。
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新型コロナウイルス（が有する nonstructural proteins の polyprotein を切断処理する酵素 Mpro (3CLpro); SARS ウイルスにもほぼ同様の酵素あり）に効いたとされる Lopinavir と、Lopinavir の元々の阻害対象である HIV protease との結合様式 (2Q5K.PDB)
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#LLM
創薬チャレンジ
LLM が創薬している？ やれるものならやってほしい！
……というわけで LLM をどれだけ創薬に活かせるか大会を開催する。いつも通り賞金付き。今回は参加者全員に実費として￥10k も支給する。
ルール: 画像参照、詳細→
参加登録:
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化石の中の保存状態の悪い古代 DNA を微生物ゲノムのコンタミなどと分離して解析する難しさを乗り越えたことがブレークスルーとのこと。バイオインフォマティクス的にも高いハードルだったようだ。
#nobelprize2022
#nobelprize
Through his pioneering research, Svante Pääbo – this year’s
#NobelPrize
laureate in physiology or medicine – accomplished something seemingly impossible: sequencing the genome of the Neanderthal, an extinct relative of present-day humans.
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初耳だ。
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ご要望があったので version A を追加してみた。
iconDecotter | [I GOT VACCINATED ワクチン接種済マーク] | あなたのTwitterアイコンをデコレーション！アイコンデコッター
version A
#iconDecotter
#FullyVaccinated
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#創薬ちゃん生成チャレンジ
結果発表！
応募者数は実に 54 名を数え、甲乙つけ難すぎたので授賞枠を増やした。
🥇￥20000 (１件)
🥈￥10000 (２件)
🥉￥5000 (４件)
準佳作 ￥3000 (６件)
他、参加してくれた全員に￥500 ずつ進呈する。順次 DM にてコードを送らせて頂く。
多くの御参加ありがとう！
#創薬ちゃん生成チャレンジ
現存するAIモデルには未学習のマイナーキャラだからできるコンペを開催する。画像生成AIを使って、最も私(
@souyakuchan
)っぽいキャラ絵を生成した人が優勝。
優勝者にギフト券１万円分、佳作２件に５千円分ずつ進呈する。応募は9/19(月)24時(JST)まで。
細則: 添付画像参照
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#創薬ちゃん生成チャレンジ
現存するAIモデルには未学習のマイナーキャラだからできるコンペを開催する。画像生成AIを使って、最も私(
@souyakuchan
)っぽいキャラ絵を生成した人が優勝。
優勝者にギフト券１万円分、佳作２件に５千円分ずつ進呈する。応募は9/19(月)24時(JST)まで。
細則: 添付画像参照
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現在またすっかりコロナが流行してしまっている。市販キットでのセルフ検査が有用だが、使う場合は精度が保証されている💊医療用 (第１類医薬品)💊のキットを入手しよう！
参考) 厚生労働省: 新型コロナウイルス感染症の一般用抗原検査キット (OTC) の承認情報
#blockbustART
誰か「抗原検査は医療用を買おう」「薄い陽性線を見逃さないようにしよう」みたいな緩いWEBマンガ書いて拡散してくれないかなー。謝礼Amazonギフト券5000円程度
|ω・`）ちら
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今年のノーベル生理学･医学賞をタイムリーに予言していた人がいた！
TRPV1 アゴニストであるカプサイシンは脂溶性であり、油で拭いて取り除けばデリケートなエリアの刺激が緩和されることになる。実測 log P: 3.81 (ref: )
#NobelPrize
#NobelPrize2021
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Antibody titer follow-up for 8 months (n=1).
抗体価の経時的な低下はもはや周知の事実で特に目新しさも無いと思うが、接種後８ヶ月経過ということで久しぶりにセルフ採血データ最新版。
創薬アドベントカレンダー () 記事を兼ねて:
#souyakuAC2021
ワクチン接種後 抗体価セルフモニタリング定例報告。(n = 1)
ある程度サンプル数を集めた抗体価フォローアップ調査結果がここ最近いくつか報告されて来ているが、それらと概ね傾向は一致する典型的な減衰カーブ。
免疫記憶によって守られ続けてはいるはずだが、引き続きできる限りの防疫を継続する。
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構造予測のためのモデルの学習に必要不可欠だった、タンパク質の実測立体構造を何十万と公開してきた研究者たちの功績を声を大にして讃えたいという話。
カルチャーが違うと「無断学習」などといった言葉も出てくるところだが、我々は巨人の肩の上に立っている共同体だ。
#NobelPrize
#NobelPrize2024
Big shout out to those researchers who made their data available in PDB over the years
The Chemistry Nobel Prize winners today relied on that open academic data to train their models
We wouldn't have these advances if researchers hadn't made 200,000 protein structures available
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そんな暇人がいたのか
新型コロナウイルスワクチンを接種した人物が毎日採血して「ウイルス抗体価がどのように変化したのか？」を調べデータで公開
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Folding
@home
で計算された SARS-CoV-2 スパイクタンパク質の長時間 MD (分子動力学シミュレーション)。ヒト細胞側の受容体である ACE2 に食いつくためかのように「デモゴルゴン(悪魔)が口を開く」と表現されている。
Great progress capturing how the ferocious
#COVID19
#Demogorgon
(aka spike) opens its mouth to grab its human prey. Each step could present new therapeutic opportunities. Thanks to
@foldingathome
@Microsoft
@Azure
#AIforHealth
@Mizimmer90
!
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103
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@sknn
@concert_1750
実は抗体価で分かる抗体の量だけではなく細胞性免疫や記憶細胞、抗体の特異性の成熟など、多くの要素が免疫を構成しています。また、感染自体の予防効果はさておき、重症化予防効果については、感染後に(免疫記憶のおかげで)数日で抗体が一気に産生されることもかなり効いています。(続
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医薬品と区別して "研究用" と呼ぶ場合「(性能チェックに基づいた)国の承認を得ていない」以外の含意は本来無いのだが、粗悪品が少なくないせいで 研究用 = 精度が悪い というイメージが定着しつつある。しかし粗悪品だったら "研究" にも使いものにならないので、"ジョークグッズ" 表記にしてほしい。
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突飛な説をデマと自信を持って判断するのは実は難しく、自分で論文やメーカー文書や公的審査文書などを探して批判的に読みこなせないといけない（これを怠ると医師でも研究者でも細かい部分は普通に間違える)。
代替としては、普段言っていることが九割方間違えていない人や情報源を把握しておくこと。
ぶっちゃけ、何をどれくらい勉強してたら今のワクチンやコロナの話をざっくり理解したり、リスクとベネフィットを正しく天秤にかけれたり、デマかどうかをざっくり理解や判断していけるんだろう。高校の生物でだいぶいけるとは言うけど、デマはきつそう（時々とんでもない変化球がある）
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#COVIDVaccination
#day_308
３回目接種 day 0。(P-P-P)
接種 3 時間後にて採血実施 (通算 122 回目)。
平熱。腕を上げると接種部に淡い痛みが出てきたところ。
またしばらくデイリーセルフ採血を続ける。
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！
Must-buy.
実験医学別冊
創薬研究のためのスクリーニング学実践テキスト ～アッセイ系の選択･構築から、ヒット･リード化合物の同定、自動化まで～
スクリーニング学研究会 / 編
2022 年 6 月 30 日 発行
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mRNA にシュードウリジンが入っていると翻訳時に時々フレームシフトが起きているという話、Nature。
シュードウリジンのところで翻訳速度が下がることにより、リボソームが滑って塩基認識を 1 塩基分すっ飛ばすことがあるらしい。
コレスポ著者のポスト。↓
Congrats!👏
Why does an immunologist work in the MRC Toxicology unit- because I get to do really important fundamental immunology alongside the great Anne Willis.
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ヴォート生化学の Donald Voet 先生没 (享年 84 才)。
ご冥福を。
We are deeply saddened to share the passing of Donald Voet. Don was a mainstay in our department for decades, & with Judy, his wife of 58 years, he wrote the indispensable textbook Biochemistry that has been used in countless courses for a generation.
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AF2 によるタンパク質-ペプチド複合体の構造予測において、複数のペプチドを入力に入れるとアフィニティが強いほうが勝つというハック (preprint)。
AlphaFold encodes the principles to identify high affinity peptide binders
#biorxiv_biophys
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抗体価だけ見ていると、２回打ちフル◯ン後数ヶ月経って抗体価が下がった状態と１回打ち後の状態は似たようなものなのでは、という疑問に対して恐らくそうではなかろうという私見の説明の連ツイ(簡易版)。
@sknn
@concert_1750
実は抗体価で分かる抗体の量だけではなく細胞性免疫や記憶細胞、抗体の特異性の成熟など、多くの要素が免疫を構成しています。また、感染自体の予防効果はさておき、重症化予防効果については、感染後に(免疫記憶のおかげで)数日で抗体が一気に産生されることもかなり効いています。(続
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COVID-19 対策のための寄付企画を私もやっておこう。
本ツイートの RT 数に応じて、治療薬創出のための国際コラボプロジェクトに私の懐から寄付する。
寄付先: COVID-19 Moonshot ()
※ SARS-CoV-2 main protease 阻害薬デザイン公募イベント（解説: )
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実際、２回目接種後の抗体価のピーク値は初回接種後のピーク値の４倍程度になった (n = 1; 私) ので、抗体エスケープ変異による力価低下を補う意味でもやはりしっかり２回打ちすべきなのは間違いない。
#FullyVaccinated
このデータを見ても分かるように、新型コロナに対する免疫を十分得るためには2回のワクチン接種が必須です。
特に免疫逃避の特徴があるE484kの変異をもつ南アフリカやブラジルの変異ウイルスには、
1回接種では20％前後しか効果がありません。
皆様、2回接種をぜひ徹底して下さい。
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Lys-Cys間架橋の発見、Nature。
淋菌のトランスアルドラーゼで見つかった。酸化還元スイッチとして、Lys-Cys結合がアロステリックに酵素活性を制御。ほか既知のPDB構造内にもありそうとのこと。
A lysine–cysteine redox switch with an NOS bridge regulates enzyme function
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謎の製品を分析してみようのコーナー。
霧状にして吸うためのものらしい。内容液は約 430 µL で、うっすら白濁していた。スピンダウンして上清とペレットに分離でき、測ったところ上清のタンパク質濃度は約 10 mg/mL であった。ペレットはタンパク質の凝集物だろうか。
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#COVIDVaccination
#antibody_titer
お待ちかね、昨日(接種後 11 日目)の分までの定量 CLIA 測定結果（※ IgG と IgM の軸スケールは別個）。
８〜９日目辺りで IgG は立ち上がって来ているようだ。一昨日の時点でカットオフ値は超えている。
ある程度プラトーに達するまで引き続き毎日採血を続ける。
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アスピリンにペニシリンじゃないか！💊
次代を担う若者たちに創薬を志させる出題姿勢が見て取れる👏
2024 年度 大学入学共通テスト 化学 問４:
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製品１本分の内容液中の総タンパク質量としてもせいぜい 5 mg 程度と僅かで、概ね卵白･乳清１滴分ほどにも満たない栄養量(で定価約二千円)。かつコロナウイルスに特異的な抗体もほぼ含まれず、泳動上はスメア化しており intact な抗体があるか不明であり、これを霧状にして敢えて吸う意味は薄そうだ。
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ホモロジーモデリング → ドッキング → MD とやって低分子の承認薬 1903 個の中から 2019-nCoV Mpro 酵素に阻害活性のありそうな薬剤を絞り込んだ報告。ドッキングは正直、当たるも八卦 当たらぬも八卦なところもあるが、お手本的な手順を踏んでいて勉強になるのでちょっと見てみよう。
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COVID-19 死者 85 名から内視鏡的に嗅上皮と嗅球を採取し感染組織を調査 (Cell)。感染していたのは嗅上皮の支持細胞 (sustentacular cells) で、ニューロン自体はやられていなかったらしい。嗅上皮は再生しうるので、いずれ治る見込みが比較的あるということか？
Stunning visualization of
#SARSCoV2
infecting the olfactory (smell) and respiratory mucosa (cell lining), but not the neurons (reassuring!) in 85 people who died from Covid soon after their infections
@CellCellPress
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ゴム工場の労働者が下戸になる
→ ゴムの硫黄加硫 (硫黄系の架橋剤の添加による硬度や弾性の調整) に携わっていた
→ アルコール依存症治療薬として応用
→ ジスルフィラム (ALDH 阻害剤)
「くそっ、この薬は失敗だ！狭心症の特効薬になると思ったのに…」
「残念です…」
「それじゃ、治験で配った薬を回収しようか」
「それがですね」
「？」
「なぜかみんな返そうとしないんですよ。とくに男性が」
「男性が？ふーむ、妙だな…？」
っていうバイアグラの開発史めっちゃ好き。
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RoseTTAFold All-atom に続き AlphaFold にも全部載せ版が来た。
AlphaFold-latest、タンパク質-核酸/抗体/リガンド/修飾 などを含めた構造予測に幅広く対応とのこと。
Blog:
詳報:
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Thanks！
私がしないように心掛けていること:
・「予言」めいたことは大きな声で言わない（予言を当てて自己満足しても懐は潤わないので先読みは株の銘柄選定等のためにやる）
・義憤の棒で叩き屋をしない、不毛なレスバをしない
・新規科学知見をむやみにセンセーショナルな言い回しで紹介しない
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めちゃくちゃユビキチン化「される」低分子の報告 (preprint)。ユビキチンを奪いまくるので細胞内のタンパク質分解系が止まるレベルとのこと。
やりようによっては TPD に使えるだろうか？ リシンが露出していない標的など。
Excited to share our new preprint describing intracellular ubiquitination of a small molecule, BRD1732, a molecule that has remained a mystery since identification in early 2010s by Enrique Garcia-Rivera,
@micahmaetani
,
@SchreiberStuart
and
@CKadoch
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原液の性状として、うっすら白濁していたのは乳清由来、微かに粘性があったのは卵白由来のものだったのかもしれない。
製品パッケージ上の注意書きにも記載されてはいるが、卵･牛乳アレルギーのある人は決して使わないよう注意。
(つづく(かも))
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バッドサイエンスを見分ける術 12 箇条。
1. 煽った見出し
2. 結果の誤解
3. 利益相反
4. 相関と因果の混同
5. 言い過ぎな結論
6. 小さいサンプルサイズ
7. 偏ったサンプル
8. 対照群なし
9. 盲検化なし
10. チェリーピック
11. 再現性なし
12. 査読なし
非トンデモ側にいるつもりでも気を付けよう。
For the 10th anniversary of Compound Interest, I'm counting down the most popular graphics I've made over the past decade.
Coming in at
#10
is a graphic on things to look out for when reading scientific articles or studies, particularly when they make health or medical claims.
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今月末までには Pfizer がオミクロン用ワクチンのヒトでの試験を開始。現行ワクチンも効いてはいるし実際に使うかどうかは状況に応じたニーズ次第としつつも３月末頃までに出荷の準備自体はできるとのこと。
Exclusive: Pfizer plans to start human studies of its Omicron-specific COVID-19 vaccine in late January, the drugmaker's top scientist tells me:
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