Takuma Sugi
@Phageman0911
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Biophysics in behavior & development of computational imaging technology using light-field microscopy.
Joined December 2010
学振DC、PDの応募先を検討中の方で、光イメージング技術開発（特に当ラボ独自のコンピュテーショナルイメージング技術）に興味がある方はお気軽にご連絡ください。昨年、一昨年と当ラボを受け入れとして学振DCとPDが1名ずつ採択されており、応募のサポートも可能です。.
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原著論文「線虫C. elegansが電場を利用して宙を飛び、集団で昆虫に飛び乗り拡散する」がCurrent Biologyに掲載されました（北大中垣研との共同責任著者）。（1/n）.
Microscopic worms use electric fields to “jump” onto naturally charged bumblebee chauffeurs. @sugitakulab, @HokkaidoUni Katsuhiko Sato. Read more in @currentbiology:
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弊ラボのテクニカルスタッフ（中国出身）、「MATLABでGUI作っといて」と丸投げ＆しばらく放置してたら、きょう完成させてもってきた。線虫のインジェクション含むWet実験が一通りでき、コードも書け、中国語、日本語、英語も流暢というスーパーなテクニカルスタッフ。前職はラーメン屋アルバイト。.
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テクニカルスタッフ募集してたら、凄い女性が応募してきてくれた…元大手のシステムエンジニア、C、MATLAB、Python…まさに、どこにそんな人材が！？的な感じ。もち一発採用。3児の母という人生経験も含め、自分も学生も山ほど教わることありそう….
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この4、5年でラボ内外の色んな人を見てきたけど、結局、"持続的"に努力できる人はほんの一握りで、あとは初速だけ高くて持続しない人や最初からしない人が大半というのが実感。.
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150万の機械が壊れた。気にする学生に昔、先輩からかけてもらった一言を授けてあげた。「機械は使わないと壊れない。たくさん機械を壊すのはたくさん実験してるからだ」. ただ、その研究室は特推をもらっていた。.
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昔、ある著名な先生が「同じデータを見てもそこから何かを見抜く力が弱い人が多い」と仰ってた気がするんだけど、やっぱ手を動かす時間が減っても自分でデータをよく見ることは大事だと思う今日この頃。ちょっと見直すだけで気づくことが山ほどある。.
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自分の経験では、大学院時代にトップジャーナルがなかったので、その状況で登竜門的な学振PDやさきがけに通そうと試行錯誤したおかげで、色々スキルが上がった。その中で良い申請書は誰が見ても良い評価を得られる、良いものは誰が見ても良いということもわかった。.
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手も足も羽根もない小さな線虫が遠くに拡散する手段として動物に付着して移動する便乗行動が知られています。そこで帯電したハチを線虫に近づけた結果、線虫がハチに飛び乗る決定的瞬間を捉えました。以上から線虫が電場を利用して宙を飛び、集団で昆虫に飛び乗り拡散する可能性を示しました。（5/n）
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科研費 基盤Aに採択されました。動物集団内の情報伝達機構について生物物理学的な研究を推進する予定です。本プロジェクトとは異なりますがコンピュテーショナルイメージングの技術開発と応用研究もあわせて、学振PD・学生を募集しています。.
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そこで顕微鏡下で観察したところ、突然、ドッグフード上の線虫が消え、次の瞬間、シャーレの蓋に現れる、つまり線虫が飛ぶことに気づきました。これをもとに数年間、中垣研と様々な議論を経て、どうやら「帯電したシャーレの蓋に線虫が誘因されている」という結論に至りました。（3/n）
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さらに驚くことに、線虫は100個体近くのダワータワーごと飛び移る集団移動（multiworm transfer)を発見しました。（4/n）
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この研究で、寒天培地上のドッグフードで飼育したはずの線虫が数秒後にはなぜか大量にシャーレの蓋に移動している「テレポーテーション」のような不思議な現象を見つけました。（3/n）.
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学振PDの審査細目で何年も採用者が出てない細目ってなぜだろう。例えば遺伝学関連なんて、自分までは毎年、採用者が出てた印象なのに、その後ほとんど採用者がいない。単に応募数が少なかったとしても、分野として若手が育ってないことの表れだし、採用者が何年もいない細目は応募者も当然敬遠する。.
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この論文の始まりは7年半前にさかのぼります。弊ラボは2019年にNature Commun誌に線虫集団によるパターン形成の論文を発表しました（2/n）.
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うちの学生も毎日のようにオンデマンドの授業聞いてレポート書いてる>RT。授業多さ、なんとかならんのかな。自分の修士の時なんて、ほとんど授業受けた記憶がない。.
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本論文は四部作の一部で、第一部は今回のCur Biolの「跳ぶ」、第二部は2019年のNature Communの「集う」で、今後残りの第三部「爆ぜる」、第四部「廻る」の論文を発表する予定です。（6/n）.
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同じ建物から某国研ラボが出ていくのだが、廊下に「産廃物」の張り紙を貼った防振台や遠心機等の機械や綺麗な椅子など多数。譲渡をお願いしたら「既に産廃の見積もりに入っているので無理」と。なんだかなあ・・・。.
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また蛇足ですが、ダーウィンは晩年、小さな動物が便乗行動により世界中に拡がって種が拡散した可能性に興味を持っていました。(7/n).
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弊ラボはライトフィールド技術という独自のリアルタイム4D計測技術の開発と、それを活かすための集団行動や神経回路老化の研究という、技術開発とバイオロジーの両方で質の高いサイエンスをすることを目標にしています。興味がある人はぜひお気軽にご連絡ください。.
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キヤノン財団の第13回研究助成プログラムに採択されました。課題名「超高速高分解能３D計測・操作を実現する新顕微鏡の開発」で、ラボ独自のライトフィールド技術を基盤として、新規イメージング技術を開発します。.
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彼の人生最後の論文は、フランシス・クリックの祖父と共著でNature誌に発表した淡水二枚貝の便乗行動についての論文とのことです。ちなみにC. elegansはコスモポリタンな動物で世界中の土壌で見つかっています。（8/n）.
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自分もこのパターン。ポスドク1回目を終える段階で学振PDとさきがけ同時応募。さきがけは面接不採択だったけど、学振PDは採択。過去に学振PD 2回不採択から業績は増えてないが、この時の申請書は絶対の自信があっ��。この時「いい申請書は誰が見てもいい」ということを知った。.
これは心からお勧めできます。学振PDとさきがけ専任の申請書を同時に書くのは死ぬほど大変でしたけど、さきがけの申請書をまともに書くと能力が明らかに向上します。私はさきがけには落ちてしまったのですが、この経験を元に、研究費を代表で5つほどいただくことが出来ました。.
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以前、メンターの先生がある時を境に人を叱ることをやめ、それに対し、スタッフがなぜ叱らないのか訴えていたという話を聞いたことがあるけど、最近その理由がわかってきた。多くの人は叱っても変わらないし、叱って変わる人はそれまでに既に変わっているので、叱る必要がない>RT。.
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来年度からは輪読会だけなく、ラボ内で論文セミナーをやった方がいい気がしてきた。担当者は１つのトップラボの20年間分くらいの論文を１度に紹介するとか、上質のレビューの論文を全て紹介するとか。これくらいの強制力は必要かも。.
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冗談はさておき、ここに来て２年経とうしてるけど、広大って頑張って実績挙げればちゃんと評価してくれる大学だなあと思います。何も分かってないだけかもしれませんが…あと学生がとにかく素直。.
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動物集団によるパターン形成についてアクティブマター物理学の視点からまとめた総説をBiophysics and Physicobiology誌に発表しました。. We publish the review article discusssing collective pattern formations by animals from the perspective of active matter physics.
【BPPB早期公開のお知らせ】「Biophysics and Physicobiology」に Takuma Sugi, Hiroshi Ito, Ken H. Nagai による "Collective pattern formations of animals in active matter physics"が早期公開されました。.
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で、前者はちゃんと努力して不正解と正解を体験しているのでセンス（＝価値観、美的感覚？）も良いが、後者はその経験がないので、大体センスもズレてる>RT。.
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特に学振PDは3回目でようやく通ったけど、過去2回と3回目の間で業績は増えてないのに採用されたことで「こういうことか」と気づきを得た。同じ内容の申請書はさきがけでも面接に呼ばれたことから、確信に変わった。.
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うちに受け入れ希望を出してくれてた学生が無事、学振PDで採択。来年度からガチ光工学のスーパスターが加わり、さらにライトフィールド3Dイメージングで独走する😤.
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日本生物物理学会の生物物理誌に総説を発表し, C. elegans集団によるネットワーク構造が表紙になりました. We published a reveiw paper in a journal of The Biophysical Society of Japan. C. elegans collectives form a ‘static' network on the cover.
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きょうラボ１期生が修士論文提出。色々あったけど、3テーマで80ページ超え、いつでも申請書に使えるクオリティ。最初の学生がこのベンチマークを後輩たちに残した効果はかなり大きい。これをもとに特許、原著論文を書くのがこちらの役目。きょうはこれ飲んで明日からまた走り続ける。
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（緩募）画像処理技術に精通した方や習得に意欲があり、学振PD、DC1の応募先を検討中の方はお気軽にご連絡ください。当ラボの4Dコンピュテーショナルイメージングをさらに発展させるには卓越した画像処理技術が必要と考えており、一方で生物的応用を通し、バイオロジーの専門性を得られると思います。.
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今年は研究人生で間違いなく最も充実した１年でした。軍資金を充分に獲得しながら凄い人材が揃った。ライトフィールドもほぼ完成し、それを２つの特許という形で確保した。ここに4月からガチ光工学者が学振PDで加わり最強の布陣が完成する。バイオロジーの発見を通し価値を世に示すことが来年の目標。.
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4/1は多くの栄転、昇進のTwitterに触れられて、明るい気持ちになる。と同時に我々の世代は人一倍の努力して実績残しても報われない人が数多くいたけど、いまの若手の世代は頑張った人はそれなりに報われている印象。アカデミアの状況も少しずつ改善してる気がすることも明るい気持ちにさせてくれる。.
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AMED-PRIMEの「機能低下」領域に採択されました。. I won a research grant from Japan Agency for Medical Research and Development.
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今年のラボはグラント獲得（創発、某財団大型助成金、科研費）、ライトフィールド技術で特許出願、M1がエクセレントスチューデント賞受賞、共著のACS Nano発表、と実りの多い1年でした。来年はついにスーパーエースも加わり学生も増えるので、今年以上に良い1年になりそうな予感。.
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うちのラボの３年の女子学生、色々凄すぎる。配属5ヶ月で、PIのピッチにデータ提供、メーカーと勝手に議論しながら実験系の立ち上げなどなど・・・そしてハードワーカー（年末年始も休まず）。わずか5分のVCたちを前にしたピッチで３年生のデータを使うとは思いもしませんでした。.
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学生・ポスドクで気をつけないといけない罠にインプットとアウトプットのバランスを間違えることがある。手を動かすのは体力を使うし、なかなか結果も出ないが、勉強や論文読みなどは容易に成長を感じれるためインプットに逃げてしまう。インプットはアウトプットに迫られてやらないといけない。.
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保育園の自宅待機命令でプールにいけなくなったので、自宅で売店店員（かき氷、ポテト、流し素麺）とプール監視員しながら学生のバイオイメージング学会のポスター添削。
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コロナ感染者が増えてきたせいで、研究室見学がオンラインになった。オンラインで見学って何するんだ？学生にとってどの研究室に配属されるかは人生かかってるって認識がなさすぎ。あまいよ。.
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明日発表します！.
31日夕方、金沢で開催される日本発生生物学会で、東北大・梅津さんオーガナイズのフリースタイルWSでUnderstanding the principle of collective behaviors and development of real-time high-resolution light-field imagingのタイトルで発表します。初の発生生物学会参加です。.
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うちのラボメンバー、誰もが知る超々大手優良企業の研究職（エンジニア）の内々定を受諾し、電光石火で就活を終わらせた。他にも超大手メーカーの最終に残ってたけど、1番最初にオファーをくれたとこにした。過去に失敗も経験し、それを払拭するため努力してきたのを見てきたから、とても嬉しい（涙。.
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ライトフィールド技術の2件目の特許について、JSTの国際特許出願（PCT出願）に係る権利化支援に採択されました。国際展開に向けた第一歩です。.
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NEURO2024で教育講演予定です（月末26日午前）。.NEURO2024/コンピュテーショナル・イメージングが拓く４Ｄ神経科学の世界.
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この数日、中間発表会で発表する学生たちの実験に付き合い、10年ぶりくらいに明け方帰りを繰り返して寝不足だったけど、アラームかけずに寝て起きたら、完全に回復した。.
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情報収集への意識の高さと優秀さってやっぱり相関あるように思う。手に入る情報をスルーせず、積極的にチラ見するかしないかで大きな差がつく、というよりチラ見すらしない人は他でもきっと損して知らない間に差がついてる、というのを最近感じる。.
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線虫の静電気を利用した集団ジャンプの論文がCurrent BiologyのDispatchesで取り上げられました。.
Prof. Shawn Xu presents a really cool Dispatch for our C. elegans electric jumping paper! Thank you, Shawn and @CurrentBiology!.
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こんな小さな生き物が魅せる知性を担う神経活動を研究できると思うだけで、この仕事を生業にしていることの幸せを感じる。#毎日が自由研究.
シロアリの逃避行動です。開放的な環境に晒された途端一斉に逃げ急ぐ姿が見えますが、ハイライトは34秒くらいからで、大人が逃げ遅れた子供を助けに行く様子が見えます。当研究室ではこのような社会性行動の脳神経活動の動作原理を独自開発している4Dイメージング技術で解明する研究を行なっています。
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ラボ立ち上げ2年半で充分にエナジーチャージ完了。次の2年半は特許、論文と成果を挙げることを徹底し、5か年計画を完遂する。.
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殻を破って伸びる人と伸び悩む人の違いに、素直さ、誠実さ、コミュニケーションを取る積極性があるように思う。殻は他人との相互作用で破る必要があり、そのためのベースになるのが前文の要素なのかも。.
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明後日は定量生物学の会年会にて「スキャンレスシングルショット４Ｄイメージング技術の開発と応用」のタイトルで発表します。.
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某nexusって新規姉妹誌、本誌でレビューの末にリジェクトになった場合、「レビューコメントに対応したら姉妹誌にトランスファーできます」って言うから、そうしたら、また新たなレビュワーに回って、結局、少なくとも計2度フルリバイスをやらされるという罰ゲームが待ってることを知った週末。.
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この年末年始はこちらの本を読んだ。公私両方で人を選ぶ際に参考になりそうなことが色々書いてあった。就活生は面接対策に読んでも良さそう。.
最近よかったのは「人を選ぶ技術」。人の成長意欲を分解して、どうやって面接で見るか書かれている。前半はエモだが後半でちゃんと構造化してくれるのでエンジニアでも読みやすい。会社の面接に出る人全員に読んでもらうよう薦めています。
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一般試験（休日）の２週間前にいきなり「試験監督（それも主任）に決まりました、説明会にも参加してください、遂行できない場合はそちらで代理教員を見つけて来てください」って色々おかしい気が・・・教員にも休日は家族との予定があるわけで、土日働くのが当然のようになってないか・・・。.
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某グラントのニ次審査、なぜ研究開発代表者でなく、VC担当者が発表するのか、意味不明。そもそも、VCからの引き合いがないと二次審査に回れないという仕組みもよくないと思う。.
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@sugitakulab これにて今年は閉店ガラガラ。今年は学生の生物物理学会発表賞、エクセレント受賞ｘ2人、学生の超大手就職、教採採用、JSTのSTART、A-STEP、未来社会、キヤノン財団の研究助成採択、AMEDの追加配賦採択、PNAS Nexus発表、来年度受入の学振PD採用、とこれ以上にない実り多い１年でした。.
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共著論文がJACSに公開されました。. Our paper is out in J Am Chem Soc. Nice colloaboration with Dr. Igarashi, a group leader of QST, and Prof. Harada, Shirakawa and more labs.
A nanodiamond gyroscope allows researchers to track 3D molecular dynamics in cells and live animals by fluorescence microscope. ~ Read the latest from Igarashi and co-workers
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We published a review paper on C. elegans collective behaviors in the Physical Society of Japan. 日本物理学会誌に線虫集団行動に関する総説を発表しました。.
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この研究、ファイル遡るとほぼ７年かかってた。.
先月JACSに発表した研究のプレスリリースが広島大学から出ました。.
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academistに記事を掲載して頂きました。.
【新着記事】 動物はどのように秩序だった群れをつくるのか？ – アクティブマターの物理で迫る、線虫の群れ形成メカニズム - academist Journal.
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意識の高さってやっぱなかなか変わらないもの��、高い人は最初から高いし、周りに流されず、常に走り続けることができる。ラボメンバーのGWを見てて改めて思った。彼ら毎日フル稼働で、夜も遅くまで実験や輪読会の勉強と本当に凄かった。.
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このライトフィールド技術、正直、半年くらい前まではポテンシャルはあるものの未成熟であまり使い物にならない技術でしたが、この半年で複数のドラスティックな変化を行い、一気に完成度が高まりました。ここからは様々なアプリケーションのフェーズに入っていく予定。.
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自分でいうのもなんだが、2003年に入社した某国内製薬トップは同期の現状を見てると１年で辞めたのはあまりに先見の明があったと思う。あのタイミングは製薬だけでなく、色んな企業の転換点でもあった気がする。就活経験と企業経験も今に活きてるし、1年のサラリーマン体験で十分だった。.
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よく研究費獲得に追われ…というのを見るけど、自分は研究費獲得のプロセスは結構好きだけどなあ。申請書書いたり、ヒアリングのために予備データ出したりするところでかなりのアイデアの醸成や研究の進展がある。そして出したらちょっとした割りのいい宝くじを得た楽しみもある>RT.
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明日はこちらで発表予定です。.
＼申込み受付中です！／.今週土曜日開催！形態解析ワークショップ. 現地またはオンラインでご参加いただけます。.どうぞお気軽にお申し込みください！. ▼お申込みはこちら.
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まだこういった研究でもScienceに載るんですね。凄い人数かけたり、大規模なオミクス解析がトップジャーナルを賑わす中、こういった古くからのNMRでScienceに載るって素晴らしいと思う。>RT.
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今日、遺伝学の授業で学生がオプトジェネティクスを知らないという驚きの事実を知った。ちなみに生物科学科2年生後期。確かに凄いスピードで発展した技術なんでさもありなんとも思うが、とりあえず新年明けて授業の続きでオプトジェネティクスをやることにした。.
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むしろ自分たちで擬態に気づかないシステムにしてる気が。うちはいい人を採ったなあと「自分」が思える人材を世に出したい。>RT.
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