Shingo Kato@がんゲノム医
@shinkato_unagi
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がんゲノム医です。臨床がんゲノムに詳しい雑に扱って大丈夫な人です。宜しくお願い致します。基礎研究もやっています。 がん領域の医師・研究者を増やしたい。エクセル書類反対派。医学系大学院生の不満に対して上司に変わって謝罪します。
横浜
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横浜市立大学附属病院は、令和５年４月より「がんゲノム医療拠点病院」に指定していただきました。
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【業務連絡＞胆膵の先生へ】
新規膵癌マーカーこと、APOA2-iTQが保険承認されました。ぜひ使ってください。
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【NHK】
ヒューマニエンス40億年のたくらみ
「すい臓」 寡黙なるヒト進化の同伴者
初回放送日：2024年9月7日
～250年前『解体新書』が発行されるまで、日本ではすい臓の存在は知られていなかった。～
膵臓関係者の皆様、是非ご覧ください。
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🔬病理医は大切🔬
病理医がいないと、最終的な結論が出ない疾患が多く存在する。
他の職種からその重要性が認知されにくいが、本当に増やしてほしい。
医学生は病理医を目指そう。
AIにとって変えられることは無い。
AIには責任がないから。
病理医が負う責任は機械なんぞに持てん。
非病理医より
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【医学生へ響け先端医療】
弊学医学部では、がんゲノムの授業は3年生の臨床腫瘍学でヒトコマだけもらっています。
せっかく専門部署のある大学なので、数年前に作ってもらいました。
今年はTMB-high胆膵癌でICI激効きした症例があるので提示しようと思います。最先端がん医療、印象に残るといいな。。
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恐らく、1月9日の週に処方切れを起こす患者さんが多いと思います。
かかりつけ医があいていない可能性もありますので、内服薬の情報は持っておくとよいと思います。
お薬手帳がある場合はそれでＯＫです。
お薬手帳がない場合は、薬を飲んだ後、包装シートを捨てずにとっておくと、それで分かります。
避難所で少し落ち着けた方は、感染対策と、定期的に飲んでいる薬の確認をお勧めします。
物流が止まると、地域で薬の不足が起こる可能性があります。
特に血液サラサラの薬を飲んでおられる方は、出来るだけ中断しない方が良いと思いますので、残薬の確認をしておくとよいと思います。
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癌学会とは。
私にとっては、一年何やってたんだお前、臨床を言い訳にするな、見てみろみんな頑張ってるだろと、自分で自分になじられる修行です。
やっぱり印刷ポスターは直接話せていいですね。
お話して下さった皆様、ありがとうございました！
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なんと・・・。
がんゲノムの授業とかない医学部があるのか。。
そりゃそうだな。。
腫瘍科がない大学も多いし。。
弊ゲ、呼んでいただけばどこへでも行かせていただきます。
がん種横断的にGenMineTOP200例出していますので、そこそこ症例提示できます。
どうぞお気軽にご連絡ください。。
【医学生へ響け先端医療】
弊学医学部では、がんゲノムの授業は3年生の臨床腫瘍学でヒトコマだけもらっています。
せっかく専門部署のある大学なので、数年前に作ってもらいました。
今年はTMB-high胆膵癌でICI激効きした症例があるので提示しようと思います。最先端がん医療、印象に残るといいな。。
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臨床論文一本書いて、はい終わり、の博士号なんて意味あるのかって、ワシもそう思ってます。
でも、院生はお金払って学んでいる学生であって、労働者じゃない。
指導教官は全力で博士号を取得させないといけない。
博士号の意義は自分で決めるものだし、学んだことをその先の人生でどう使うかが大切。
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【ゆる募】
お勧め外注RNAseq先
条件：マウス、培養細胞、total RNA、2ugくらいとれる、n=9、カウントデータ化まではやってほしいその先は頑張る
で安くてお勧めの外注RNAseq先あればぜひ教えてください。。
最近は安くなってるんですかね。。
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【今更速報】
日本肺癌学会様の『バイオマーカー検査の流れとマルチプレックス遺伝子検査（2024年4月作成）』、めっちゃわかりやすい！
非専門医に分かる感じが素晴らしいです！
これぞ学会のやるべきことですね。。
もっと早く勉強しとけって感じですが。。
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【すまんワシが代わりに謝る】
40歳を超えた大学の医者が絶対にやってはいけないこと
↓
大学院生の書いた論文の下書きを塩漬けにする
まぁ普通レスポンスは2週間以内やな。。
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【がん研究者へ届け】
AMEDがんシンポジウム「しる×しる×みちる ～がん研究のこれまでとこれから～」のYoutube動画です。
1:24:00～の本田先生の発表、是非全ての胆膵の先生に見てほしいです。
早期膵癌を見つけるのはいかに難しいかという。。
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避難所で少し落ち着けた方は、感染対策と、定期的に飲んでいる薬の確認をお勧めします。
物流が止まると、地域で薬の不足が起こる可能性があります。
特に血液サラサラの薬を飲んでおられる方は、出来るだけ中断しない方が良いと思いますので、残薬の確認をしておくとよいと思います。
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💉胆膵内視鏡医は大切💉
診断に分子生物学的な解析が導入されるにつれ、組織採取の必要性は急速に増しています。
EUS-FNAは胆膵領域を飛び出し、とても応用範囲の広い手技となりました。
開腹せず、体中の部位から組織を採ってこれる職人。
医学生は胆膵内視鏡医を目指そう。
非胆膵内視鏡医より
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【パネル別にまとめよと指令】
GenMineTOP半年。。
この地域の胆膵癌のゲノムデータは当院に集約する感じになりました。
肝内胆管がんのFGFR2融合遺伝子陽性率は7%くらいらしいので、14件に一件くらいか。。
脳神経と骨軟部多いのは弊社の特徴ですかね。
引き続きよろしくお願いいたします。
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この投稿でフォロワーさん増えました！
ありがとうございます！
このアカウントの中の人は、がんゲノム医療の経験だけは豊富な人です。
本邦初のRNA解析搭載パネルGenMineTOPの開発グループの一人です。
がんゲノム医療をわかりやすく！
フォローよろしくお願いいたします！
【医学生へ響け先端医療】
弊学医学部では、がんゲノムの授業は3年生の臨床腫瘍学でヒトコマだけもらっています。
せっかく専門部署のある大学なので、数年前に作ってもらいました。
今年はTMB-high胆膵癌でICI激効きした症例があるので提示しようと思います。最先端がん医療、印象に残るといいな。。
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ということで、がんゲノム医療に多大な貢献をしてくださっているのは病理技師さんと病理医の先生方なので、日々病理部に頭を下げているゲノム医です。
病理医の給料は安すぎる。
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そういえば自分が腫瘍学に興味を持ったのは医学部の授業でした。
肺癌に対するゲフィチニブの画像。
『魔法の弾丸』に未来を見た。。
やっぱり医学生にはワクワクしてほしいですね。
今未来を見せられるとすれば、がんゲノム医療かCAR-T療法では。。
腫瘍学への勧誘頑張ります。
【医学生へ響け先端医療】
弊学医学部では、がんゲノムの授業は3年生の臨床腫瘍学でヒトコマだけもらっています。
せっかく専門部署のある大学なので、数年前に作ってもらいました。
今年はTMB-high胆膵癌でICI激効きした症例があるので提示しようと思います。最先端がん医療、印象に残るといいな。。
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【所感🤔】
GenMineTOPのデータみてて驚くのは、肉腫ってまじで変異2個しかなかったりする。
737遺伝子中735個は野生型と。。
wet研究者として、その2個だけ変異させてがんを作れと言われても、おそらくがん化しないと思われる。
肉腫はまじで全ゲノムやってもいいように思われ。
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🤔膵癌でがんゲノム検査受けた人は生殖細胞系列のBRCA変異も『全部』みてるから、BRCAnalysis意味ないよね、と聞かれた時、
😎ショートリードのNGS解析では、エクソン単位の欠失など、ゲノムの大規模な構造異常は検出できないことがあるので、厳密には意味あります。
って答えるとかっこいいぞ。
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【🐣教えてドライ民】
親細胞（WT）、遺伝子A導入細胞（A）、遺伝子B導入細胞（B）で各群n=3でRNAseqを行いました。
言いたいこと：
WT⇒AとWT⇒Bで異なることが起きている。
今考えている方法：
WT vs AのDEGと
WT vs BのDEGが
異なることを示す
⇒多重検定でダメとか言われますかね。。
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検査によって新しい治療選択が得られ、かつ『腫瘍が小さくなった』に絞ると、本当にわずかな確率（数％）だと思います。
難しいのは、これが完全にゼロではないという点です。この数％に該当する患者さんを、もらさず見つけ出すのが自分の仕事だと思っています。
意味も価値もあると私は思っています。
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『保険のがんゲノム検査は人生一回だけです。』
「自費なら何回でも受けられるのか？」
『受けられます。しかし、自費検査の場合、治療も自費になってしまいます。』
抗がん剤の自費投与は極めて高額で、現実的ではありません。
このため、事実上がんゲノム検査は一患者一回だけです。
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【がんゲノム遺伝子変異検出法豆知識】
測定原理がNGSって書いてあったら全部同じ、ではないです。
肺がんの初回遺伝子検査のオンコマインDxTT／肺がんコンパクトパネル
⇒アンプリコンシークエンス法
進行がん用のがん遺伝子パネル検査
⇒ハイブリッドキャプチャー法
それぞれ長所短所アリです。
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＞RT
BRAF変異症例にダブラフェニブ・トラメチニブが使えるようになるかも問題ですが、
C-CATにアクセスできる連携・拠点病院は、自施設の該当症例が一括検索できます。
C-CAT診療検索ポータル＞自分の病院IDを選択＞がん種選択無し＞遺伝子にBRAFと入力＞置換・挿入・欠失を選択＞検索開始
です。
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（これでも）フォロワーさん増えた！
ありがとうございます！
このアカウントは、がんゲノム医療に詳しい人です。
がんゲノム医療は難しいです。
難しいことをなるべく簡単にしてお伝えします。
関係ない投稿も多いですが、もしよければフォローお願いいたします🧬
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💊腫瘍内科医は大切💊
抗がん剤は、いろいろな診療科の先生も使えます。
専門家なんて必要なの？と思うかもしれません。
必要なんです。
特に今後は『臓器を問わない適応』が増えてきます。
臓器横断的に勉強し続けてくれる集団が必要なんです。
医学生は腫瘍内科医を目指そう。
非腫瘍内科医より
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本日、知力の天下一武道会こと東の都大学のエキパネで症例検討会を担当させていただくことなりました。
瀕死の重傷を負うことが予想されますが、必ず生きて帰ってきたいと思います。
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GenMinTOP、弊社RNA解析成功率100％とセミナーで言ったのですが、それは本当です。
言い忘れたのですが、RNAは質より量説があります。
弊社はDNAパネルもかなり余分な量を出しています。
患者さんにとっては一発勝負なので、ぎりぎりで勝負しない、というのも大切だと思います。
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今週号のNatureです。
是非ご覧ください。
元コクガン、Now日本医大の本田先生の記事です。
膵癌早期マーカー開発のお話しです。
SNSやってないので宣伝してとのことです。
いや私のアカウントで宣伝しても。。
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元国がん、現日本医科大学の本田一文先生による
新規膵癌マーカーapoA2-isoformの紹介動画です（英語）。
膵癌専門の方へ、このマーカーはガチです。
臨床実装を目指しています。
くっっオレにもっと力（フォロワー）があれば。。
是非拡散、再生お願いいたします。
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【融合遺伝子の検出】
RNA解析も万能ではなく、そもそもRNA抽出をする、というコストがかかります。
イントロンが短く、かつパートナー遺伝子がほぼ決まっている場合はDNAでも問題ないと思います。
多彩なパートナーをとる脳腫瘍のNTRK2融合遺伝子はRNAでないと見つかりにくいという話があります。
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【肺勉強】
肺がん領域では診断時に
①AmoyDx（RT-PCR）
②オンコマインDxTT（NGS）
③肺がんコンパクトパネル（NGS)
をだす。
診断時なので、生検してから間もない検体を出す。
なので、DNAの分解はそもそもあまり問題にならないと思われる。
じゃあTATが短い①かな。。いやでもHER2ほしいよねぇ。
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【RET融合遺伝子】
RET fusion、ようやく良さそうな文献見つけました。
まぁ肺癌でも1%未満くらいなのでそうなりますよね。
膵癌が入ってるのはうれしいが。。0.11%ですか。。
break pointはほぼイントロン11に集中していて、これはDNAパネルでも捕まりそうです。
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【急募】
大学院博士課程に進んで良かったと思っている医師。
または大学院博士課程時代の心温まる良い話を出来る医師。
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医学生・研修医の先生に対する診療科の勧誘も大切ですが、専門領域の勧誘も大事ですよね。
がんの臨床医、研究医を増やしたいです。
診療科は消化器内科で、研究はがん領域がもう間違いないと思うんですが。。
がん領域は今まさに革命がいっぱい起きてます。
医学生の皆さん、是非がん領域へ！！
癌学会とは。
私にとっては、一年何やってたんだお前、臨床を言い訳にするな、見てみろみんな頑張ってるだろと、自分で自分になじられる修行です。
やっぱり印刷ポスターは直接話せていいですね。
お話して下さった皆様、ありがとうございました！
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ようやく免疫の専門家っぽいマニアックな仕事が出ました。。ありがたい。。
共著に入れてくれて本当に感謝です。
後続のポスドクの皆様、スタッフサイエンティストの皆様、本当にありがとうございました。
脂質を認識するT細胞のお話しです。。
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医学部の大学院生活を、価値があって楽しいものにしなければ、研究者なんて増えない。
お金払と時間と労力使って博士号とれないなんて、誰が入るんだよと。
博士号をとらせた上で、
研究開発の世界は、しんどいけどこんなにわくわくするもんだってのを見せたい。
くっ。。ワイにその力があれば。。
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医療者の多くは優しくて、最初はやる気もあると思うんです（違いますかね（笑））。
しかし、ほんっとうに稀に出現する超絶暴言患者様の一回攻撃で、一発離職してしまう看護師さんとか、医師とか現実にいるんですよね。
それだけは本当に防がないと、医療界の損失だと思います。
盾🛡️がんばります。
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GenMine、ハードル高いのはわかります。Foneで困ってないのに労力かけて移行する価値あるのかねと。
ただ、理屈的には、融合遺伝子検出能は、同等か上しかないはすです。
なので、少なくとも非小細胞肺癌と胆道癌だけはGenMineで出した方が良いと思います。
専門の方、是非ご検討ください。
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一晩でフォロワーさんが増えた！
ありがとうございます！
弊ゲノム医は、『たぶん日本で唯一、教授でもないのに自費のがんゲノム検査を大学病院に導入した人』です。
2016年からコツコツ独りでやってます！
臨床がんゲノムなら詳しいと思います。
もしよければフォローお願いいたします！
（これでも）フォロワーさん増えた！
ありがとうございます！
このアカウントは、がんゲノム医療に詳しい人です。
がんゲノム医療は難しいです。
難しいことをなるべく簡単にしてお伝えします。
関係ない投稿も多いですが、もしよければフォローお願いいたします🧬
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【TMB】
Tumor mutation countとか、Tumor mutation scoreとかにしといた方が分かり易かった気もするTumor mutation burdenですが、元々全エクソンシークエンスから出てきた概念です。
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アポリポ蛋白A2アイソフォームとは
アポリポ蛋白A2（APOA2）の尾っぽのアミノ酸がATで終わるタイプと、ATQで終わるタイプの比をとったスコア。
なので、『アイソフォーム』がつく。
10年以上の時間をかけて、ようやく保険診療として世に出した新規膵癌検出マーカーです。
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【RNAseq解析の疑問】
カウントデータからDEG抽出とか、パスウェイ解析は出来るようになったんだけど、、
あの大量の遺伝子群をこう、
細胞質内／核／膜／分泌タンパク
で分けるとか、
転写因子のみ抽出するとか、
そういう局在とか機能でくくったグループ化みたいなのできないですかねぇ。
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保険のがんゲノム検査は、
・標準治療の無い希少がんは時期を問わず
・標準治療のあるがんは、原則標準治療終了見込み
で検査可能です。
希少がんの場合は、いつでも出せます。
しかし、一患者一回だけですので、全く薬物治療の予定がないのに検査しても、結果を有効に使えないかもしれません。
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進行胆膵領域がんでの化学療法治療が、いかに厳しい世界かを知らないと、あんまりびっくりしないかもしれないけど。。
TMB-Highに対するICIが承認されたのが2022年なので、3年前だったらこんな大逆転は起きなかったわけで。。
臨床腫瘍学やがん薬物療法に興味を持ってもらえるように頑張ります！
【医学生へ響け先端医療】
弊学医学部では、がんゲノムの授業は3年生の臨床腫瘍学でヒトコマだけもらっています。
せっかく専門部署のある大学なので、数年前に作ってもらいました。
今年はTMB-high胆膵癌でICI激効きした症例があるので提示しようと思います。最先端がん医療、印象に残るといいな。。
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完全に私見ですので間違ってるかもですが。。
TMB-high→より非自己となる→抗原性があがる→ICIが効きやすくなる
という仮説はとてもスマートなのですが、
厳密にいえば、TMBが高くても、同じ細胞内で高くないと、抗原性は上がらないように思うのです。
リキッドだと、和でも高くなりそうで。。
F-oneリキッドのTMB>10/MbでのICI使用は、弊社は推奨していません。
保険診療的な理由は、単純にコンパニオンとってないから、と言う点です。
なので今後意見変えるかもしれません。
とはいえ、ctDNAっぽいVAFで大量の変異が検出された場合は、やっぱり弊ゲも悩みますし、残念がります。
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【🐣】
肺がんに対して、METエクソン14スキッピングはDruggableなのに、増幅はなぜダメなのか問題ですが、解説していただきました！
有効性とカットオフ値の問題のようです。
確かに、FISHやリキッドNGSなど、同じ『増幅』でも、そもそも解析系が違うものも多そうです。
ありがとうございました！
@shinkato_unagi
De novo, Acquired共にMET AMPに関しては1.有効性の問題と2.MET AMPのcut off がはっきしてない問題だと思います。MET exon 14 skippingはORR 40-60%あるのに、MET AMPは1st lineからORR 20-30%程度ですので、1・2共にまだ改善の余地が大きいと思います。
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MET exon14 スキッピングの検出結果が、ArcherMETとオンコマインで不一致になることがある（あった？）件
の解説いただきました！
ありがとうございます！
@shinkato_unagi
@LargeRicefields
リード数が少ない場合、splice donor siteに近いhomopolymeric site (TTTT)のエラーが、誤ってex14 skippingのmutationsやindelとcallされたみたいです。先生のご指摘の通り、exon14 skip の偽陽性は珍しい事象なので、肺癌で一番権威のある雑誌に詳細が掲載されています。
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自分は臨床も好きだし、開業も楽しそうって思います。
でも自分は研究の世界を知ってしまった。
physician scientistなんて聞こえはいいけど、中途半端。
それも分かってる。
それでもアカデミアにいたいです。
研究開発の世界のわくわく感。
この世界、この感覚を多くの若い人に知って欲しいです。
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来週、九州肺癌研究機構（LOGIK）にお邪魔します。
あんまり良い症例は出せ無そうで申し訳ございません。。。
ただまぁ肺癌はF-oneで出す意義は乏しいんじゃないかなぁと思います。
九州の先生方、対戦よろしくお願いいたします。
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これ、リアルタイムPCRなら正解出せるのか。
そりゃそうだ。エクソン挟んで設計すればいいだけですね。
より最新の技術っぽいNGSでは逆にマッピングの時に難しくなるという。。
技術は正しく理解して適所に使うっていう良い例ですね。
また一つ賢くなりました。
@shinkato_unagi
@LargeRicefields
リード数が少ない場合、splice donor siteに近いhomopolymeric site (TTTT)のエラーが、誤ってex14 skippingのmutationsやindelとcallされたみたいです。先生のご指摘の通り、exon14 skip の偽陽性は珍しい事象なので、肺癌で一番権威のある雑誌に詳細が掲載されています。
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【BS】
NHK BSP4Kだそうですっ！
BS・・・
【NHK】
ヒューマニエンス40億年のたくらみ
「すい臓」 寡黙なるヒト進化の同伴者
初回放送日：2024年9月7日
～250年前『解体新書』が発行されるまで、日本ではすい臓の存在は知られていなかった。～
膵臓関係者の皆様、是非ご覧ください。
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肺がんは、診断時に簡易版のがんゲノム検査が受けられます。
このため、項目の多い検査を再度行う必要があるのか、議論になっています。
また、肺がんは最初から比較的多くの治療選択肢があります。
一方、膵がんは治療の選択肢が少なく、診断時にがんゲノム検査は受けられないという違いがあります。
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📖『T細胞マーカーはTCRとCD3。』
📖『CD11bは骨髄系、B220はB細胞系、NK1.1はNK細胞のマーカー。』
😐「ふむふむ。。」
📖『活性化したT細胞はCD11bやB220やNK1.1を出すことがある。』
😅「お、、おぅ。。」
免疫難しいですよね。。
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【マイクロサテライトインスタビリティ】
すらすら言えるとかっこいいぞ。MSI。
陽性：MSI、MSI-High
陰性：MSS、MSI-low
MSIという用語自体が『不安定』という意味を持っていて、反対のStableという言葉がMSSで『陰性』です。
しかしこれだと分かり難いので、MSI-High/lowといういい方もあります。
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🤔ほほう。。
MET exon14 スキッピングの検出結果が、ArcherMETとオンコマインで不一致になることがある（あった？）のか。。
肺がん領域では注意喚起されていたんですね。
もう改善されているのかな。
コンパニオン検査は全然経験ないから、この辺全然知らんですね。。
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東日本大震災の時、医療支援に行かせていただいた内科医です。
避難所は人が密集するので、感染症が大きな問題になりました。
避難された方は、マスクと手洗いで感染症にお気を付けください。
皆様のご無事を祈っております。
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【肺勉強】
非専門家的に、肺癌コンパクトパネル、出番ないんじゃって一瞬思ったのですが、
腫瘍含有量5%で変異検出できるのか。
オンコマインDxTTの記載は30％。
30%は正直きついよねぇ。。
5%は魅力だ。。
こういう細かい違いがある検査種が揃っているのは良いですねぇ。
胆道もはよ。。
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データを見たところ、当院では5%でした。20件に1件程度でした。
最初から検体が少ないことを分かっていて、患者さんに説明の上、ダメ元でトライしている症例もあります。
一方、何故不成立なのか分からない症例もあります。
不成立の場合は保険検査の権利は残りますので、次にどうするかが大切です。
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🧬GenMineTOP🧬
に出て来る謎画像こと『SNP頻度分布図』ですが、こんな感じになっていればOKです。
OKとは、腫瘍サンプルと血液サンプルが同一人物であると考えられる（取り違えしていない）ということです。
Normal VAF 0.5の列に塊が複数でき得るのは、領域のLossとかがあるためだそうです。
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facebookほとんど開かなくなったんですど、誕生日だったもんで開いてみました。そういえば、2017年にこんな投稿をしていました。
これから実に7年の時を経て、アポリポA2アイソフォームは今年保険収載となるわけですが、新しいバイオマーカーを世に出すことは本当に大変なんですねぇ。。
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【癌学会前日】
癌学会の前日に同じ会場で
『日本分子腫瘍マーカー研究会』という研究会があります。。。
12：20 ～ 13：10でランチョンセミナーさせていただきます。
LS-1 本邦初の RNA 解析搭載がん遺伝子パネル検査の使用経験と有用性の検討
もし前日入りしてお時間ある方は是非。。
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臨床がんゲノムを学ぶ時、NGSデータの読み方が重要視されますが、その前の段階の方が重要なのではと思います。
検体の採取・処理・選択、パネルの選択などです。
NGSデータが正しい前提で話が進むことが多いですが、そもそもこのデータで議論してよいのか、という点も考えた方が良いと思います。
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🧬GenMineTOP🧬
C-CATに入力した情報をPDF出力
→そのPDFファイルをアップロード
→オーダー欄に必要な情報を自動抽出
という神機能が付いている。
この機能の神っぷりを実感できるのは、既存検査オーダー時に情報を手入力してミスっていた者のみかもしれないが、とても助かる。色々進化してますね。
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【いただいた質問】
Ｑ．融合遺伝子が検出された場合、パートナーに関わらず、ほぼほぼDruggableとしてよいのか。
Ａ．『はい。ほぼほぼそうだと思います。』と答えましたが、もちろん、未知のパートナーの時などはブレイクポイント含めて、検討が必要です。ただ、未知のこと自体がとても少ないです。
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肺がんの症例がパネル検査少なめなのは、コンパニオン検査が充実しているからだと思います。
検体も限られているので、コンパニオン優先で出した方が良いと思います。
融合遺伝子は、RT-PCRベースのもの（アモイ？）が良いと思います。
一方で、ERBB2を見るにはNGSが必要で。。
悩ましいですね。
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がんゲノム豆知識
C-CAT🐱で検体情報を入れる際、原発不明癌でも原発臓器を入力しないといけません。
選択式ではないので、空欄にキーワードで検索する必要があります。
その際、原発不明癌の場合は『不明』『原発不明』ではなく、『その他』です。
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尚、この一回だけの『保険がんゲノム検査の権利』ですが、検査結果が得られるまで失いません。
組織を用いた検査で、検体不良などを理由に検査失敗となっても、保険検査の権利は残ります。
その場合、他の検体、または血液検体で再度検査を出すことが可能です。
『保険のがんゲノム検査は人生一回だけです。』
「自費なら何回でも受けられるのか？」
『受けられます。しかし、自費検査の場合、治療も自費になってしまいます。』
抗がん剤の自費投与は極めて高額で、現実的ではありません。
このため、事実上がんゲノム検査は一患者一回だけです。
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がんゲノム医療の実際はまだまだ厳しいです。
魔法ではないので、今日この瞬間に全ての患者さんの世界を変えることは難しいです。
ですが、盛らない自分でも、驚くような経過の症例には実際出会っています。
少しずつではありますが、確実に世界は変わっていると思います。
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しかし、脳幹だとそもそも検査のための組織が得られない可能性があります。脳腫瘍はこれが難しいです。。
ご質問ありがとうございます。
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99%の医師に関係のない情報ですが、弊ゲノム医が迷ったってことは同じこと思う人いるだろう。。
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GenMineTOPは、こちらがレポートをダウンロードすると、検査会社がデータをC-CATに送ってくれます。
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F-oneみたいにデータ送信のボタンはないです。
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【🐣肺がんコンパニオン診断ムズい】
肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システム
DNA：EGFR変異、BRAF V600E変異、KRAS G12C
RNA：ALK fusion、ROS1 fuision、RET fuision、MET ex14 skipping
method：NGS
ふむ。
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【アポリポ速報】
いっしー先生がまとめてくださいました！
読みやすい！
ありがとうございます！
不勉強のため初耳です。
中途覚醒したので調べました。
自分なりまとめ。
・APOA2-iTQは健常人より膵癌患者で少ない（カットオフ59.5以下で特異度95.3%）
・APOA2-iTQはCA19-9が37以下の膵癌患者の59.4%で陽性となった（カットオフ59.5未満）
・膵癌リスク高い患者はCA19-9の結果を見ずに測定できる
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🧬GenMineTOP🧬
まだ導入出来ていない施設もあるとのこと。
大変ですからね。。
弊社開通させました。 問題なくデータも出ています。
ご紹介の場合は、患者さんに紹介状を渡した状態で、患者さんからお電話をいただき、『がんゲノムよろしく』で大丈夫です。
よろしくお願いいたします。
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弊大学病院では、患者さんからのスタッフへの暴言があった場合の対策チームがあります。
職員の皆様、安心して働いてください。
尚、私が最前線の盾役🛡️を拝命しています。
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#RNAseq
ですが、例えば、
⇐弊社開発のマウス膵癌モデル
から、RNAを抽出して、外注のRNAseq業者に依頼して一万行くらいのエクセルファイルをゲットして、なんやかんやすると、
こうなります⇒
⇐これがこう⇒
Real time PCRのデータが大量に出て来るような感覚です。
#データサイエンス
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RNAseqの外注先検索したらフォロワーさん増えた！
初めましてゲノム医です！
①がん細胞の遺伝子変異をカスタムでき、
②宿主や局所の免疫が解析でき、
③作れと言われれば50匹くらい一度に作れる
汎用性の高い、がんマウスモデルを開発して、研究しています。
フォローよろしくお願いいたします！
#RNAseq
ですが、例えば、
⇐弊社開発のマウス膵癌モデル
から、RNAを抽出して、外注のRNAseq業者に依頼して一万行くらいのエクセルファイルをゲットして、なんやかんやすると、
こうなります⇒
⇐これがこう⇒
Real time PCRのデータが大量に出て来るような感覚です。
#データサイエンス
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🦈肝臓内科医は大切🦈
劇症肝炎ってご存知ですか。
薬剤が原因の場合もあるので、誰でもなり得る病気です。
とても致死率の高い疾患です。
しかし、治療できる医者、施設がすごく少ないんです。
肝臓医療の専門家を育成する必要があります。
医学生は肝臓内科医になろう。
非肝臓内科医より
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🧑⚕️臨床医
患者さんだから何言っても良いと言うわけではないですね。
🧑🔬研究者
レビューアーだから何言っても良いというわけではないですね。
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#がんゲノム用検体採取
消化器内科以外の先生には知られてないこともありますが、腹腔内リンパ節はかなり広い範囲で、消化器内視鏡で検体採取できることがあります。
骨盤内も場所によっては経直腸的に刺せることがあります。
ドーム直下の肝腫瘍も、人工胸水なんて超絶技で刺せることもあります。
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次は8月24日（土）の大阪消化管がん化学療法研究会（OGSG）にお邪魔します。
持ち時間40分ww長いww
消化管ですか・・・。
大腸はずっとVEGFR薬で生検出来ませんので、肝転移症例で切り替えのタイミングがあれば肝生検を・・・。
大阪の先生方、対戦よろしくお願いいたします。
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【色分け】
NIHデータベースのSequence Text Viewの緑、赤、紫の色分けが好きなんですが、
FASTA形式にするとこの色分けが消えてしまい。。
STVからwordにコピペすると出来るんですけど、長いと接続部でミスることもあり。。
配列からエクソンを自動で色分けしてくれる的なツールないですかね。。
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弊局大学院博士課程、後期は三人も受けるのか。大人気やな。
大学院オワコンかと思ってたけど、コンスタントに希望者いる印象。
専門医資格も博士号もいらないって人はよほど優秀な人で、やっぱり普通民は取れる資格は取っておきたいというのが心情なのだと思われ。
研究の世界へようこそぉぉ！！！
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ずっとF-oneで解析していた施設が、GenMineTOPを出し始めると、
『なんかずいぶん変異少ないな・・・』
と思うことがあるかもしれません。
これは、GenMineTOPは正常組織と腫瘍組織のペア解析なので、腫瘍に起きている変異のみを検出するためです。
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【融合遺伝子は逃さない】
GenMineTOPはVersion3でCOSMIC database ()に登録されている全ての融合遺伝子を搭載。
⇒V4でさらに2個追加。
⇒この時点で365の融合遺伝子。
⇒Now、455。
だそうです。
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開発者は、現日本医科大学 本田一文教授（前国立がん研究センター）。
質量分析でしか測れない時代から、それぞれのアイソフォームの抗体をとり、ELISAキットまで作って、標準化し、世に出した。10年以上の仕事。まじですごい。このマーカーはガチ。
ゲノム医のコントリビュート：絶妙な相槌。
アポリポ蛋白A2アイソフォームとは
アポリポ蛋白A2（APOA2）の尾っぽのアミノ酸がATで終わるタイプと、ATQで終わるタイプの比をとったスコア。
なので、『アイソフォーム』がつく。
10年以上の時間をかけて、ようやく保険診療として世に出した新規膵癌検出マーカーです。
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呼内の先生方、コメント色々ありがとうございます🙇
明日、他院呼内でがんゲノムの話をさせていただく機会がありまして、調べ中でした。
これで分かっている風を装えます。。
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帰還しました。。
オーバーキルはなはだしかったぜ。。
いやしかしみんな楽しそうだったから役目は果たしたぜ！
本日、知力の天下一武道会こと東の都大学のエキパネで症例検討会を担当させていただくことなりました。
瀕死の重傷を負うことが予想されますが、必ず生きて帰ってきたいと思います。
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ご参加いただいた九州の先生方、ありがとうございました！
肺癌のCDxはアンプリコンシークエンス法なので、ハイブリッドキャプチャー法でもう一回DNA見とく意義はあると思います！
肺癌はCDxでRNA解析出せるので、出すとすればGenMineTOPがよいのでは。。と思います。
金曜日生検は過固定注意です！
来週、九州肺癌研究機構（LOGIK）にお邪魔します。
あんまり良い症例は出せ無そうで申し訳ございません。。。
ただまぁ肺癌はF-oneで出す意義は乏しいんじゃないかなぁと思います。
九州の先生方、対戦よろしくお願いいたします。
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そろそろ少人数なら飲み会してもいいのかなと思いつつ、パワハラと言われるのが怖くて年下には声かけず、アラフォーで集まる弊社アラフォーズ。
中間管理職の集まりであるアラフォーズの語り合いは香ばしい。。
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