Nakashima Takaya
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長崎大学病院麻酔科1年目＆博士課程3年目/佐藤先生( @Shuntarooo3 )の弟子/ Python, R/ 統計検定準1級 #2021 /共同研究者 @ TXP Medical/ My research→
日本 長崎
Joined February 2016
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麻酔科勉強会で「P値のトリセツ」という題名で，P値の取り扱い方について発表させていただきました！
P値廃止トレンドの紹介から，P値のあるあるな誤解，推定を行う上で注意すべきことまで，なるべく簡潔にまとめているつもりですので是非ご覧ください！
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ここ最近の研究の流れとしては，
1．CQ考える．
2．Elicit(), Pubmedで検索．
3．coreとなる論文を見つけて，connect papers()で論文を読み漁る．
4．Paperpile()やNotion()にpick upしてRQへと昇華．
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投稿予定の論文のdiscussionの部分をどう書くべきか悩んでいたんだけれど、この記事を読んで、implicationsとrecommendationsの違いを全くわかっていなかったことに気づいた😢
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RstudioからPositronに移行しました！
UIが綺麗で扱いやすいですね．
拡張機能で日本語版をdownloadすると便利です．
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個人的に機械学習を行う上で一番ややこしいなと感じるパラメータのチューニングについて，題名通り「これでもか！」と分かりやすく解説されています．
Optunaの実装までコード付きで解説されており，非常に参考になりました〜
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以前プチバズったツイートを受けて，「日々忙しい研究者がコスパ良く論文を書くためのTips」という題名でnote記事を書きました！
文献管理・検索に絞った超有用ツールの紹介をしています．
ツールが出るたびにnote更新します🙇♂️
統計解析，論文校正の記事も執筆予定です！
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Rstudioで作成したtableやfigureをofficeのwordやpowerpoint，excelに出力して，編集可能にしてくれるeofficeパッケージ便利すぎる．．．
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これらに加えて、質問文の先頭に[pubmed]と打つとpubmedに載ってる論文から引用してくれます😇
[NEJM]と打てばNEJMだけから引用してくれます
1番使ってるAIツールはperplexityだったりします🤔
超オススメ検索AIツールのPerplexityを使いこなすコツのNote書きました
以下のやり方が分からない場合には本記事を読む価値があると思います！
▶️追加で質問をする
▶️参考文献の数を増やす
▶️質問を後で編集する
▶️パーソナライズする
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論文執筆・校正にあたって，後藤先生 (
@GtoDr
)の臨床研究論文作成マニュアル()をバイブルとして使っているけれど，千葉大学の整形外科の先生が書かれているコラム()も非常に勉強になります📚
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最近Lancetから出されたパキロビットの治療効果に関する論文ですが，immortal time biasがあると大炎上🤔
薬剤曝露に関するbiasの勉強を最近始めたので，勉強がてら来月のメソッドジャーナルクラブで発表しようかな．
↓スレッド含め大変勉強になったので是非ご一読ください！
A new real-world effectiveness study documents 85% reduction of deaths and 55% reduction of hospitalizations for Paxlovid, independent of vaccination status, age, variants
@TheLancetInfDis
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国試にも(おそらく？)合格し、院試にも本日、合格していました～👏
4月からは長崎大学病院で研修医として働きつつ、佐藤先生(
@Shuntarooo3
)の下で、大学院で研究を続けていく予定です！！
多くの結果を残せるよう、これまで以上に頑張ります️💪
机もご用意していただきhappyです笑
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医療分野の機械学習を用いた予測モデルにおける欠測値の取り扱いについて書かれた論文です．
医療分野においてはmissingがランダムではないことが多いため，安直に平均値代入法やcomplete case analysisを行ってしまうとバイアスのかかった結果になるため注意が必要です．
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そういえば、無事に研修医を終えることができました！
来年から長崎大学の麻酔科で臨床と研究の両立を頑張ります💪
来年、大学院を卒業するのが目標です🔥
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調べ物がてらwhat if勉強会の動画見返してたんだけど，面白すぎてずっと見てしまう笑
この勉強会動画は本当に偉大だし何回見てもなるほど〜ってとこが出てくる
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ケースコントロール研究についてとても丁寧かつわかりやすく説明されている文献です！
コントロールぐんのサンプリング手法やコホート内ケースコントロール研究，ケースクロスオー��ー研究の違いについても図を交えて説明されていてとても勉強になりました🙇♂️
#疫学文献紹介
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ありがたいことに最近，各方面からAIツールの使い方について講演や執筆のご依頼をいただくので，こちらのnote記事も大幅updateしたいと思います！！
GPTsやNotebookLMの登場によって，利便性もまた1段階上がった気がするのでその辺も組み込んでいければと思います．
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医学界新聞に、「ダイパ、コスパのいい」と挑戦的な題名(笑)でAI技術を使った文献検索、管理法について寄稿させていただきました！
なるたけ分かりやすく解説したつもりなので、周りの若手の先生方にもAI技術のトリセツとして紹介いただけますと幸いです！
論文執筆や学会発表に取り組むに当たって，研修医の限られた時間とリソースは有効に活用したいもの。AIツールを用いた効率的な文献検索・管理法をレクチャーします。
忙しい研修医のためのAIツールを活用したタイパ・コスパ重視の文献検索・管理法（中島誉也）
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数年前に挫折してたGitHubとGitとRstudioの連携をようやくできました😇
便利～
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標準化(Standardization)についてもう一度しっかりと勉強し直そうと思い，佐藤俊哉先生の「疫学研究における交絡と効果の修飾」を読みました！
標準化についてここまで丁寧に書かれた文献は他にはないと思うので因果推論初学者は必読です！
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生存時間解析の機械学習モデルの評価指標として用いられる「C-index」について，日本語で分かりやすくまとめられている論文でとても助かりました！
Brierスコア，AUC，calibrationなどの評価指標の数式的な理解も深まるのでおすすめです〜
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#MERC
勉強会 で，流行の治療効果の異質性（heterogeneous treatment effect）について発表しました！
決定木を因果推論を行う手法に発展させたCausal treeについて詳しくまとめています．
決定木と何がどう違うのか？という疑問を解決できると思いますので是非ご覧ください！
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光栄なことに、医学界新聞様にて記事を連載させていただくことになりました！
約10回に渡り、研究に特化したAIや便利ツールの紹介をおこなっていきますので、少しでもお役に立てればと思います😎
このたびWeb限定の記事を配信する医学界新聞プラスがパワーアップ！
紙面の枠を超えた連載記事を順次配信していきます。
パワーアップ後初の記念すべき第1弾のWeb限定記事は，急速に広まりつつある生成AI（Gen
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明日10時半からポスター発表します！
関数データ解析を是非見に来てください💪
長崎チームは２つのポスター発表が終わりました。盛り上がり良かったです。
いろいろな方とも挨拶できました。仮想人物でないことをやっと示せました。
残すところポスター１つ！関数データ見に来てください😀
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JSEPTICで，「日々忙しい研究者がコスパ良く論文を書くためのTips」という題名で講演をさせていただき，研究に時間を割けない先生方を手助けするAIツールを紹介しました．
これから研究skillは必要ないのか？と聞かれますが，そうではなく，AIを上手く使うにはskill会得はより必須だと考えてます！
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『できる研究者の論文生産術』読了．
論文書きたいけど時間がない😭と嘆く人必読の一冊．
『論文とか書いたことないから書き方分かんないし，今度時間ある時に一気に書こっと』という考えもこの本を読んでからは，毎朝1時間は論文作成の時間に充てるようになりました😁
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2022年は、
・研修医＆大学院生になれた
・学会や勉強会を通じて多くの方と知り合えた
など、収穫のあった1年でした！
2023年は、
「成果を出す」をテーマに、
・3本以上論文を執筆する
・新たな臨床研究を最低1つは立てる
・留学に向けた英語勉強を始める
を主軸にやっていきます！
頑張るぞ～💪🔥
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臨床疫学会での発表は大盛況で終えることができました！！
関数データ解析について多くの方が興味を持ってくださり，次の研究に繋がるようなお話もいただけました💪
後藤先生(
@GtoDr
)はじめ多くの素晴らしい先生方，学生の皆様との交流もでき，やる気も1000倍になりました🙇
チーム長崎での1枚↓
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最近読んだ論文
CPHや機械学習を用いた生存時間解析モデルにSHAPを使って解釈性を持たせたという内容．
他にもいくつか論文当たってみたけど，機械学習使った生存時間解析モデルあんまり精度いい印象なくて，うーんという感じ．．．
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複数の統計解析をするようになると，どれだけ綺麗にフォルダ整理ができているか，codeの整備ができているか(その場しのぎの処理をしない，コメントアウトをする等)が，パフォーマンスに直結するなあ（自省）
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解析をやっている時に悩みがちな変数の命名．
命名のセンスが皆無な僕でも悩まずに，変数名を作ってくれるサイト「codic」おすすめです！
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日本サルコイドーシス/肉芽種性疾患学会九州支部秋期学術講演会の臨床研究部門で育成賞を頂くことが出来ました🫁
「透析前後における肺音解析の有用性」について発表させていただき、初めての学会で緊張しましたが、このような賞をいただけて嬉しいです！
国試頑張ります😇
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5．解析をする．コードの書き方で悩んだら，ChatGPT()くんに相談．
6．論文を書く．
7．3種の神器(deepl, grammaly, ChatGPT)で推敲．
8．頑張って論文を通す．
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久しぶりに
#MERC
勉強会 で発表しました！
機械学習モデルの評価で用いるAUCと生存時間解析において機械学習モデルで予測する際に指標として用いられる「C-index」についてです！！
特に理解が難しい，C-indexについてはこの記事を読めばきっと理解できると思います！
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MOVER databaseの解説記事が完成！
今後間違いなく使われまくる世界初の周術期databaseを解説しました！
どんなtableや変数があるのか，どの変数がどこにあるのか、解析する上での注意点や簡単な解析結果も載せています！
今後も更新予定なのでぜひご購入検討ください🙇♂️
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論文をコツコツ出すには，毎日少しずつでも書いていくのが大事とは分かっていても，書かないんだなあこれが
解析は楽しいのに笑
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｢いい｣ジャーナルに載せるためには、nの大きいデータや難解な解析が要求される近年において、臨床業務と両立させるのは相当難しそう。
とはいえ、臨床スキルがなければ質の高いCQや人との繋がりは生まれないし、研究スキルがなければfeasibilityが不明。
ジレンマ🤔
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本当にこの通りで、自分の雑多な考えを綺麗に整理させるという目的での使用が1番多い(メール、解析計画、論文執筆 etc)
ゼロベースから何かを生み出させるのは、それに対する評価、修正という手間が加わるのでメリットが上回らない限りは余計に時間がかかる印象
「いろんな執筆にAI活用してます！」と言うと「内容は正確なんですか？」「プロンプトですか？」と聞かれます。
根本的に考え方が異なります。
頭の中に浮かんだことを書き殴って、AIにキレイにしてもらう。
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やりたい統計解析の論文読んでて、codeが付いてなかったから、ダメ元でauthorにメールしてみたら、まさかのcode付きで返信してもらえて朝から感動してる😭
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統計検定終わったぁぁぁ
合否はさておき、統計の用語で何言ってるか分からないことはないレベルまでもっていけたのは大きな収穫😇
やっとゆっくりできる～～
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ロスマンの疫学 第2版 読了
疫学勉強するならこれを読むべしといった1冊。
what ifをある程度やっていたこともあり、とてもいい復習になりました！
(順序逆な気もする😅)
p値の取り扱いについても詳しく書かれていて勉強になりました😁
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日々臨床に忙殺されていますが、徐々に余裕も出てきて研究にも上手く時間割けるようになってきて楽しい日々を過ごしてます！
臨床なくして研究なし、なんてゆーてやろって研修医の頃は甘く考えてましたが間違いでした😔
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＃MERC勉強会
Deep Learning（RNN)を用いた心音分類についての論文を題材に
“RNNとLSTMの仕組み”
“CNNとRNNの違い”
について発表しました！
毎回思うけど，こんな仕組みを考えつくの凄すぎる．．．
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本日をもってAillisでのインターンを卒業しました！
地方の医学部では絶対に出来なかった経験をたくさんさせていただき、人間としてもとても成長出来た場所でした！！
「Art is long, Life is short.」を胸に、これから医師として、研究者として励んでいきます️💪🔥
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今度院内で講義するのに、次々と出てくるから全然追いつけてない🥹
週末時間とって整理しよ、、
愛用するAI文献レビューツールのConsensusがChatGPTと合体、ResearchGPTとかいうヤバすぎるツールが爆誕しとる…
質問すると30秒で2億本の先行研究から関連文献をレビューして要約、さらに結論も提示。
「RCTに限定して」とかもOK。
「私に聞く前にまずResearchGPTに聞いて」世界線が誕生するのか…
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今週の土，日に開催される日本臨床疫学会第5回年次学術大会()に参加します！
初めてのポスター発表ということで緊張しますが頑張ります💪
「関数データ解析」と呼ばれる経時的に測定されたデータに使える手法の臨床分野への応用について発表する予定です！！
#jsce2022
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10GB以上のデータを読み込むときはfreadの方がread_csvより早いな
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mover(Medical Informatics Operating Room Vitals and Events Repository)データベースすごいな、、、
これをオープンデータベースに出来るというのもすごい
周術期管理のオープンデータなんてこれまでなかったからめちゃくちゃ使われそう。
近いうちにtableや変数についてnoteにまとめます📒
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臨床も統計解析もまだまだペーペーだけど、今のところは統計解析を主軸として今後生きていきたいなぁって思うし、そんな進路を考えてみようかなぁ
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日本疫学会参加してきました.
リアル口演は初めてでしたが無事に終えることができました！
プレセミナーでも多くの方にRを知ってもらえました．
学会を通じて，興味がある分野は社会疫学，公衆衛生の向上より, 臨床疫学や手法の発展だと気付けたのも大きな収穫でした！
↓いつものチーム長崎を添えてw
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この1年でMIMIC、eICU、AmsterdamDBなどの大規模databaseを使った解析を多くさせてもらえて、SQLやRのcoding skillはもちろんのこと、事前に緻密な解析計画を練ることの重要性を再認識できました😂
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HEFpFFの標準治療に関する講演
観察研究で、薬剤の有効性を示そうとするには、相当な覚悟とバイアスに関する知識が必要だなと再認識しました。
RCTにつなげるためにも、デザインのきちんとした観察研究は重要！
#23JCS
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自分の研究の自分で集めたデータで，1例ずつカルテレビューしながらデータ比較すると，データと研究の限界が本当によく分かる．．．
ある疾患の定義をどうするか考えるだけでもめちゃ難しい🤔
臨床経験の大事さもよく理解できたし，限界を踏まえた解析ができるスキルを持つ大事さもよく分かりました．
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医療情報部に一々お願いしなくても、自分でSQL書ければ電カル上からデータ引っ張ってこれることを今更知ったので、SQL極めます
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今回の
#MERC
勉強会 で，因果探索の手法の1つであるLiNGAMについて発表しました！
日本では清水先生(
@sshimizu2006
)が研究をされていることで有名です!
非常に興味がある分野ですが，疫学分野において因果探索の研究はされているのでしょうか🤔🤔
#ダルモアスキットビッチ
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4泊5日の統計連合大会@京都終了！
理論バリバリの先生方の前で発表したのはいい経験になりました笑
「他分野手法の臨床疑問への応用」は興味があるところなので今後もアンテナ広くやっていこうと思います
「あのTwitter(X)の！」と声を掛けられることもあり嬉しかったです笑
ビールも美味しかった🍻
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拙いスライドですが、因果探索(LiNGAM)について以前まとめたのでご興味ある方は是非～！
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人生で初めての名刺を携えて，明日からの日本疫学会に参加します！
佐藤先生作ですが，アカウント名があるのがお洒落です笑
自分の口演があるのと佐藤先生(
@Shuntarooo3
)と藤井先生(
@RF_epidemiol
)のセミナーのチューターとしても参加するので多忙な三日間になりそうですが楽しみます！！
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『時系列分析と状態空間モデルの基礎: RとStanで学ぶ理論と実装 』
時系列分析を学ぶためにはまずこの1冊。
ホワイトノイズ、ARIMA、状態空間モデルなどについて分かりやすく、詳しく書かれています。
Rで実装しながら学べるのもとても勉強になりました😁
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変数をselectする時に，renameしたい変数名を指定してselectすればrenameも同時にできる・・・！！
今まで，別々にcodingしてた笑
ChatGPT様〜
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学会発表終わった～
中途半端なデザインじゃ色々苦労すると学べた勉強になる研究でした
論文化にむけて頑張ります💪
来年はもっと練り上げたRQで参加します！
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決定木の見てる変数重要度についてめっちゃ分かりやすくて勉強になった！
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明日の18:00よりNEJM「Pembrolizumab in Microsatellite-Instability–High Advanced Colorectal Cancer」を発表します！
先日開催された，生存時間解析セミナーで学んだRestricted Mean Survival Time(RMST) とハザード比の欠点について触れます！
#メソッドジャーナルクラブ
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木村先生(
@share_challenge
)の執筆された「絶対にあきらめない医学留学」を読みました．
将来，海外MPH進学を考えている身として，今知りたいことが具体的に網羅されていました！
海外留学を少しでも考えられている人は必読の一冊だと思います😆
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母の手術見舞いのために熊本の実家に帰ってきてます！
日々麻酔ばかりしていると手術が日常の連続と錯覚してしまいますが、患者やそのご家族にとっては人生を賭けた非日常なんだなと改めて勉強になりました
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寄稿させていただいた記事が年間6位に選ばれたということで嬉しい限りです。
今年は生成AIの登場に伴って、研究スタイルが大きく変化した1年でした！
色々なところで生成AIについての講演もさせていただき、私自身も非常に勉強になりました🙇♂️
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経時データの解析と時系列データの解析をごっちゃにしたweb記事が結構あって困惑することが多い、、
広義的には同じと思われてるんだろうけど、、
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ChatgptとClaude3どちらも課金して使ってみた肌感としては、巷で言われているように
数式・コーディングは、Chatgpt
作文は、Claude
に軍配があがると思う。
どちらも月ごとに課金できることを考えると、その月に何を主軸において研究を進めるかで課金先を変えるのも1つの選択肢か🤔
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機械学習や統計学の理論を学びたい時に，どうしても線形代数の壁があり，歯痒い思いをしていました．
時間が取れず今まで先送りにしていましたが，この機会にえくすぽ君と一緒に勉強することを決意しました😂
『是非私も参加したい！』という方がいらっしゃればDMください！
中島君(
@nakatak44107018
)と線形代数勉強会の打ち合わせでした❗️
話を聞いてみると、行動力の塊みたいな方だなあという印象😆
医学だけでなく機械学習、疫学、統計学と色んな方向に詳しい。見習うとこが多い😌
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土日を使って，日本行動計量学会の春の合宿セミナーに参加して時系列解析を学びました！！
幅広い範囲を，R動かしながら分かりやすく学ぶことができ，参加してよかったです😂
実際にやってみないと身につかないので，卒試終わったらやってみよ〜〜（卒試勉強やらないとやばい）
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今週は夏休みを頂いて壱岐に行ってきました！
自然豊かでとても充実した夏休みを過ごせました🏝
明日から引き続き臨床と研究を頑張ります💪(溜まっている論文を横目に、、、)
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臨床疫学会のために研究爆速でやらないといけないのに、コード動かなくて全然進まないし、やりたいこととかやらなきゃいけないことが溢れだしてくる😇😇😇
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