姫岡 優介
@yhimeoka
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システム生物学やってます。コペンハーゲン大学→東京大学（生物普遍性研究機構 古澤研究室助教） tweets are my own English : @yusuke_himeoka
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英文
・ラフに書く
・ChatGPTで洗練された書き方にしてもらう
・過剰にエレガントなのを直す
・Grammarlyで文法確認
・DeepLで一応日本語訳を見る
ですぐにブラッシュアップ出来て、ChatGPT, Grammarly, DeepLの3種の神器みがすごいな
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細胞の内部構造
←教科書｜より実際に近いもの→
だけど、研究初めて10年近く経ってもまだ左の印象が強く残っており「細胞内の拡散なんて簡単でしょ」感がずっとある（頭ではそんなことないのは分かっている）
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東大のうちのオフィス、去年の冬からエアコン壊れてて「直してください」とずっと言ってるのにこの夏は直らないらしい
エアコン故障などというしょうもないことで研究生産性下げといて「世界と伍する研究大学」とはいやもう本当に志ある卓越ですことで
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ワイ最近、よく知らない分野の論文探す時は『レビュー読む』に加えて、『Perplexity AIでオススメもらって、良さげなものが見つかったらConnected Papersで周辺探す』をやってるのだが、これ結構捗るよ
Perplexity AI :
Connected Papers :
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予め指定したキーワードにマッチする新作論文をarXivから毎朝取ってきて、ChatGPTを使って日本語で3行要約、Slackに投げてくれるbotを作ってみたのだけど、クッソ便利なので研究者のみなさんやりましょう
（ちょっと訳が変でも専門だし分かる）
ここ↓のをそのままやれば動く
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日本語だと暴走した機械が喋るときはひらがなを全てカタカナにすることで異常さを演出してるけど、英語だとアルファベットをひっくり返したり、似た数字で置き換えたり、フォントを変えたりするのか。おもしろいな
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昨日とあるツイートを見かけたのがきっかけで「2020年、割と誰でも論文って読めるのでは...？」と思い、非専門家の方でも論文を読めるようになる方法を書きました
いろいろ混迷している昨今、一次情報の価値は高いと思うのでぜひ、、
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ATPとかは「エネルギー通貨（energy coin）」と言われることが多いけど、最近読んだ生化学の本では「エネルギーのICカード」と説明されていた
語呂は悪いけど、AMP→ADP→ATPとリン酸結合エネルギーをチャージして繰り返し使うという意味ではドンピシャの呼び方
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進化思考の著者と養老孟司の対談がNHKで企画されているらしいけど、本当にやめてほしい
擬似科学を公共放送でやられてそれを真に受ける子が増えると、その矯正を大学でしなきゃいけないから純粋に社会のコストを増やしている
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ChatGPTへの命令文はこちらのを使ってます
このエントリでも言及されてるけど、英文校正サービスは「分野独自の言い回し」を知らないことが本当に多くて、数十万円も払って文意が捻じ曲がる経験ばかりしてるので、もうあれ系のサービスを使うことはないと思う
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『サピエンス全史』『進化思考』『ざんねんないきもの事典』が同時期に燃えているの、本を選ぶためにも知識がいるという、「服を買いに行く服が無い」みたいな感じになってるよな...
そのための知識を義務教育・高等教育・出版社・書店が担っていたはずなんだけどな
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デンマーク人はビールをよく飲むんですが、そのカールスバーグ関係の財団が科学研究費、博物館・美術館のコスト、古城の維持改修費などをかなり出しており、みんなが飲みまくるビールが国の文化をがっちり支えているところがすごく好きです
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GitHub Copilot、凄すぎるがいまひとつ便利さが知られてない気がするので動画撮りました
Togashi-Kanekoモデルの実装から結果のプロットまで2分しかかからない。すごい。（4xです） 学生・教職員は無料なので使わない手はない
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100均とかにあるドアストッパーがなぜドアを開けたままに出来るかを理解するには三角関数が必要なので、このボケは芸術点が高すぎる
あんな重たいもの持ち歩けるか！
私の家の百科事典は、ドアストッパーとしてその重要な役割を担っている。
どんなに強い風が吹いても扉が閉まることは決して、ない。
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東大から「教職員による寄附者率100%を目指すため、ひとり1,000円東大基金に寄付してください」と連絡が来たが、任期付き助教にも寄付のお願いするとか正気なのか
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法人化の惨劇から20年...
「卓越大」候補に 東北大、東大、京大の３校
認定されると、政府が設立した１０兆円規模の「大学ファンド（基金）」から支援を受ける。
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ニセ科学で有名な『水からの伝言』は教育現��に一部浸透し、物理学会誌に批判文が載る事態にまで発展しました
誤った進化論を教えられたら、それを正せるのは大学で生物学を学んだ場合だけです。なぜ「間違っている」とプロから指摘されているのに持論を押し通そうとするのか
この本。昨年4月の出版時に、著者ご本人から「創造性をここまで体系化できたものは世界にまだ存在していない」と直接の宣伝メールをいただき存在を知った。魅力的に見えた部分もあるけれど、生物学に明るくない自分にとっては内容の是非を判断しかねる部分があり、一度専門家に問い合わせた。#進化思考
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ありがとう文科省ーーー😭😭😭
（科学者批判ばかりする傾向があるので感謝する時はすごくしたい）
おおお。まとも。評価したい。
科博など国立文化施設に20億円、設備更新を支援 文科省補正予算：朝日新聞デジタル
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『数でとらえる細胞生物学』めっちゃ良いです
生物の教科書だと具体的な値が示されていないことが多いのですが、これは数をベースに細胞生物学の重要なトピックを解説してくれるし、説明がざっくりしてて取っ付きやすい
あと『生命のメカニズム』はパラパラしてて楽しいです
【緩募】（すっごいざっくりした質問だけど）遺伝子とか生物について独学するのによい教科書ある？高校２〜３年か、大学１〜２回生くらいのレベルで楽しく学べる教科書、募集。（基本的に）趣味です。
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スイスに来てめっちゃびっくりしたんですが、クッソ時間に正確ですね
10:00のコーヒーブレイクは10:00にほぼ全員いるし、12:45に集合のランチは46分にいくともうみんな出発してるし
「これってこのラボだけなの？」って聞いたらスイスの国民性だと言われたんだけどマ？
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「国賊」と呼ばれても今西進化論を批判し, 「生物は種の存続のために行動する」訳ではないと主張し続け, ”本物の進化生物学をやった”人が, 偉くなってからは似非科学本に山本七平賞を与え,「種の存続のために子どもを産もう」的な文章を統一教会系で書いているので味わい深い
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これは真面目な話なんですけど、僕は割と生物の数理的アプローチが流行ることで生物学的な詳細を軽視する流れが蔓延るのはまずいなと思ってて
やっぱり物理は現象のごく一部を切り取ることで成功してきた訳ですが、生物でもその手法が良いとは限らないので慎重でいたいなと思ってます
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『数でとらえる細胞生物学』はいいぞ...マジで持ってて損はないぞ
（邦訳が出る前の、原著が出る前の、pdf公開時代から愛用している）
ちなみに英語でいいなら使いやすいサイトもある
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生物・物理・哲学・社会科学・芸術がそれぞれ専門の5人で飲んだがめちゃくちゃ面白かったな…
お互いにいまひとつ知らない分野で汽水域を探しつつほろ酔いで議論するの、学部時代の寮生活に戻ったみたいで胸がギュッとなるわ
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こちらの論文、大幅に書き換えて『死の理論』というなかなかチェレンジングな論文として再公開しました
僕の知る限りでは「死とは何か」を数理的に定義してみて理論を構築するという試みは初めてなんじゃないかなと思います
プレプリ出しました
常微分方程式で書かれる触媒反応系において、ある状態から別の状態に到達するための、栄養濃度・触媒量の制御の存在判定をする手法を作りました
細胞モデルにおけるpoint of no returnが判定できます！
堀口さん、小林さん
@QbioTetsuya
との共同研究です
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【祝って】
東京大学の助教に着任することになりましたー！
もともと物理・数学嫌いだったんですが福山雅治さんのガリレオを見て物理学科に移った身としては、帝都大学の(一部)モデルとなった東大に行けるのは結構感慨深いです。
(時期が時期なので帰国時期は聞いてくだしゃあ)
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代謝のダイナミクスモデルって、物理の人がやり始めたわけではないので初期の研究とか見てると「すごい関数形だな...」と思うものがあるのですが、やはり何度見ても感動するのはChassagnole et. al. (2002)のこちら
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ちなみに冬はオイルヒーターとかファンヒーターとかをお借りしてアホみたいに回さざるを得なかったのだけど、一方で大学は節電呼びかけをしてて
じゃあ直してくれよ
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同世代の研究者と飲んですごく同意してもらったけど、やっぱり複雑系の文化を受け継ぐラボにいる人はハーケンの『協同現象の数理』は読んだ方が良いよ。あれはやっぱり理論ミニマルのひとつだと思う
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本日は母の誕生日です。離婚後『 おくりびと』を見て、それまで縁もゆかりもなかった山形に移住し、小さな集落で売り買いされていた箒をなぜかBEAMSに売り込み並べ、なぜか大学の講師になり、なぜか修士を取り、なぜか高校の校長になり、いまは次の計画を練っているファンキーな母君
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ラボの新作が出ました〜！
生物進化は「適応度地形」という、山を登るプロセスだと考えることが可能で、山の形の理解は進化の予測に繋がります
本研究ではロボットを使って大腸菌を実験室で何度も進化させ、大腸菌の適応度地形を実際に推定しました。進化を制御する技術の基盤になることも期待されます
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なんか本当におかしな話だよな
研究費は（少なくとも弊ラボ/僕個人）は十分に持っているのに、これでエアコンを直すのは色んなルールでNGだから研究を減速しなきゃいけないってのも
低温調理器とかエスプーマは買えるのに包丁が買えないので料理できない、みたいな
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"基礎科学の研究は『それって何の役に立つの？』と言われたりするのに、中国に研究者が渡るとなると『技術流出だ』となる。それまでは役に立たないものだと思われていたのに、急に流出するような言われ方をするはちょっと違うと思う"
めちゃくちゃ同感
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学生との初共著です！
ひとつ細胞から多様な細胞が生じていく個体発生のプロセスは、ワディントン地形というイメージを使って議論されます
本研究では数理モデルを使って細胞タイプを増やそうとするとワディントン地形が持つ性質が自然と出現することを明らかにしました〜！
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物理学会パワハラnoteの話、学会員としてはやはり気になったので書かれた方とこういうやりとりをさせていただきました
おそらくnote本文の最初の方だけを読んでアカデミアバッシングのようなことをされている方を見て悲しくなったので一瞥くださいませ
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ルールを守らない人が悪いのは間違いないのだが、それに対する罰則が「氏名公表」って怖すぎませんか、、
「国民の皆さまでこいつをどうぞ私刑にしてください」と国が推奨しているようなもんやん、、
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物理学会に来るみんな！札幌は寒いぞ！！
長袖・長ズボン・靴で来たほうが良いよ！間違っても半袖・半ズボン・素足サンダルで来ないほうが良いよ！
（数理生物学会で一週間早めに札幌入りしている僕より）
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責任の所在がどこにあるかといえば大学予算が少ないことだとは思うが、それにしてももう少しどうにかなったのでは（予算年度が変わってからやっと検討し出したんだろうけども）
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どんどん増える女性限定公募、若手男性が何か言ったところで何も変わらないし叩かれるだけだし、見ると暗澹とした気持ちになるのでミュートしたいが、とはいえ将来設計のためには知っておいた方が良いような気もする。うーむ
てか東大にしても京大にしても、何割を新設ポストで賄うのか書いてくれや
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修論や博論の指導、何往復添削しようが、正月三ヶ日に働こうが、指導教員じゃないから謝辞だけでなんの教育実績にもならないし（よね？）、出版論文でもないので研究実績にもならないの、なんだかな〜
まぁ将来の指導の勉強にはなるけど、今日日そういう徒弟制を大前提にしたシステムっていうのもなぁ
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学部生（生物学科）だったころ読んだこの本に『葉序が黄金角で決まっている』的なことが書いてあり、めっちゃ感動して植物学の先生に見せに行ったら一瞥した瞬間「僕はそういうの嫌いなんだ、話したくない」と一蹴されたことを思い出した（東北大のクラファンページにいた）
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「システム生物学入門」おかげさまで第5刷となりました！
かなりマイナーな分野でここまで増刷できたのは読んでくださった皆さんのおかげです。ありがとうございます！
新セメスターも始まるので、まだ読んでない方はこの機会にぜひ！
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プレプリ出しました
常微分方程式で書かれる触媒反応系において、ある状態から別の状態に到達するための、栄養濃度・触媒量の制御の存在判定をする手法を作りました
細胞モデルにおけるpoint of no returnが判定できます！
堀口さん、小林さん
@QbioTetsuya
との共同研究です
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小林さんがこれで言ってる「先人が10年かけて見出したものを学生が数ヶ月で学べることが大事」はすごくなるほどなと思ってて、代謝理論だとFBAの体系化に結構かかってると思うのだけど『どういう時に予測が当たり、どういう時に外れるのか』がいまひとつ分かってないのがなぁ
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生物学を頑張って勉強して、実験事実を知った上でシンプルなモデルを立てるのと、めんどくさいから最初からシンプルなモデルを立てるのは違うと思うんだよな
後者は既存の事実に縛られない発想ができたりして良い面もあるけど、なんか最近単なる生物学の軽視みたいな発表ばっかり聞いてて心が荒む
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こちらの論文、PNAS Nexusに出ました〜！
学生との初共著です！
ひとつ細胞から多様な細胞が生じていく個体発生のプロセスは、ワディントン地形というイメージを使って議論されます
本研究では数理モデルを使って細胞タイプを増やそうとするとワディントン地形が持つ性質が自然と出現することを明らかにしました〜！
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なぜここまでデータばらついてるのに回帰直線が引けるんだ？「こんなにデータがばらつくなら他の要因あるかも」と思うべきだろ。結論ありき感が凄すぎる。誰に師事すればこんなこと出来るようになるんだ
この主張は無理でしょ…
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研究倫理講習、「研究不正が起きる原因」の正解が「分野が細分化して研究者同士の目が届かなくなった」で、卓越大学のようなおかしな成果基準やポスト減に微塵も触れていないの納得できない
しかもこのテストに合格しないと研究費執行できないのでそう答えるしかない。踏み絵なの？
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ラボのﾎﾞｯｽがYouTube出たからみんな見て〜〜！！！！
（大腸菌の進化実験・高次元状態空間・ロボットによる実験自動化とか、かなり面白いと思う）
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@shutozennin
レシピ、いつも大変楽しませていただいております
大腸菌を主に対象として研究をしているのですが、植物どころでなく単細胞生物ですら、「生存が脅かされている」ことを感知するシステムはしっかりあります
それを「苦痛」と呼ぶか否かは、それは人の都合では、と僕は思います
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シニアの方々の研究室には「志望者への注意」といったページがあり、「これくらいはできていてください」みたいなことが書いてあるのだが、こういうの減ってるよな
良い指南書になるし、クリアしたら誇らしいので個人的には好きなんだけど、こんなん書いたら人来ないのかな
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人生初の実験論文出ましたーー長かったーー
大腸菌をおよそ1ヶ月間の長期に渡って、炭素とリン酸それぞれの飢餓状態におき、リボソーム量とラグタイムの経時変化を測定しました
長期飢餓は低温やLB環境などでは既にありましたが、37℃かつdefined mediumでは初だと思います
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物性若手夏の学校と数理生物夏の学校で使用したテキスト、来年J-STAGEに掲載されるのですがその前に公開してフィードバックもらうのOKとのことなので個人HPにアップしました！間違っているところ、多分あるので教えてください！
（J-STAGEに掲載されたら消します）
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『「進化」という言葉くらい使わせてよ』というのを見るので整理をば…
・著者は本を「生物学者が読んでも否定しようのないもの」と言っている
・進化思考を義務教育に組み込むべく活動している
・生物学者のコメントは無視
なので批判してるだけで、専門用語警察している訳ではないよ！
#進化思考
“「生物学者が読んだとしても、否定のしようがない本にしよう」ということでした”
“「創造性は、人間という生物が起こしている自然現象だ」という信念が僕の中ではあります。なので、この本が生物学的に矛盾がないことはとても大事なんです”
お、おう…
#進化思考
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こんなん書きました。
「旅は人生を変える」というフレーズ懐疑派なのですが、デンマークに2年半住んで環境問題と、とくにジェンダーに関する意識は本当に変わったなぁと思います
そのきっかけのひとつになった話です。
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やっぱり科学者の拡散力は平均して本当に低いし、科学の楽しみ方は多様であるべきなので、擬似科学はちゃんと批判しつつ、耳を傾けてくれるデザイナーやアーティスト、ライターの方々のお手伝いはもっと積極的にやっていくべきだなと今回思った
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本当にこれ
比率是正自体には反対してないが、その結果「つらい」と言ったらキャリ��がクッソ上の女性研究者から強い言葉で非難される
「痛い」と言う声をちゃんと聞こう、はD＆Iの大事な所の一部だと思っていたが、「これまで心を折ってきた女性に心を馳せ」ればこの程度のハラスメントは容認なのかね
アファーマティブアクション、必要なものだという事は分かるし、重要な事だけど、それを推進したい人々の「自分達は正しいことを言っているんだから、反対する方がおかしい」という高圧的な態度を見ると、「だから学者は政治が下手なんだな」というのが分かる。その辺りは政治家や官僚が数枚上手。
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研究で書くコードが最近かなり複雑化してきたので、自分のためにも
・チュートリアル用のコードを作る
・ドキュメントをNotionで書く
・一式をGitHubに上げる
を終えてから本格的に研究を始める、という具合にとても丁寧丁寧丁寧にやってる
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助教になる前にもう一回くらいポスドクやってもよかったなぁと思う
いまのポスト、テニュアトラックでもない任期付き助教で、にも関わらず教育dutyあるので、なんの得もなくただ自由が効かない
（ボスにはとても融通をきかせてもらっているけど、そもそも融通きかせる必要があるのがね…）
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カオスの細胞生物学への意義はよく分からんよね、というのがここしばらくの雰囲気だと思うけど、ちょっとずつ出てきてはいるよな
（NF-κBの数理モデルを使うと制御の役に立つのが分かるよ、という話）
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分生後に、割と分野が離れた複数研究室合同飲み会にお邪魔させていただいたのだけど
主催ラボの女子学生が「多くの方にお会いできて嬉しいです」と挨拶するや「キャバ嬢みたいやな！！！」というヤジが飛んでて本当に寒気がした
教授が言ったわけではなさそうだったけど、いやぁ信じられなかったな…
学会○日目、私はポスター会場でポスドク時代の知り合いに遭遇しました。現在は教授職に就く、研究者としてとても優秀な方です。その方ともう1人の人が一緒にいたのですが、その方は私のことをもう1人の方に
「あ、こちらさすらいさん、〇〇の元カノ。」といきなり紹介しました💢
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バイオインフォマティクス技術者認定試験、今年から拙著『システム生物学入門』を参考文献に入れていただき、数理モデルやダイナミクスの視点も出題されるようになったそうです！
文科省・JSTの後援も決まって、バイオ×情報のアプローチがますます広がりそうで楽しみです！
【文部科学省・科学技術振興機構 (JST) 後援】
2024年度バイオインフォマティクス技術者認定試験のご案内
…
本年度バイオインフォマティクス技術者認定試験は文部科学省・科学技術振興機構(JST)に後援いただくことになりました。
多くの皆様の受験をお待ちしております。
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動的平衡の福岡さんにしても、進化思考の太刀川さんにしても、科学の言葉を借りて自分を大きく見せずに、自分の言葉で頑張ればいいのに、と本当に思う
そして使うならちゃんと意味を勉強して使ってほしい。
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「望んで事務職になるやつなんていない」みたいな前提でキレ散らかしている方々、怖すぎでしょ
ド級の偏見持っておきながらよくまぁギャップがどうこうとか言えるな
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世界を破壊や汚染から守った先代勇者なり巫女なりがラスボスになるのってRPGでよくあるけど、古い世代の価値観を変えるために奮闘した人が、その次の世代の人を苦しめる価値観を醸成する状況のもそれっぽいよね
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論文でました！
大腸菌代謝の動力学モデルには、物質濃度の摂動に敏感な方向があり、その方向に摂動されるととても遅いダイナミクスが出現することを報告、ミニマルモデルの解析によりATPなどがこの現象の鍵となっていることを見出しました
おせち食べながら眺めてください〜
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論文書きました！
近年、細菌生理学のダイナミックな面に注目が集まっていますが、代謝動力学理論は未開拓です
そこで、代謝動力学モデルの摂動応答性を調べました。リアルな代謝モデルは、toy modelに比べ応答性に富むこと、補酵素とネットワーク構造の重要性を見出しました
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ワイの師匠の金子さんがNiels Bohr研究所🇩🇰で博士課程学生とポスドクの募集してます！
NBIは学生に比べてPIがめっちゃ多くて議論もしやすいし、かなり良い研究環境だと思います
普遍生物学やカオスに興味ある方はぜひ〜 (ポスドク月90ﾏﾝ~やで..)
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いちおう完成。Boecker et al (2021) の代謝動力学モデルの定常状態のビジュアリゼーション
丸の大きさが濃度の対数、粒子の多さがフラックスの大きさ、接触してるU字の流れはATP (赤), NADH (青)のカップリング（色が白っぽくなるとそれぞれADP, NAD）
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これまで女性が心を折られてきた不条理を、現在若手の男性が一手に背負えという主張でいいんですよね
@keizotakao
先のツイートは敢えて「性別限定公募」とはどういう意味なのかを問うたものです。女性限定・男性限定を交互に行えば、機会は50:50になりますね。「女性限定公募」で心が折れるという男性の方は、これまでどれだけの女性が心が折れたのかについて思いを馳せたことがあるのでしょうか？
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