Sato Shuntaro｜佐藤俊太朗
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生物統計学／疫学の方法論／長崎大学／ 医学系研究のデザインや統計のコンサルが得意です。 共同研究等やお仕事依頼はDMください。 現代疫学（監訳、学術図書出版社）。コメントは個人の見解で組織を代表するものではないです。 質問箱：
長崎
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医学研究（特に臨床研究）は大きく5つに分類できると思います。
CQを研究にするときは、
1. 研究を5つのどれかに分類
2. Road mapにしたがい、疑問を構造化
3. 必要な変数考える
4. 研究デザイン考える（3と同時かな）
5. 解析方法考える
と幸せになれるかもしれません😀
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ネットサーフィンを何となくしていて、良いなーと思った論文の読み方
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ぼくが使用している（使用を考えている）Rのpackageをまとめました！
これで一通りの解析はできるはずです。
特に医学系なら困ることが少なくなると思います
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たびたび話題になる仮説検定やP値について以前作成した資料を公開します（ぶっ込んでみます）．端折るのは無理なので長いです．
こわいよーこわいよー
・検定を繰り返すことで発生する「多重性の問題」について，統計的に制御する方法と考え方で制御する方法をまとめた
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本日のセミナー資料の共有です。
単回帰モデルから重回帰モデル、多変量回帰モデルに拡張しつつ、一般化線形モデルを簡単に説明。
ここまで、モデルに対してフラットな解釈。
ここからは、研究目的と紐付けた解釈の説明。そして変数選択へ。
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臨床研究初学者へ向けた本は，PE(I)COでCQを整理する，から始めているものが多いです．
しかし，PE(I)COにあてはまらない臨床研究もあります．
まず考えるのは，
記述したいのか？
予測したいのか？
因果推論したいのか？
因果推論の時のみPE(I)COに移ります．
（PV，PPOは自作です，流行るかな？）
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階層モデリング（混合効果モデル、mixed effect model）をアニメーションで理解できるサイト。
シンプルな線形モデルから混合効果モデルまで拡張させていく過程がよく分かります😁
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Rを使った要約，回帰分析（探索的）のまとめpackageの決定版かもしれない．
tableoneのように，回帰分析の結果もうまく表にまとめてくれるし，欠測データの分布も図や表で確認できる！
そして名前がかっこいい，finalfit✨‼️‼️
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統計学寄りの言葉と機械学習寄りの用語の対応表。助かる。
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Lancetから，過去3年間に投稿された1000本以上の統計レビューに基づいた，よく遭遇する統計的欠陥とそれを回避するための簡単なガイダンスが出てました．
Recommendations for accurate reporting in medical research statistics - The Lancet
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30年ぐらい前で止まった誤解が多いフローチャートなので使わない方が良いです。こういうのにより間違った解析が医学系でも蔓延してしまう。。
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『Modern Epidemiology, 4th edition』の邦訳『現代疫学』が5/30に出版されます！！！！
圧巻の1308ページ！！！！
カバーがかっこいい！！！！
Amazonページもできました（予約注文できるようになったらまた告知します）．
#モダンエピ
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RStudioの中で、chat-GPTを使えるようにするpackage。
Shinyアプリを組んでくれたり、わかりやすいコメントを提案してくれたり、使いようによっては楽できそう。
tidyverse使うかであったり、コードのわかりやすさも制御できる。
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この論文は正座して精読する。
ゲーム機を所有し、ゲームをすることは精神的幸福に正の効果があるかもしれない。
Owning a video game console and participating in gameplay may have a positive effect on mental well-being, according to a study based on data from 97,602 people in Japan, published in
@NatureHumBehav
.
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臨床研究で、研究目的が予測なのに、因果推論を目的にした解析・解釈をしていないか？
その逆はないか、混同している研究を調査した研究。
180のうち46本（26%）が混同。
混同のタイプにもいろいろある。
研究の目的は明確にして、それに回答する解析、ぶれない解釈をしましょう！
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論文書いてるときは，後藤先生の臨床研究論文作成マニュアルをよく参照します．本当に良いサイトですよね．とても参考になります．いつもありがとうございます．
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臨床試験のサンプルサイズ計算、無料なのでG-Powerがよく使われている。しかし、効果量使うから使いづらい（というか効果量で計算しないで、平均やら割合使って欲しい）。
おすすめは、SWOGのサイト（）と長島先生のサイト（）です。
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本日のセミナー資料の抜粋を共有します。
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Rで臓器や器官ごとの色分け図を描きたいことありますよね．（ぼくはないです
gganatogram packageを使えばできますよ．
ヒト以外の動物，植物，細胞もありました．
Rコードを書かないアプリもありました．
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「生物統計家が参考にしている情報たち」をまとめました。少しずつ足していきます。困った査読対応にも使える情報も載せてます。
（最初に作ったタイトル情報を引きずっているので「R」がついていますが、Rに限定していません。）
#zenn
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Data visualizationを網羅したサイト
1. 思い描いていた図をクリック
2. プログラム言語をクリック（もちろんRもあるよ！）
3. 特に気に入った図をクリック
4. コードがのってる！！
すげー‼️😀
🎊 Happy to see this in
@infobeautyaward
long list...
"From data to Viz" 📊
@R_Graph_Gallery
#rstats
#dataviz
(also comes in
#Python
and
#d3js
)
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下の論文探していたら，こんな内容のPDFがでてきた．
15年前の記事だけど古くない．サンプルサイズが小さい場合の考え方を端的にまとめてある．
さすが俊哉先生．そして豪華な対談．
直接PDFリンクしかないので，
「分子生物学，生化学，細胞生物学における統計のポイント」
でググってください．
ドットプロットと箱ひげ図のコンビを目にする機会が多くなったなと思う．
このまま，棒グラフとひげを駆逐しろ
画像は，棒グラフだとミスリードするという論文より（Copyright確認済み）
Beyond Bar and Line Graphs: Time for a New Data Presentation Paradigm
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感度・特異度といった性能評価の講義資料作ろうと、ネットの世界にダイブしたところ、これ以上わかりやすい資料作るの無理だな、というのを見つけ、どうしたもんか悩んでいる。
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BMJの統計編集委員が医学研究者へクリスマスレターを送ってきました。年間500本、30年間論文を審査してきた上で浮かび上がった12の統計的原則です。彼らはこの原則が「科学と世界を救う」ことを願っています。
On the 12th Day of Christmas, a Statistician Sent to Me . . .
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査読者から「（RCTの）Table 1にP値出してー」「事後的なサンプルサイズ計算してー」「正規性がー」「ステップワイズー」とか困ったこと言われたときのディフェンス論文がまとまっているサイト
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Rを使ったさまざまな書籍が無料で読めます（英語）。
オーソドックスなとこだと、ggplotのトナカイ本、tidyverseのオウム本
他にも、Introduction to Data Science、Beyond Multiple Linear Regression、Forecasting: Principles and Practiceとか気になる本もある。
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Rでエレガントな表を作るpackageの一つgtsummary
リツイートの図は，端的にオプションの使い方を表しています．
まじで，このまま論文投稿できますね😀
Presenting at
@r_medicine
with
@karissawhiting
was a great experience! It was my first virtual conference, and everything went so smoothly! 🕺
Check out the slides here to see new features in the gtsummary📦: (recording coming soon)
#rstats
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Rで解析するときは、RStudioのproject機能使おうね。
フォルダの構成こんなふうにしたらいいよ、という記事。
個人的にはdocumentフォルダを追加したい。関係書類をまとめて入れたいから😀
RStudio Projects and Working Directories: A Beginner’s Guide
@Rbloggers
より
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以前もツイートしましたが、欠測に関するぱっと思いつくような疑問は、高橋先生の欠測本を読めば、だいたい解決します。まず、手元に一冊置きましょう。
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またいい感じに表を作ってくれるR packageが出ている．
gtsummary package
表のTitleやSub title表示させてくれたり，脚注を適当に出してくれるのにオリジナリティを感じる🧸
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RとDAGを使って、因果推論の基礎をまとめてあるサイト。コンパクトで、図も多いので、what ifの前段階に良いかも。
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ドットプロットと箱ひげ図のコンビを目にする機会が多くなったなと思う．
このまま，棒グラフとひげを駆逐しろ
画像は，棒グラフだとミスリードするという論文より（Copyright確認済み）
Beyond Bar and Line Graphs: Time for a New Data Presentation Paradigm
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生物統計家が参考にしている情報シリーズをR版とそれ以外にわけました。
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これは絶対読まねば。医学研究者たちよ、観察研究も見直してくれー🌄
Methods of Public Health Research — Strengthening Causal Inference from Observational Data | NEJM
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The R Graph Gallery
Rで描けるいろいろな図をギャラリー形式で見られて、コードも載っているサイト
（定期的にツイートされている気もするけど、自分も忘れていたので備忘録的にツイートしました。）
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因果効果の推定方法や
TMLE（Target maximum likelihood estimation）までの流れの整理
論文とか読んでるとTMLE最高やんみたいな感じだけど、なんでうまくいくのかまだわからん。使うの怖い
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多くの疫学手法を網羅的にまとめているサイト🚀
何が良いかって，
簡単な説明だけではなく，
これを読めというテキストと
方法論の論文と
手法を適用した論文が載ってある．
あとは，プログラムコードも載っている．
素晴らしい😀
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細かすぎるが、これこれーってなるRパッケージ。
ggplotで透過性を指定しても結局上書きされる問題を回避。
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これは便利では。
①Rstudioで見えるグラフとggsaveで出力したグラフの見え方が違う
②何度も何度もggsave→ファイルクリックを繰り返していた
③ggviewを使えば、Rstudio上で、出力した結果が見える。
📦 ggview te ayuda a elegir el tamaño de imagen adecuado para tu ggplot ! 😎
#RStats
#ggplot2
#TidyTuesday
#dataviz
#datascience
#programming
#python
#code
RT
@iaroslav_domin
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統計学の基礎をブログにシリーズ物として連載始めます😀
今年度、医学部一年生に対しておこなったものです。厳密さには欠けますが、導入としてちょうどよいものを目指します🔰
題材は医療に関するものが多いですが、一般化はできると思います。
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長崎大学大学院臨床感染症学の田代将人先生とロンドン大学衛生熱帯医学の遠藤彰先生（
@_akiraendo
）との共同研究です。
【目的】
集団のマスク着用等の意識向上は肺炎を減らすのか？
medrxivに公開されました。
※この論文は、まだ査読を受けておりません。
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プレセミナー『Rで実践！美しいTable & Figureを作ろう』のために、みんなで資料作ってHPつくりました！
申し込んでくださった方に公開です。
・めちゃくちゃ丁寧なRとRStudioのインストール
・きれいな図の作り方
・具体的な解析と可視化例（生存時間解析+因果推論）
から構成されています。自信作🤓
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Rを使った生存時間解析チュートリアル
端的な説明。
実務で困らない程度の内容は網羅している。
目次もわかりやすい粒度。
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オッズ比よりもリスク比・差が好ましいとよく言われるけど、オッズ比がリスク比より良いよ！という論文。
The Odds Ratio is “portable” across baseline risk but not the Relative Risk: Time to do away with the log link in binomial regression
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Rstudioを1.3に上げたところ，日本語が気持ちよく打てるようになりました‼️‼️‼️
分かる人は分かるよね⁉️
あのブラインドタッチできない人はお呼びじゃない感じ‼️
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これは全人類が知るべき知識だ。
Rstuidoでインデント調整するときは Tab キーではなく、Windows「Control + i」; Mac「⌘ + i」 が便利です。参考：
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臨床研究プラットフォームの立ち上げを検討しています。
研究が好きで楽しくて、助け合えて、切磋琢磨しあえるような集団にしたいです。医療従事者であることは求めないです。私自身、生物統計家ですし。
こういうプラットフォームに興味ありますか？
ご意見も欲しいです。よろしくお願いします‼️
ある。入って研究や支援がしたい。
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ある。何ができるか分からないけど入りたい
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あるけど、様子見。
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アンケート結果を見るだけ
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ggplotのデフォルトの色に最近あきませんか？
結構有名なpackageですが，ggsciがあります．
NatureやNEJM等の有名Journalの図の色にしてくれます！
「これらのJournalに通すぞ‼️」という意気込みの時にどうぞ😀
色が濃いのでggsci(alpha = 0.8)と透過度を変えるのおすすめ
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臨床研究でCQを整理する方法について，ブログ記事を書きました．
また元ツイートでも面白い（と思っている）ディスカッションをしているので，よかったらご覧ください．
臨床研究をする多くの医学研究者に届けば嬉しいです😀
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n回目のポストだが，後藤先生
@GtoDr
の臨床研究論文作成マニュアル，特にReviseの具体例には毎回助けられている．
海外でも鍛えられた後藤先生の事例だから，ちょうど良い表現なんだと思う．信頼できる．
（できたらもっと増やして🥺）
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2020年に疫学における因果推論本である『Causal inference: What if』の勉強会をほぼTwitter有志でおこないました。
発表資料と動画のまとめをブログにまとめていたのですが、広告が多いので引っ越して読みやすくしました。
どうぞー。
#whatif
勉強会
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Tidylog
少し使ってみましたが，これはすごい‼️
RってerrorもしくはWarning以外のlogが出ないから，いちいち作成したデータを確認しないといけないけど（しなかったら後で痛い目をみる），
このpackageはtidy familyを実行するたびに，簡単なsummaryが出力される😻
全R民は使うべき🌏🌍🌎
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みなさん，Twitterでの有益情報はとりあえずブックマークしちゃいますよね😉
そこで，整理するためにNotionをはじめてみました．
私の利用方法は次の通りです．
1. Notionに適当なページを作る
2. Notionの拡張を入れる
3. ブックマークしたいページを開き，紐付けたいNotionページを選び，Save page
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因果推論のテキストで使っているデータが入っているパッケージ‼️
R、Python、STATA用が用意されてます。いろいろな使い道ありますね。
『The Effect』Huntington-Klein
『Causal Inference: The Mixtape』Scott Cunningham
『Causal Inference: What If?』Hernán and Robins
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構想中の『医学統計学・疫学 初学者のための教科書』
対象：医歯薬学の学部学生、医学統計学・疫学ユーザーとしての研究者
狙い：
・医学統計学・疫学の現代のスタンダード知識を取得できる
・これらの学問を発展して学ぶためのベースを構築できる
・データ解析方法も学べる（JMP）
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傾向スコアマッチングのいくつかの問題点を克服するCardinality matchingという手法があるらしい。
Indirect covariate balance and residual confounding: An applied comparison of propensity score matching and cardinality matching
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Wikipediaのシンプソンのパラドックスのページなんだけど、この図わかりやすいのに、相関（Correlation）のつづり間違っている（Korrelation）のがおしい
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ggplot2のようなgtsummaryのチートシートがあれば、全Rユーザーは幸せになると思う。
I think all R users would be happy if gtsummary cheat sheets like ggplot2 were provided.
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臨床研究でTable 1作るの面倒ですよね？
Rユーザーはgtsummaryとか使って楽できるけど，R使えない人もいる！
そこで，
@NorimitsuNishi1
さんが，Webアプリケーションを作ってくれました！
1. データ読み込み
2. 適当に設定
3. Table 1作成
4. Wordやcsvファイルで出力できる
機能を追加しました:
Added new functionality:
・delimiterを「,」「;」「\t」から選択可能に
・Be able to select the delimiter of CSV from "," ";" "\t"
・生成されるスクリプトの内容を追加
・Added lines for the R script shown below the table.
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疫学・統計セミナー第1回
「データ解析と研究目的との関連」という動画を作成しました😀
Miguel先生の論文を参考に話を進めています！
お時間がありましたら，是非ご覧ください‼️
（ついにYouTuberになってしまった）
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Togo TVがパワーアップしてる🔥
PubMedで検索、Paperpile/Mendely/Zoteroで文献管理、パワポの使い方、Googleフォームの使い方、Grammaryで英文校正、Dropboxで資料管理、Google driveで資料の共有編集、Overleafで論文執筆等
研究者の必須スキルが**ビデオ**で見られる！
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37歳になりました。ありがとうございます！
・主著を最低2本通す
・独立した研究室持つ（見通しない、持たせてください）
・10km走れる体力を取り戻す
・書籍を書く
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Rで背景情報や回帰の結果をきれいにまとめてくれるgtsummary。
使ってるときの「あれどうするんだっけ？」に答える、かゆいところに手を届かせるコードまとめ。
yuzaR-Blog: R package reviews {gtsummary} Publication-Ready Tables of Data, Stat-Tests and Models!
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この記事は、全R民がリツイート、良いねして良い内容だと思ってる。
解析報告書はquartoで書きましょう。きれいにまとまりますよ。
日本語含めたPDFファイルをQuartoから出力する（mac）
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『Causal Inference: What If』(Hernán MA, Robins JM)のオンライン読書会を始めます．
参加者を募集します．希望者は，このスレッドに投稿 or 私（
@Shuntarooo3
）にDMください．
オーディエンスのみも可能です．因果推論に興味のある方は是非！
要項は次の通りです．
(1/)
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医学統計、疫学や臨床研究で
・気になっている
・わからない
けど、なかなか聞けないことを下記リンクから教えてください。どういうことを疑問に思っているか知りたいです。
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医療データの解析に焦点を当てた，Docker fileを作ろうと画策中です．
これにより，解析した環境をそのまま保持できるので，再現性の向上が期待できます．
また，reporting機能を充実させ，報告書として使えるレベルのアウトプットができるはずです．
そこで，よく使うpackageを教えてください！
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HP作りました．モチベーションは，
・SNS経由をしないで誰かわかるようにしたい
・共同研究，受諾研究，仕事依頼の導線をわかりやすくしたい
研究の窓口に関しては，これからより整えていきます．今後ともどうぞよろしくお願いします！
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203
医歯薬学の学生に向けた統計疫学の本も書きたい。講義で使える本は意外と少ない。
数式多めか、研究者向けのhow toか、ふるめの本ばかり。
生物統計学と疫学に興味持ってもらえる本書きたい。
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いろいろな回帰モデルの結果の可視化を楽にするRパッケージ：ggeffects
ちょっと手間かかったり，理論的に面倒なことがある下の図を簡単に作れるパッケージです．
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Target trial emulationの概要をまとめました。
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ゾコーバの件。P-hackやHARKingはダメという話をやりまくるしかないな。
1時間コースでいかがでしょうか？ webで全然やりますよ。
院内・学内研修におすすめです。
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因果推論するときの変数選択
・DAG描いてbackdoor基準で変数選択するのは、完全な因果構造が必要なため大変
・現実的な変数選択方法を提案している論文
VanderWeele, T.J. Principles of confounder selection. Eur J Epidemiol 34, 211–219 (2019).
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介入のシステマティックレビュー・メタアナで使う、ガイドライン、評価方法、ツール、アウトプトのまとめです。
勉強してて、混乱したところ落とし込みました。どなたかの道標になれば嬉しいです。
@CochraneJapan
さん、
@PsgSrws
さんの多大なるご支援を受けて作りました！ありがとうございます！
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複数のggplotを一つにまとめるpatchwork package
直感的に図の配置指定できるし，図のサブ番号（左上のAとか）も制御できる．
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久留米大学のバイオ統計センター主催のセミナーで、10/14の18:00〜19:30まで、時系列分断デザインや自己対照デザインのような対照群がないデザインについて簡単にお話しします。
申し込みに制限はないようです。
関心がございましたら、どうぞ🙂
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Rで多変量回帰系のforest plot描くなら、finalfitが一番きれいかなー。Coxで使えるsurvminerはカテゴリカル変数を扱いづらい。
コードに癖があるのが難しい。
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藤井さんとも話したんですが，ggsci pakcageのobservableという色使いが
・きれいな色で
・あらゆる色覚にも配慮されていて，
良さそうです．
scale_fill_observable()やscale_color_observable()で簡単に使えます．
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昨日の #前処理R や反響を見てて思ったけど、Tokyo.Rならぬ、Medical.Rって需要あるんじゃないか？
Tokyo.Rほどテクニカルではなく、医療ドメインに即して、実用的かつ端的な話題で構成すれば、医療関係者に刺さると思う。
それこそ、医学データを使った前処理選手権や美しい図選手権とかウケないか？
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ご恵贈いただきました！
一冊まるごとRグラフの本です。
Rコードもふんだんにありますが、ただhow-to本でなく、グラフの解釈や落とし穴について詳しく解説なされています。
知らないコードの書き方もあって、とても参考になります😀
@RF_epidemiol
@kinpodo_pub
、ありがとうございます！
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1月の日本疫学会学術総会で
@koro485
さんとプレセミナーおこないます．参加登録を今日からできるようになりました！
「DAGと回帰分析を用いた因果推論」
DAGは私が，回帰分析はKRSKさんがおこないます．
4000円で，学会員でなくても参加可能です！
是非ご登録ください‼️
１月の日本疫学会学術総会で
@Shuntarooo3
さんと統計モデルを用いた因果推論に関するセミナーをすることになりました。初級者レベルですので、研究を始めたばかりの方もぜひ。
もちろん「オンライン開催」ですので皆様奮ってご参加ください。詳細は近日中に！
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これは本当に大事．データ解析をする人はすべからく作るべき．
データ収集の際に作成が推奨される書類のリスト、沢山あって大変だけど、「解析用データセット仕様書」だけは作って、と。そしてその作り方をサンプルの仕様書とともに解説。これは熱い…医学研究者でもある運営陣も聞きながら反省することが山ほど出てきます…
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書籍プロジェクト始まりましたーーーー！！！！！
みなさまのおかげです！
疫学・生物統計学の第一選択にするぞ😀
（おこがましいですがそれぐらいの気持ちでがんばります）
医歯薬学の学生に向けた統計疫学の本も書きたい。講義で使える本は意外と少ない。
数式多めか、研究者向けのhow toか、ふるめの本ばかり。
生物統計学と疫学に興味持ってもらえる本書きたい。
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第5回臨床疫学セミナー「疫学・統計学からみた責任ある研究活動: 不正の連鎖を止めるために」(2022/8/26 (金) 17:00-18:10)
もし良ければご参加ください。
これまでと違い、医学研究をはじめ、統計学を扱う方みなさんに届けたい内容です。
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3年にわたるmodern epidemiology翻訳プロジェクトも最終盤に入りました。
本日、校正原稿が届きました。この厚さは。。。
（片面刷りです）
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【Methodに焦点を当てた臨床研究ジャーナルクラブのお誘い】
最新の臨床研究のデザインや手法をキャッチアップしたいけど、なかなか一人では大変ですよね？（一人でやれという意見もごもっとも）
みんなで協力することで、少ないコストで学べる機会を企画しました。
クラブの詳細情報は添付の通り。
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これ，すごいですね💦
知らないところで，xlsx -> xls -> xlsxって変換されている可能性もあるし，大きいデータは別に症例数を確認しようと思いました．
英国の新コロ患者が実は発表より1万6千人多いと発覚。原因はデータ集計過程でCSVをXLSXでなくXLSにしたため65536行目以降の人がなかったことに。
以て他山の石！！
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