Molo
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he believes in a beauty
Kigali, Rwanda
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Wenn Leute 10.000 Euro bekommen, um auf ein E-Auto umzusteigen um 50% klimafreundlicher zu sein, sollten Leute, die kein Auto mehr fahren folgerichtig 20.000 Euro bekommen.
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Mein Nerd-Herz schlägt: Mein Coronavirus wurde zufällig sequenziert.
Schau ich mal, was da so drinsteckt.
[Thread]
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Kleine Impformation:
Wie beunruhigend ist es, dass Leute, die vollständig geimpft sind, positiv testen?
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Sie sagen also, dass die Sonne sich in 5 Milliarden Jahren zu einem roten Riesen aufblähen wird, der die Erde und alles Leben auf ihr vernichten wird – was bedeutet das für den deutschen Mittelstand?
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@OneFeIISwoop
@poisonjr
Children are fun.
Don't you find yourself in everyday situations, thinking "I wish there were more children here?"
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Die Moral von der Geschichte – und das sollte allen Entscheidungsträger*innen bewusst sein – ist, dass Impfstoffe uns keinen ausreichenden Grund dafür geben, die Inzidenzen nicht niedrig halten zu müssen.
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ach ja falls das nicht klar ist
die Sequenzanalysesachen werden im Gesundheitsamt natürlich nicht gemacht das mach ich hier so privat aus Spaß an der Freude
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Deutsche Comedy.
Komiker: "Laktoseintoleranz!"
Publikum: "HAHAHAHA" *applaus*
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Mein Chef sagt ich soll 110% geben, bei 75% Teilzeit sind das 82,5% das bekomme ich hin
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Fun Fact:
Für meine Bachelorarbeit hab ich einen Algorithmus programmiert, der aus tausenden phylogenetischen Bäumen für einzelne Gene einen einzelnen Baum konstruiert.
Das war 2011, am Institut für Mikrobiologie und Tierseuchen.
Beim EHEC-Ausbruch.
Betreuer war Lothar Wieler.
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Eine Zeitreise ins Jahr 1986 machen, um Petra Kelly und Franz-Josef Strauß auszurichten, dass die Koalitionsverhandlungen zwischen ihrer Parteien im Jahr 2017 gescheitert sind.
Wegen der FDP.
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Ich würde so gerne andere Kulturen verstehen, aber ich versteh noch nicht mal meine eigene.
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Die Welt veröffentlich pünktlich zum Pride Month einen Artikel mit vorprogrammiertem Shitstorm.
Titel: "Wie ARD und ZDF unsere Kinder sexualisieren und umerziehen"
Den schaue ich mir jetzt einmal an. [🧵]
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Das dezentrale System der Gesundheitsämter hierzulande ist komplett ungeeignet, eine Pandemie effektiv zu bekämpfen, aber es legt dafür sehr viel Wert auf Datenschutz. Die Prioritäten sind so gesetzt.
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Wohne seit 15 Jahren in Neukölln, offen schwul und Tunte, öfters auch in Drag unterwegs. Es ist einer der Orte in Deutschland, wo ich mich am wohlsten fühle.
Es wird immer behauptet, dass sich niemand nach Neukölln traut. Ich frag mich warum die Mieten dann fast unbezahlbar sind?
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Hier mal ein Lob an das Internet und die Kultur für offene Daten, die es in der Bioinformatik gibt.
Mit dem Tool hat jede*r Zugriff auf Genome quasi aller Organismen, die bisher sequenziert wurden.
Es ist Magie.
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Der Anteil der Bevölkerung der bei vollständiger Lockerung geimpft sein muss um herd immunity zu erreichen ist durch die ansteckenderen Mutationen gestiegen und herd immunity wird definitiv nicht erreicht solange U18 nicht geimpft werden aber Schulen und Kitas offen sind.
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Raus kommt eine FASTA-Datei. Das ist das Unkomplizierteste was die Bioinformatik zu bieten hat:
Eine Kopfzeile pro Sequenz, die mit einem ">" beginnt, und danach einfach nur die Sequenz, 60 Zeichen pro Zeile.
Mein Coronavirus ist 374 Zeilen lang.
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Am 4. Januar hab ich mich abstreichen lassen und wurde positiv getestet (Hatte am 28. Dezember ein Date, der Kerl hatte am Tag danach einen positiven Schnelltest).
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Das Testergebnis wandert über die Schnittstelle DEMIS als XML-Datei direkt in unsere Datenbank SORMAS.
9 Tage später kam dann... das Ergebnis der Sequenzierung.
Derzeit wird nur ein kleiner Teil der Proben sequenziert, es war ein Glückstreffer, das meine Probe dabei war.
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@IdaFunkhouser
Wenn du nicht flirten kannst ohne übergriffig zu werden, wäre Aussterben vielleicht gar nicht so schlecht
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Die Variante: BA.1
BA steht für B.1.1.529, also Omikron.
Das Kürzel ist die Pango-Lineage, ein sehr gutes System um die Verwandschaftsbeziehung zwischen Varianten und Sub-Varianten exakt und verständlich anzugeben.
Schade, dass sich die griechischen Lettern durchgesetzt haben.
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Und wer kontrolliert die Polizei?
Giraffen. Die Antwort war Giraffen.
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Mit der IMS-ID kann ich mir über die Datenbank gisaid die Sequenz direkt runterladen.
(Den Account dafür nutze ich nicht beruflich, den hab ich mir aus purer Neugier angelegt. Im Gesundheitsamt machen wir nur Bürokratie, keine Bioinformatik.)
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Soweit, so anekdotisch.
Ich bin ja ein kleiner Fan von "Daten immer erst visualisieren, dann analysieren", weil wir als Menschen eigentlich ganz gut darin sind in hübsch angerichteten Graphiken Zusammenhänge zu sehen.
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So sieht die Meldung aus:
Uns als Gesundheitsamt interessieren eigentlich nur die Informationen zur Person, die Kontaktdaten (Mailadresse, Telefonnummer), die Virusvariante falls getestet und der ct-Wert, der die Virenlast angibt.
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Die
@CDU
hat ein bisschen gebraucht, aber ihr ist die schlechtestmögliche Reaktion auf das Rezo-Video eingefallen.
.
@akk
und das Debakel um
@rezomusik
: Die
#CDU
-Vorsitzende erwägt eine Regulierungen von Meinungsäußerungen im Netz vor
#Wahlen
.
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Dafür nutze ich noch ein Tool, um mir den Virus etwas genauer anzuschauen.
Nextclade, den Genom-Explorer von
Dafür schaue ich 50 BA.1-Sequenzen aus Berlin an, die zum gleichen Zeitpunkt entnommen worden sind, und 50 aus Griechenland von Ende Dezember.
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Um das zu verstehen, brauchen wir ein bisschen Background-Wissen.
1. So schaut ein Infektionsverlauf für eine ungeimpfte Person aus
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Also Antwort auf die Frage oben:
Wenn geimpfte Leute mit einem hohen ct-Wert positiv testen, ist das normal und nicht sehr beunruhigend.
Wenn [nicht immunkomprimittierte] Menschen mit einem niedrigen ct-Wert positiv testen, dann ist das sehr beunruhigend.
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Es vergeht kein Jahr mehr ohne rechtsextreme Morde, aber die Leute, die Gendersternchen benutzen sind immer noch das einfachere Ziel für Kolumnen
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Mein Date kommt aus Zypern und ist noch nicht lange in Berlin. Er hatte Weihnachten Besuch aus Griechenland, wo die Omikron-Welle schon früher als bei uns angekommen ist.
Hat er sich bei denen angesteckt oder hier in Berlin?
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Es steht noch mehr in der Meldung – für mich wichtig ist hier die IMS-ID.
(Integrierte Molekulare Surveillance)
Die IMS-ID wird später ohne Angabe der Personendaten über unsere Meldedaten über unsere Meldesoftware Survnet anonym ans RKI übermittelt.
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Mitübermittelt wird nur Geburtsjahr/Monat, Geschlecht, und Angaben zum Krankheitsverlauf (Probenentnahme, Symptome, Symptombeginn, Impfungen, Reinfektion, Vorerkrankungen)
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In einer Bevölkerung, die teilweise immun ist, aber die Inzidenz noch hoch ist, steigt das Risiko für das Aufkommen von Escape-Mutationen - also Viren, die der Immunantwort ausweichen und einen Impfstoff wirkungsloser machen können.
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Während der Online-Baum-Algorithmus arbeitet,
mache ich das was eine Bioinformatikerin mit neuen Sequenzen halt so macht:
Einfach mal BLASTen.
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Die 100 besten Treffer haben alle 100% Identität zu meiner.
98 davon kommen aus den USA, jeweils 1 aus Japan und Marokko.
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Rechts die Protein-Sequenz fürs S-Gen, das das Spike-Protein codiert.
Hier die für Omikron typischen Mutationen.
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Trotzdem kann es sein, dass eine Person, die geimpft ist, für einen kurzen Zeitraum eine Virenlast hat, die ausreicht, eine PCR positiv werden zu lassen - aber das in vielen Fällen mit einem hohen ct-Wert, also mit sehr sehr niedrigem Ansteckungsrisko.
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BLAST ist ein Algorithmus, der deine Sequenz mit quasi allen Sequenzen, die es bis jetzt gibt, vergleicht und ähnliche findet:
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Der Baum ist jetzt auch fertig.
Die nähest-verwandten Sequenzen sind aus Berlin, aber es ist nicht komplett eindeutig.
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Jetzt brauch ich natürlich eine Frage, um sie beantworten zu können, aber ich hab auch schon eine.
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2. Die Tests:
- Mit Schnelltests testest du als Faustregel in etwa dann positiv, wenn du ansteckend bist.
- PCR-Tests sind auch dann positiv, wenn du noch nicht oder nicht mehr ansteckend bist, weil Sie sehr sensitiv sind. Mit rt-PCR lässt sich das Ansteckungsrisko beurteilen
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Ein großer Teil der Leute, die trotz Impfung positiv testen, sind Leute, die regelmäßig PCR-Tests machen, z.B. medizinisches Personal.
[Leider auch etwas Bias, weil die Leute, die bis jetzt geimpft werden die sind, die auch am häufigsten getestet werden. Time will tell.]
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Da muss ich mehr in die Tiefe gehen:
Hier die Mutationen im gesamten Genom, auf DNA-Ebene.
Meins ist ganz unten.
Es gibt schon relativ weit am Anfang zwei Muationen, die nur in einer anderen der 50 Sequenzen auftauchen (der ganz oben)
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Wenn du geimpft bist und dein Immunsystem nicht stark eingeschränkt ist, heißt das nicht, dass der Virus gar nicht mehr in deine Zellen kommt, sondern nur, dass dein Immunsystem schneller reagieren kann.
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Derzeit veranlassen wir bei allen geimpften Leuten, die positiv testen, standardmäßig eine Genomsequenzierung des Virus um Varianten, gegen die die Impfung schlechter wirkt schneller erkennen zu können und dann [hoffentlich] gezielter gegen die Ausbreitung vorgehen zu können.
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Damit kann ich die Berlin- oder Griechenlandthese nicht beantworten, aber ich weiß auch nicht ob von DE und GR viel auf NCBI hochgeladen wird und wenn ja, wann.
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In den 50 Sequenzen aus Griechenland tauchen diese beiden Mutationen gar nicht auf.
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@SebCzaja
@SawsanChebli
Neonazis laufen hitlergrüßend durch unsere Innenstädte und bedrohen und verprügeln Leute
Geht doch bitte nicht auf die Straße dagegen sonst seid ihr genauso schlimm
Hallo wir sind die FDP
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Das sind fast 5 Meter A100
Rechtswidrige Pop-up-Radwege haben mehr als 600.000 Euro gekostet (via
@bzberlin
)
#verkehrswende
#PopUpRadwege
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Erklärung:
- Es gibt eine Inkubationsphase. Im Median dauert es 5 Tage zwischen Ansteckung und ersten auftreten von Symptomen.
- Die Virenlast ist am höchsten zu dem Zeitpunkt, wo die Symptome auftreten
- Kurz vor und ein paar Tage Symptombeginn ist das Ansteckungsrisiko groß
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Dabei raus kommt sowas hier (Ausschnitt).
Ein "-" ist eine Gap, also eine Stelle, wo es bei manchen Sequenzen Deletionen oder Insertionen gab, also ein Stück DNA fehlt oder eingebaut wurde.
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Es werden im Idealfall so schnell so viele Antikörper gebildet, dass du keine oder nur milde Symptome bekommst und nicht oder nur gering
[Hier werden noch mehr Studien kommen] ansteckend bist.
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Also mach ich mal weiter, und zwar heute mit Webtools, weil die zugänglicher sind als nerdy Kommandozeilentools.
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Zuerst mache ich ein Alignment.
Dabei werden die Sequenzen so angeordnet, dass die ähnlichen Sequenzen untereinanderstehen.
Das geht z.B. mit ClustalOmega
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Das geht auch online, z.B. hier:
Es steckt ein aufwändiger Algorithmus dahinter, auch wenn das Problem mit den sehr ähnlichen Sequenzen, die nur einer einzigen Covid-Variante angehören, eigentlich relativ einfach wäre.
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Derzeit schicken wir diese Personen trotzdem in Quarantäne, aber es kann gut sein, dass bald eine richtlinie kommt, dass diese Quarantäne mit einem zweiten PCR-Test schnell aufgehoben werden kann.
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Ein ct-Wert von >30 (mehr als 30 Verdopplungszyklen nötig) interpretieren wir als "nicht mehr ansteckend".
Bei ct 20 ist das 1.000-fache an RNA vorhanden,
Bei einem ct von 10 ist das 1.000.000-fache vorhanden.
(ct von <10 sind relativ selten)
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Das kritische Zeitfenster für das Aufkommen und die Ausbreitung von Escape-Mutationen beginnt, wenn die Bevölkerung teilweise immun ist und endet, wenn die herd immunity erreicht ist und die Inzidenzen gegen 0 sinken.
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Die existierenden Impfstoffe bieten gegen alle bekannten Varianten einen ausreichenden Schutz.
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mRNA-Impfstoffe lassen sich schneller an Escape-Mutationen anpassen, die Entwicklung und Zulassung und Produktion könnte stark beschleunigt werden
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Dafür verwenden wir den ct-Wert, das ist die Anzahl der Zyklen, die die PCR läuft, bis sich die Viren-RNA in der Probe bemerkbar macht. Bei jedem Zyklus wird die Menge des untersuchten Abschnittes verdoppelt.
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Aber: Die P1-Variante [Manaus] und die B1.351 [Südafrika] sind bereits bekannte Varianten, die häufiger zu Reinfektionen führen können.
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Wenn dein Immunsystem angesprungen ist, nimmt die Virenlast recht schnell wieder ab - 10 Tage nach Symptombeginn sind (von schweren Verläufen abgesehen) die meisten Menschen nicht mehr oder nur noch gering ansteckend.
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Ungeimpft dauert es eine gewisse Zeit, bis dein Immunsystem anspringt - in diesem Zeitraum kann sich das Virus ungehemmt exponentiell in deinem Körper vermehren.
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Jetzt kommt die nächste wichtige Graphik:
Wie funktioniert überhaupt eine Impfung?
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Dementsprechend verhält sich auch das Ansteckungsrisiko - das unterscheidet sich je nach Patient und je nach Zeitpunkt um ein Vielfaches.
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Wenn es eine Mutante gibt, die auf die Impfung gar nicht anspricht, ist es unwahrscheinlich, dass wir diese gezielt eindämmen können - das ist mit der B.1.1.7-Variante in Ländern mit höheren Inzidenzen auch nicht gelungen.
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Zum Abschluss noch ein paar Gedanken, die abwechselnd beuunruhigend und beruhigend sind:
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Meine Eltern haben sich in meinem Alter ein Haus gebaut und ich krieg nicht mal nen anständigen Joint hin.
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@wtyppod
@JackTheCapn
If you install a 40 ft radio tower on your backyard, does it mean you won
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1987, als Horst Seehofer und die CSU HIV-positive in Lager stecken wollte.
Never forget.
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Ich will einen Mann der mir so blind vertraut wie die FDP den deutschen Unternehmen
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"Hey wollt ihr Popcorn?"
"Das Kino in den Neukölln Arkaden verschenkt sein Popcorn weil sie es nicht mehr verkaufen können"
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Finden wir konkrete Accounts, die seitdem schweigen?
Russland blockiert Twitter und in den Querdenkerkreisen wird es plötzlich stiller. Zufall oder Chiffre?
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Hab gerade den Boy der im Zug um Sitz hinter mir eingepennt ist an der Endstation (Uelzen) aufgeweckt und kurz später kam das hier auf Grindr haha
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Ähnlich ist es auch mit Climate Change Denial, mit Covid-Geschwurbel, und hier der transphoben TERF-Bewegung.
Zu den oft direkt aus den USA übernommenen talking points kommt ein pseudowissenschaftliches Gerüst, um falsche Ansichten und teilweise auch offenen Hass zu untermauern.
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These: Hier wird keine Wissenschaft betrieben, sondern nur eine Inszenierung von Wissenschaft.
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Der Artikel, den die Welt klar als "Meinung" kennzeichnet, beansprucht für sich, wissenschaftlich zu sein und spricht der Gegenseite die Wissenschaftlichkeit ab. Doch wie wissenschaftlich arbeiten die Beteiligten?
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1) Sprache. Im Artikel finden sich typischen Terf-Schlagworte "Transgender-Ideologie", die durchgehend als "bedrohlich" bezeichnet wird, unsere Kinder "umerzieht", mit schlimmen Folgen für die Psyche und die körperliche Unversehrtheit" unserer schützenswerten Kinder.
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– biologischer, also wissenschaftlicher – Faktor dargestellt.
(Side note: Sogar chromosomal gibt es mehr als 2 Geschlechter)
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