K.Koiwai
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🐟熱帯魚好きな水産研究者🦐 twitterでは実験手法などみなさんから勉強させてもらってます📝 1細胞解析/Drop-seq/水産学/共同研究募集中・ご連絡ください！ 面識のある方を除いて、学生さんはフォローしないようにしています。フォローしてって方は直接お知らせください😊 スポンジボブ大好き🧽
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これからは論文のイントロに、
「エビ類は水産養殖対象種の中でも嗜好性が高く高値で取引される価値のある生き物である」と書くたびに、(まぁ食べれないですが)。
と悲しい気持ちにならねばいかんのか‥
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ぶら下げて宣伝することもないので…。
普段はクルマエビから採血をして血液の研究などをしております。
クルマエビの血液研究なんてニッチな研究ですが、
基礎研究が将来に生きてくると信じて研究しています。
みなさんも応用研究のみではなく基礎研究にも少しでも興味を持っていただけると幸いです。
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なんと、お仕事していた間にとんでもないことに😲
皆様からのアドバイスや励ましのお言葉、お返事できておりませんが目を通させていただいております！どうもありがとうございます🦐
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ノーコードで使用可能な機械学習画像分類ソフト。Micrsoft製で無料。
試しに顕微鏡画像データで遊んでみたけれど、なかなか素晴らしい性能な気がする！
ちょっと真面目に使ってみようかしら。
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まじかぁー！？
サカナは「考えるときだけ脳を巨大化できる」と明らかに
サカナは脳の大きさを自在に変えられることが分かりました。研究では環境や季節の違いごとに脳の質量を測定し、新事実を発見。考える必要がないときは脳を小さくしエコに生活していたのではと予想されています。
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本日付けで、東京海洋大学の助教に着任いたしました。
甲殻類の免疫研究を基盤に、シングルセル解析や魚病研究に励みたいと思います！
また、一年という短い間でしたが色々学ばせていただいた東京農工大学には感謝しております。
みなさま、引き続きよろしくお願いいたします！
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アレルゲンとなるトロポミオンシンの相同性にもよるのではないでしょうか。
人により抗原となる部分は異なると思うので、種別に交差反応があるかは人によるとしか言えないと思います‥
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なぜバズったのかわからない😅
論文がこれくらいバズってくれたらいいのだけれどww
実は一昨日もエビチリを食べている…。
そして一昨日調子が悪かった…。まさか今までの調子悪かった原因も…？
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すごい…
こんなの見たらリコンビナントタンパク質に対する抗体なんてほとんどワークしないんじゃないかって気がしてくるw
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申請していた学内予算をいただけることになった！
これでエビ🦐だけでなく各種生体🐟🐙🦑🦀🦗のシングルセル解析をする基盤が構築できます！
面白い生き物を研究している(したい)けど、いきなり高額なscRNA-seqはできないな…。という方ぜひご連絡ください！こちらでライブラリー調整などいたします‼️
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シングルセルの論文がfull publishedされました！🥰
クルマエビの血球細胞をDrop-seqという網羅的シングルセルmRNA解析にかけ、分類したよ。という論文です。
Single-cell RNA-seq analysis reveals penaeid shrimp hemocyte subpopulations and cell differentiation process
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クルマエビ血球細胞のシングルセルmRNA解析の論文をbioRxivにアップしました。
クルマエビの免疫で重要な役割を果たす血球細胞は、分子生物学的な分類が進んでいませんでした。今回の研究で客観的な分類に重要なマーカー遺伝子や細胞の分化機構を推定することができました。
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電子版にて紹介いただけました！
記者さんのとても丁寧でわかりやすい解説に感謝です🙇🙇
東京海洋大、クルマエビの天敵ウイルス感染機構を解明 - 日本経済新聞
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どこまでメインテーマにできるかまだわからないのだけれど、ベルベットワーム（カギムシ）の研究をしたい学生さんは海洋大にいませんか？
育て方からゲノムシークエンスまで、一通り研究したいです。
少し水産から離れてしまいますが、お近くに興味ある方いそうでしたらお声掛けをお願いします‥！🙏
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私のような初学者がIllumina様のもとで講演なんてさせてもらっていいのだろうか！？😳
という気持ちでいっぱいなのですが、そうなのです、今度ウェビナーをやらせていただきます。
9/7(火)午後2時からライブウェビナー「水産無脊椎動物へのシングルセルmRNA解析適用の実際と工夫」を開催。東京海洋大学の小祝敬一郎先生に、クルマエビ血球細胞のDrop-seq解析を通じて苦労したことや行った工夫を紹介いただきます。ぜひご参加ください！
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日曜日のお昼に新妻先生
@ikra_newife
のYou Tube Liveで🦐のお話させていただきます！
今回は、これまで研究してきたエビ免疫のお話と、いま精力的に行っている1細胞解析について、話したいなーと思っています🤔☺️
お時間の都合つく方は、ぜひご参加ください‼️
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今日は念願のかずさDNA研究所に訪問させていただきました！
最先端シークエンス設備を見学できて感動！白澤先生、ありがとうございました！
ダーナちゃんにも会えました🌸
@Kazusa_DNA
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"Congratulations! Your submission has been accepted for publication"
やったぁ！🥰
本大学に着任させてもらって、最初の仕事。着任から2年と少しかかってしまいました...。これからも精いっぱいやらせていただきます！🙏
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【ご意見募集】
研究室HPをリニューアルすることとなりました。
そこで、参考にさせていただくために、
「あそこのHPはかっこいいぞ！！」
と、いったような皆さんのお気に入りHPを教えていただけると嬉しいです😆
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これが大学の建物とは信じられない‥😅
タイのチュラロンコン大学は所有する土地にいくつもショッピングモールを経営しており、その利益で奨学金の補助や大学運営費を賄っているそうです。日本の大学とは土地貸しの規模が違いますね‥😅
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smFISHでscRNA-seqのデータを裏付ける(めっちゃキレイな)画像撮れて満足マンゾク😎
教えてくださった先生方、ありがとうございました！！
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片手間でできる仕事ではないと思うんだよね‥生き物を商品として昇華する作業って🤔
最近の新規参入全般に思うけど‥。
コーナン商事、エビの陸上養殖に参入 店舗スペース活用 - 日本経済新聞
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こちら明日です！🙏
がんばります🙏
9/7(火)午後2時からライブウェビナー「水産無脊椎動物へのシングルセルmRNA解析適用の実際と工夫」を開催。東京海洋大学の小祝敬一郎先生に、クルマエビ血球細胞のDrop-seq解析を通じて苦労したことや行った工夫を紹介いただきます。ぜひご参加ください！
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PDの時にお世話になったラボで取り組ませてもらった研究が、無事アクセプトされました！
Applying Deterministic Lateral Displacement Cell Separation on Immune Cells of Marine Shrimp
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苦節半年！？
やっと今の環境でDrop-seqのライブラリーをまともにつくれるようになりました🤩
メタノール固定かつ非モデル生物由来の細胞でもここまでいけます！
様々な条件検討とTRY & ERROR、基礎的な検討ができたので今後のためにもなったはず！
Drop-seq興味ある方、ご連絡お待ちしてます😉
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明日からシングルセルゲノミクス研究会2022に参加します。
なんと‼️スピーカーとしてお声がけいただきまして、2日目にお話させていただきます🤩🙏
どうぞよろしくお願いします！
有名な方々の前での発表に非常に緊張しています…🤣
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"Congratulations, we are pleased to inform you that your article has been accepted for publication. "
やった～😊
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東京海洋大学オープンキャンパスの設営！久しぶりの対面形式のオープンキャンパスのようです。
当学科は8/2に対面イベントがあります。
みなさま周囲の高校生にお伝え下さいください🥰
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なんと、尾崎先生と羊土社さまよりご献本頂いてしまいました💦
まだチラッとしか読めてないですが、細かくプロトコルが記述されております、間違いなく役立ちます！
買おうと思っていた本なので本当に嬉しいです！ありがとうございます！！
@yuifu
@Yodosha_EM
【新刊】『誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール』が発行となりました！
次世代シークエンスほか，各実験系で「綺麗なデータ」を得るためのサンプル抽出の極意を，多様な生物別に熟練実験者が伝授！
#NGS
サンプル
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今日は北里大学の古川先生(
@fumiya_furukawa
)にいらしていただき、🐚アワビ🐌の採血方法と解剖方法を伝授していただきました！
暑い中ありがとうございました！
（Ｋ下くんが）実験頑張ります！
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スーパーで昼食にグラタン買おうとしたらどれもエビ入り‥
アレルギーにこんなに厳しい世の中だったなんて知らなかった‥
(このネタまだひっぱるか
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研究室から新しい論文が出版されました。
昨年養殖場で発生したウイルス病のゲノム配列をシークエンスし、他年度の株と比較しました。
Whole‐genome analysis of red sea bream iridovirus spread in 2021 in Japan provided epidemiological and viral traits insight
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とゆうことで、学生さんがadaptive sequencingをしております！
全ゲノム抽出したサンプルからミトコン配列だけをシークエンスしているです！🧬
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今日の1枚！ある遺伝子が特定の細胞中で転写されていることが確認できました！Drop-seqの結果と整合性がとれて満足です。
ホルマリン固定でうまくいきました！みなさまのおかげです🤩
緑:Target
マゼンタ:b-actin
青:核
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あしたはこちらで発表させていただきます。
第２回核酸研究会研究ミーティング
「無脊椎動物シングルセル解析でなにがわかりそうか？」
オンラインでの試聴も可能なようですので、ぜひご登録ください！
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すごい、各植物のマーカー遺伝子増幅用のプライマー配列までも一瞬で出てくる‼️
世界最多種の植物ゲノム情報🧬を提供するデータベース、
#PlantGARDEN
(）を開発しました☘️
研究利用はもちろんだけど、高校や大学の #教育活動 での活用も期待できそう🌟
HP：
論文：
#SSH
#教育
#DNA
マーカー
#QTL
#WUI
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Python使いの学生さんからTkinterというpythonでGUIを構築できるパッケージを教えてもらった。そもそもpythonに内蔵してるらしい。
python使いの人には当たり前なのかもしれないけれど、聞くまで知らなかった身からすると感動！知らないものは調べられもしない（笑）
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ここ2か月以上条件検討していたシングルセルmRNA解析の新しい手法に目途が立ってきた・・・！
共同研究を一緒にして下さっている方のお陰です！！
シークエンスと結果を見るのが楽しみです！！🤩
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