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Tomohiro Shinozaki

@she_knows_a_key

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Causal inference in epi/biostat. Assoc prof at Tokyo Univ Science. PhD in health sciences/MPH at UTokyo. Tweets sometimes in English, だいたい日本語. YMY.

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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
7 months
東大からの受験生への教科別メッセージ が話題ですが、数学についても「求められている力は、目の前の問題から見かけ上の枝葉を取り払って数理としての本質を抽出する力」など膝を打ちます。 で、思い出した東大新聞の2014年受験生特集号に寄稿した雑文。10年経ったのか…
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
傾向スコアはなんの誇張もなく層別解析のひとつの見方に過ぎないし、そのままでは因果推論の強力なツールでもなんでもない。「ただ便利に使える」のが祟って陥りがちなpitfallを例証し、バイアスの構造をcausal DAGで示した論文がEpidemiology誌に載りました
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
因果推論の講義がICRで公開されています(要登録)。おととしから統数研で話させてもらっているのとほぼ同内容ですが、こちらは国立がん研究センターで去年話したもの。大学院での1・2回目の講義もこの内容ではじめているので、前提知識不要ですがそれくらいの水準です
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
潜在アウトカム(PO)モデルで、割り付けメカニズムから様々な統計的推測を統一的に導く「ほんとのRubin流」の良い日本語解説は寡聞にして知らなかったので、唸らせて頂いた論文です。まだ会員向け冊子のみですがそのうちJ-Stageで誰でも読めるようになります
@matsui_kota
kota matsui
5 years
今号の計量生物学会誌、医学での因果推論の解説論文があってとてもありがたい
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
Peng Ding先生のUCバークレーでの講義ノート(428ページ)が公開されている。ランダム化推測、感度解析、操作変数まわりはさすがに記述が厚い
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
著書でp-値5%相当の基準を提唱したとされるFisher卿。農事試験場に勤めていた彼にとってできる実験は年に1回、生涯20年勤続する中で1回くらい過ちを犯しても神様は許して下さるはずであると考えたから…という逸話は有名ですが、デマであることもまた有名です 佐藤先生が紹介
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
7 months
学生さんを含む学内外の有志での半年にわたる輪読会がようやく終わりました👏🏼🍾 英文原書を座右に置いて進められたのが幸運でした。知識になった以上に色んな面で発見が多く、毎週の強制力のおかげで通読できて得たものは大きいです。 年度末まで付き合ってくれた参加者の皆さんに感謝です!!
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
9 months
🎍疫学会プレセミナー2024🎍 恒例の計量生物学会共催企画は、因果生存解析(causal survival analysis)をこの分野の最先端を走る若手講師陣でお届けします! 現地参加は1月24日(オンデマンドは2月末)まで受付中です。プレセミナーのみの申込みも可能です👇
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
本日の企画無事に務めが終わりました。自分は最前列に陣取った一人の聴衆みたいな感じでしたが。望外にも常時230名以上の方にご参加頂けて、盛り上げてくれた演者・討論者の先生方に感謝です!
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
シェアあざます! 実用家向けの体裁ですが、手法寄りの研究者にも違った切り口で関心を持って頂けるよう関係者で準備を進めています💪
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@matsui_kota
kota matsui
3 years
日本疫学会のプレセミナー、今年は欠測データの話かあ。是非聴講したい... それにしても査読の仕方セミナー最近増えてる気がする(本が出た影響もあるのかしら)
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
週末のヘルスデータサイエンス学会第1回学術集会で東大の松山先生・萩原先生と因果推論シンポジウムを担当しました。松山先生は背景~基礎。萩原先生による反事実予測の方法と解釈の整理はすばらしかった。 自分は因果媒介分析の紹介をさせていただきました。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
6 months
「疫学分野での計量生物学の発展」という大きな総説の第5節で標的学習(targeted learning)とassumption-lean inference の解説を試みました。 @TagurindoDS 山本さん・林さん(6節)は最近ホットなランダム化下の共変量調整の文脈での標的学習です。併せて是非。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
アウトカム回帰モデルのIPW推定、つまり傾向スコアの重み付け+回帰モデルで同時に共変量調整することの二重ロバスト(DR)性について (1/4)
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
日本疫学会プレセミナー2023「観察疫学研究における交絡変数選択」 10月から定期的に打ち合わせを重ね詳細が固まりました。疫学/生物統計学分野の信頼する若手講師陣による3部構成。対面参加申込は1月11日(オンデマンドは2月末)まで。プレセミナーのみの申込もできます。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
現代に傾向スコアマッチングを実際行う意義は疑問だが、pedagogicには奥が深い。有名なKing & Neilsen のPSマッチに伴うデータ選定が確証バイアスを増大しうるという批判の一方で、PSマッチは漸近的に二重ロバストg-推定と見なせ、ある種の頑健性をもつことは知られていない
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
DAGをデータ解析のツールとしては実際使わないでしょう。流行りの手法を使ってみたいだけの人の試金石としたり、(傾向スコア)マッチング後に妙な解析をして居直る人を黙らせたりできる、解析原理をお伝えするためのコミュニケーションツール
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
9 months
日本の疫学会でこのようなセミナーを聴けることがいかに凄いことか。聴かれてない方は絶対にオンデマンド受講をお勧めします。
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@palace127
Takuya
9 months
日本疫学会プレセミナー 2024「因果 “サバイバル” ガイド 反事実アプローチによる生存時間解析のすすめ」が終了しました。200人を超える方に参加いただき、御礼申し上げます。私の話しが終わらずQ&Aの時間が削られてしまい申し訳ございませんでした。オンデマンドはまだ登録可能で、ご質問も可能です!
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
11 months
ほんとにこれ。係数の解釈もそうだし、予測で多変数入れる意義、説明変数に共変量つっこんで交絡調整するという意味、最小二乗法の自然な導出、尤度は条件付き分布のだし、一般化線形モデル、モデル特定の仮定、推定方程式、平均因果効果推定まで無理なく一貫して説明できる。条件付き期待値ならね。
@koro485
Koichiro Shiba (KRSK)
11 months
回帰分析のイントロ講義で”one unit increase in ~ is associated with-“みたいな解釈を教えることが多いと思うけど、これって学生を混乱させるだけなんじゃないかなって気がしている。最初からあくまで条件付き期待値の比較であるとした方が、例えばダミー変数の考え方もすんなり入るんじゃないかな。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
19 days
今年の疫学会プレセミナー「時間を斬る!🥷🏻 生存時間解析における追跡時間の分割(split)の考え方と使い方」の内容を岩上教授アニキ中心にまとめました。R, SAS, Stataコードついてます! @IwagamiMas85663 @EpstYtake
@J_Epidemi
Journal of Epidemiology
19 days
#J_Epidemi Advanced Publication: When and how to split the follow-up time in the analysis of epidemiological or clinical studies with follow-ups Masao Iwagami et al. @J_Epidemi @she_knows_a_key
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
8 months
日本疫学会の機関誌 Journal of Epidemiology にはMethods セクションがあって、手法・方法論のページが用意されています。解析手法やサンプリングデザインの統計的評価もありますが、こちらのように因果モデルの理論分析も。この方面でも本誌の盛り上がりを期待します🔥
@J_Epidemi
Journal of Epidemiology
8 months
#J_Epidemi Editors' Picks: Exchangeability of Measures of Association Before and After Exposure Status Is Flipped: Its Relationship With Confounding in the Counterfactual Model Etsuji Suzuki et al. @J_Epidemi
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
23 days
下のスライドを元にした総説です📑 イベント予測モデルの評価指標
@so_flat
Ryohei Yamamoto@福島某所
23 days
予測モデルの評価指標のレクチャーをしようとおもっていたが、もはやこれを読んでね、で良い気がする。。 予測モデルの評価指標 | Tomohiro Shinozaki #docswell
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
7 months
各論が5-10ページずつでエッセンスが絞り込まれており負担なく読めます。それなのに話題がmediation, MR, generalized frontdoor formula, doubly robust estimator, HTE, target trial emulation までカバーされています👏🏼 コンパクトなので持ち運びもしやすそうです。
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@ki_endoepi
Kosuke Inoue
7 months
「#医学研究 のための #因果推論 レクチャー」が予約開始(4/8出版)されました! 読んでいただいた方が因果を考える・各手法の応用を検討する"きっかけ"になればという思いで執筆しました。本領域の良書が多く出版されている中、本書も選択肢の1つとして是非ご検討ください🙇‍♂️
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
あの2000年の経済学賞(McFaddenとHeckman)後のIBCでの会長講演録。受賞成果とパラレルに展開してきた疫学・生物統計分野の足跡を紹介。この手の賞の行方を眺めるのに、20年経っても一読の価値があります Are statistical contributions to medicine undervalued?
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
共通リスク比を参照に、1)ロジスティック回帰の係数、2)修正ポアソン回帰の係数、3)ロジスティック回帰の標準化(g-計算)という相異なるestimandsをもつ推定量を比較した布山さんの論文。とても良く書けてるし結果が面白い
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
臨床予測モデルの研究はやや独特な慣習があり、いろんな指標の報告が求められます。計算はやれば誰でもできるのですが、つながりや推定原理について統一的に解説したものがなかったのでレビューしました セミナー(もう2年前)でのスライドはdocsplayerってとこに落ちてます
@triadsou
Triad sou.
4 years
イベント予測モデルの評価指標.篠崎 智大, 横田 勲, 大庭 幸治, 上妻 佳代子, 坂巻 顕太郎.計量生物学.
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
今期の特論でお隣の強い院生さん約3人と輪読してきました。自分にとっては9年前、大学院時分に読み始めて以来の加筆修正点を改めて解読できて今読む価値があったし、議論の下敷きになる院生さんの高質な発表にも感謝。内容をなぞって満足するのに堕さない輪読の仕方を伝えられていたらもう最高である
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
6 months
因果推論 i København 🇩🇰
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
周辺構造モデルの解説。時間依存性交絡に関する優れたチュートリアルは既にいくつかありますが、現代版の解説としてこれまでにない切り口で書けてると思います
@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
Our new pedagogic paper with a fresh numerical example for longitudinal causal inference is published as a part of “Pitfalls and Tips” series in Journal of Epidemiology Understanding marginal structural models for time-varying exposures: pitfalls and tips
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
complete case解析を含む欠測データ解析の因果DAGのスライド 単純な欠測対応手法は因果DAGで causal exchangeability を直接確認するのがよさそう。MARベースの手法は欠測/観察データの (non-causalな) exchangeability に依拠していて、それを調べるのが m-DAG ですかね
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
8 months
英語圏のwebinarを含めてもこの水準を疫学と統計の両面から噛み砕いて説明したものはないと思います。 配布予定のSASコードのみ篠崎の怠慢で間に合っていませんが、資料最新版(wrap up含む)と各公演内で言及された手法のRコード+データもダウンロードできます。更新時には都度アナウンスします!
@palace127
Takuya
8 months
日本疫学会の配信が開始したようです。プレセミナーだけであれば1つ4000円のようです。安くはないですが、少なくとも私が分担させていただいた「因果 “サバイバル” ガイド 反事実アプローチによる生存時間解析のすすめ」は、書籍以上に得られるものがあると思います。ぜひ。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
8 months
林アニキの咀嚼し尽くされた言語化、「雑味」(僕は好きです)を含む地に足のついた説明、あくまでも「対象の理解」に向けた一貫した論理として位置づけた因果推論。とても魅力的な本です。自分も大事に読みますし、周りにも勧めていきます。 試し読み、サポートページ👇
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
掛け値なしに素晴らしい2時間となり企画者冥利に尽きます。演者、参加者、スタッフの皆様に感謝です🙏 プレセミナーのオンデマンド配信申込は引き続き受け付けています。Q&Aまで含めて配信予定で、オンデマンド参加者向けの事後Q&Aも予定しています。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 months
2018年の福井大雪を自然実験として学校閉鎖含むsocial distancingが��童のインフルエンザ罹患率をどう下げるか(遅らせるか)を見た研究にご一緒しました。 筆頭のやまけんこと小児科の山田先生は福井の高校の同級生で東京出て来てから一番かまってくれた聖人です🌞
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
疫学・観察研究分野で15分頂いて targeted learning(標的学習)を紹介させていただきました。特集号で「医学のための標的学習の基礎 Part I/II」として論文化予定です。 スライド ↓
@TagurindoDS
田栗の部屋
2 years
連合大会、医療統計と計量生物学会メインの企画セッションが終わり一安心。分野が多岐に渡りすぎて目が回る感じだったけど、面白い発表ばかりで刺激を受けた。対面参加だと個別に質問できるのが素晴らしいですね。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
因果推論から足を洗うことにしました …と昨日書こうと思ったのですが気づいたら日付が変わっていたのでした。自分のと分担含めて3つcausal inferenceの理論&実装で基盤(自分はC)通りました。Yey
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 months
同居/独居の比較的短期間の変化とその後の長期の自死リスクとの関連を調べた因果生存解析の結果がJPHC Studyから出ました。難しい構造のデータを天才・成田Z先生が非常に巧みに解析してまとめてくださいました。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
The final published version is now available!
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
Our new pedagogic paper with a fresh numerical example for longitudinal causal inference is published as a part of “Pitfalls and Tips” series in Journal of Epidemiology Understanding marginal structural models for time-varying exposures: pitfalls and tips
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
体調崩して受け取れていなかった『医学のための因果推論』手に取ると意外とコンパクトでした。 モデル自体はもちろん、セミパラ・ノンパラ推定でも一般化線形モデルの知識が前提になることが多いのですが、教えている学生さんは全くピンと来ていない、というギャップが懸案だったので心強い本です。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
Causal DAG上で 「回帰はアウトカムと交絡変数との関連を断つ」 「傾向スコアは治療と交絡変数との関連を断つ」 「二重ロバスト推定は両方切る」 という説明は、思わぬバイアスの引き金になるので危険なアナロジーだと思う。回帰はパスのブロックに過ぎないし傾向スコアは手法によって働き方が違うので
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
疫学会・計量生物学会共催の本セミナーは、媒介分析、欠測、と来て今年のテーマは「変数選択」です。変数選択の乱立する principles をバイアスの観点(疫学サイド)と推測の観点(統計サイド)から整理する2時間にできればと思います! と、自分は思っているだけで、話すのは斯界の若きスターたちです
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@Yuri_Q_Ito
Yuri Ito
2 years
2023/2/1水16-18時に浜松にて日本疫学会プレセミナー②が開催されます! 観察疫学研究における交絡変数選択 ~変数を「選んで調整」することの功罪とTips~(中・上級レベル)現地(定員450人)+後日オンデマンド配信 超豪華講師陣。こちらまだまだ現地参加も可能です!
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Tomohiro Shinozaki
2 years
繰り返し曝露に対する因果効果の定義、識別仮定、識別、推定、モデル化の仮定の解説です。長い間読んでいただけているようで感謝!
@J_Epidemi
Journal of Epidemiology
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Most Accessed: Understanding Marginal Structural Models for Time-Varying Exposures: Pitfalls and Tips Tomohiro Shinozaki, Etsuji Suzuki
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 months
大学院の因果推論講義の最終回に川原先生にお越しいただきseparable effectsについて最新の成果を含めて教授いただきました! 集中し過ぎて講義の写真を撮り忘れてしまいましたが、議論の続きを🐏 @palace127 @kent_sak
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
こういうロゴ(左)は世界初ではないかと自負していますが、右みたいなことを田栗先生と疫学会プレセミナーでお話しする機会をいただきました。自分は疫学研究の上級者どころか疫学者ですらない気がしますが、そこは疫学会の懐の広さということで…
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
整形外科の雑誌なので注目されてないかもしれませんが、気合の入った特集号がでてます。自分以外の生物統計家の面子だけ見てもこんなん普通に買って読みたい 整形外科臨床研究の手引き(Vol.71 No.6)(2020年5月増刊号): 雑誌/南江堂 サンプル
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
今年もなんとか完走いたしましたわ
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
お贈りいただきました🙇 応用はもちろん臨床予測の方法自体もまだまだ掘るべきテーマはあるので、このseminal bookが日本語で読めるようになったのはありがたいです
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
因果推論学びたてで誰もが当惑するg-formulaのパラメトリック表現でのnull paradox再検討 nullのパラメータ表現が一般に困難ということで、このパラドックス自体がg-formulaでのモデル誤特定の不可避性を含意する、と言うのはトートロジーっぽいですね。そうは書いてないけど
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Tomohiro Shinozaki
8 months
しまりすが葛飾にも到着しました!
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Tomohiro Shinozaki
5 years
1st piece of new methodological review series in Journal of Epidemiology. Rather than providing introductory tutorial for causal DAGs, we reviewed technical difficulties often overlooked when learning them. Suzuki et al. Causal diagrams: pitfalls and tips
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Tomohiro Shinozaki
7 months
学生指導でもお世話になってる横市大の竹内さんのBiometrics論文 Nested case-control は良くてtime-dependent Cox尤度の近似なので「time-varying exposureの評価に向いてる」は神話ですが、しかし確かにIPWしようとすると推定に工夫が要りますね。こういう論文書きたい👏🏼
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Tomohiro Shinozaki
3 years
「学び直し」をテーマに生物統計の解説が連載されています。今号から回帰モデル(全3回)を担当します。和書ではあまり無い解説をしているので、回帰分析を使う人、教える人に広く読んでいただきたい ただ、記事単位で購入できません。もし職場や大学で冊子を見かけたら手に取ってみて下さい
@hwskyokai
厚生労働統計協会
3 years
【新刊】 2021年11月19日に厚生の指標 2021年11月号(第68巻第13号)が発売しました! 「国民生活基礎調査データを用いた学歴と有配偶率との関連の分析-2010–2019-」他5本の論文、他にも統計資料紹介等が掲載されております。 是非、ご購読ください。
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Tomohiro Shinozaki
4 years
学生時代から論文で勉強させてもらってた研究者に「君の論文ええぞ。I am just writing to congratulate you on the paper」とこの週末メールもらったので思い出したように宣伝します
@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
傾向スコアはなんの誇張もなく層別解析のひとつの見方に過ぎないし、そのままでは因果推論の強力なツールでもなんでもない。「ただ便利に使える」のが祟って陥りがちなpitfallを例証し、バイアスの構造をcausal DAGで示した論文がEpidemiology誌に載りました
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Tomohiro Shinozaki
3 years
臨床疫学会英文誌の「セミナー」コーナーに岩上さんと書きました! オープンアクセス。 Introduction to Matching in Case-Control and Cohort Studies
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
お初の国際計量生物学会 北米西部支部年会(WNAR)で傾向スコアとg-推定の講演( p. 35)。たどたどしい英語にも寛容なのは日本支部の企画セッションだったおかげでしょうが、初対面の何人かから nice talk! を頂き、単純な僕は来年アラスカにも参加しようと誓うのでした
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
以前の学生の山室君と書いた interventional (in)direct effects の論文が出ました。明確な臨床仮説がある、いけそうなデータもある、ただ方法論上で詰める余地がある。という、いい構成・バランスで論文化できました。こういう研究ができるのは生物統計やってる醍醐味ですね
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
面白い例です。互いに打ち消し合う交絡というより、グラフに非忠実(unfaithful)になるように分布を操作している例と見るべきかもしれません。 いずれにしても「correlation → (意図しないものを含めた)causation」がむしろ現代の因果モデルでの公理だと思うので、カーネマン何が言いたいのか…
@ykamit
Yuki Kamitani
3 years
(反例)車で坂道を上がるとき、速度が一定になるようにアクセルを踏むと、アクセルを踏む強さと車の速度は相関しないが、両者の間には因果関係がある
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Tomohiro Shinozaki
1 year
買わねばと思っていた本をお送り頂きました🙏
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Tomohiro Shinozaki
3 years
気になってた研究が竹内さんと小川さんのco-firstで出版。多重代入法の頻度論理論がよく分からず手法自体ずっと敬遠していたけど、最近の文献も整理して紹介してくれているので勉強して出直します
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Tomohiro Shinozaki
3 years
疫学でよく出てくるpopulation attributable fraction(人口寄与割合)は因果効果の定量化において重要な概念ですが、その定義は教科書によって一貫性がないというレビュー論文にご一緒しました。PAFの定義には反事実モデルが本質的に必要
@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
Population attributable fraction in textbooks: Time to revise
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Tomohiro Shinozaki
2 years
昨年の東洋医学会でのEBMシンポジウム講演録が『薬理と治療』JPT Online で読めるようになっていました。自分は「ビッグデータ論文を読む際の10か条」というお題で大口を叩く機会を頂きました
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Tomohiro Shinozaki
11 months
お送りいただきました🙇 小西先生本とあわせて、大学の「多変量解析」での指定参考書にさせていただきます。 データサイエンス大系 多変���解析
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Tomohiro Shinozaki
4 years
Our new pedagogic paper with a fresh numerical example for longitudinal causal inference is published as a part of “Pitfalls and Tips” series in Journal of Epidemiology Understanding marginal structural models for time-varying exposures: pitfalls and tips
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Tomohiro Shinozaki
2 years
回帰モデルをIPW推定すること自体にDR性があるわけではなく、IPW推定した回帰モデルの予測値で標準化を行うことで反事実平均(周辺リスク)、その差・比に対するDR性が得られます。Stat Sci誌の有名なディスカッションペーパーでRobinsらが紹介した方法というか性質 (2/4)
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Tomohiro Shinozaki
3 years
immortal time biasは結果で結果を説明するような、凡そ考えうるバイアスでも最も間抜けなものですが、バイアスの「構造」を説明するのは難しい。このeditorialの良いところはimmortal timeの扱い方によりバイアスを分類している点 Causal diagrams for immortal time bias
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Tomohiro Shinozaki
4 years
一足先に東大(院)S1期の因果推論が終わり、入れ替わりで理科大で開始。遠隔で学生さんに会えないのが残念でしたが、そのぶん毎回の課題へフィードバックを続けたことで、課題と返却はセットで必要だと気づかされるなど。書いたばかりの論文で真っ新からスライドセット投入できたのもよござんした
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
今日はハンズオン解説を一部担当しました。話してて本当に面白い、スタッフ(講師とインターン生)総力で作り込まれた資料で、いわゆる「Rによる回帰分析」とは一線を画したハンズオンになったと思います
@mph_for_doctors
木下喬弘 / メディキューCEO / エピタップ代表
1 year
エピタップ医療統計セミナー、2日目のRStudioハンズオンで回帰分析をやっています。 初日のハンズオンではディレクトリの指定で苦労されていた方も多かったのですが、2日目になってみなさんかなり使いこなされていますね! Rでの解析を勉強したい方は是非! #EpiTAP
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
野間先生たちの論文にご一緒させてもらいました。予測指標の区間推定は、オプティミズムを補正しないと被覆確率保てないのが明らかなのに臨床論文では誰もやってない! という現状はまずいので、ブートストラップによる比較的簡便な方法で対処するプラクティスに向けた提案です
@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
New paper: To obtain interval estimates of prediction measures like C-stat, bootstrapping can (& should) be used for bootstrap-based optimism-corrected estimates. This 2-stage (or "nested loop") bootstrap resampling is computer-intensive but works well.
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
曝露群を標的としたATT/SMR weightでは傾向スコアモデルを無視したナイーブなロバスト分散推定が保守的にならない 経験的には知られてそうなもんですがこういう例証は良き。IPWはロバスト分散つけとけば保守的になってOK、というとこだけ「知って」いると足下すくわれるかも
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
言いたいことはふたつ: - g-推定など「因果推論」で出てくる手法は因果モデルの推定法として使えるが、使ったからといって因果効果を求めている(または求められている)わけではない - 特定の手法を使うのを「因果推論する」と言うのはやめましょう
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
ただ、回帰モデルが線形かつ曝露×共変量の交差項を含まなければ、標準化リスク差は係数そのものなので、IPW推定した係数を周辺効果のDR推定量とも言えます。 同じことはリスク比について対数線形モデルでも言えます。 他の回帰モデルをIPW推定しても一般に係数は何かのDR推定量ではないです。 (3/4)
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 months
元々承認申請の文脈でストレステスト的な位置づけだった per-protocol “set” での解析が、反事実モデルでの per-protocol “effect/estimand” に対応していないというのはその通りなのですが、枠組みを異にする概念に同じ用語を当ててきたことの意味を考えるのが大事かもしれません
@so_flat
Ryohei Yamamoto@福島某所
3 months
ほとんどのRCTの「per-protocol解析」はper-protocol解析になっていないことは論文を読む人は知っておいた方が良い。 逸脱や脱落を除外して解析することで、ランダム化が崩れバイアスがおきます。 これを「ナイーブなper-protocol解析」と呼ばれます。 これに対処するには。。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
『医学のあゆみ』11/19号の井上先生 @ki_endoepi の原稿を枝葉末節部分だけお手伝いさせてもらいました。
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@IGAKU_AYUMI
医学のあゆみ
2 years
#関節リウマチ 患者は悪性リンパ腫のリスクが高いことが疫学研究で確認されています。 今週号では、2022年6月に公表された最新ガイドラインに基づき、関節リウマチ関連リンパ増殖性疾患の診断と管理・治療を解説します!
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
私の元にもお送りいただきました。ありがとうございます @AsakuraPub 「なんかこういう本がもうすぐ出るらしいんですけど知ってます? 研究室に一冊買って欲しいです」と学生さんに言われたので追加で3冊ずつ注文しました
@triadsou
Triad sou.
1 year
一足先に手元に届きました。朝倉書店様から送っていただきました。ありがとうございます。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
9 months
クソ面倒くさい逆張りをすると、t-検定と同じようなモデルをおけば(ものによってはおかなくても)少なくとも近似的にはどの手法も平均の2群比較に使えるし、裏を返せばt-検定だっていつも平均の比較になってくれるとは限らないですしおすし
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
g-推定法はRobinsの構造ネストモデルというやつのセミパラメトリック推定法で、まあ本当に巧妙にできてます。ただ手法と「因果推論」は別で、数理的に同じ手法は点治療の非因果的な回帰モデルの推定法(E-推定という)にもなります。 切り抜��は Robins, Mark & Newey (1992)
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
一時期集中して読み込んだのですが、Epidemiology: An Introduction(『ロスマンの疫学』)の同ボリュームの現代版という感じで疫学での因果推論トピックの概観には最適では 個人的には好きなのですが「ここまで言えんやろ」という記述が結構あるので議論しながら輪読するのにもよさそうです
@TagurindoDS
田栗の部屋
1 year
今大学院のゼミで読んでいる以下の教科書、欠測データ解析においてcomplete case analysis、すなわち「解析に用いる全ての変数に欠測がないデータのみを使った解析」が妥当な状況の考え方がDAGを使ってうまく整理されている。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
この逸話の英文文献としては珍しいのでは。これは『これからの臨床試験』(いい本です)の佐久間昭先生コラムが出典。なお、増山元三郎先生の『デタラメの世界』(名著です)にもFisher本人に聞いた話があり、農事試験場で元々±2SDという基準が先にありそれで実用上間に合っていた、とだけ書かれている
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
Thanks to still many accesses to our 2020 paper!
@J_Epidemi
Journal of Epidemiology
1 year
#J_Epidemi Most viewed on J-Stage: (2023 May): Understanding Marginal Structural Models for Time-Varying Exposures: Pitfalls and Tips Tomohiro Shinozaki, Etsuji Suzuki @J_Epidemi @she_knows_a_key
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
『厚生の指標』で回帰モデルのノンテクニカルな解説(全3回)書きました 回帰と回帰モデル、最小二乗法、モデルの目的、GLM+α、最尤法、回帰と説明変数の変換、目的別のモデル選択 雑誌で読めなくても1年ほど待って頂くとシリーズ別冊化あるかもしれません(予定は未定)
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
今日はこれからこちらです
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
どう見てもstructural equation modeling。略語を定義せずにここにSEMとだけ書いて雑誌のproofeditorに勝手にやられたんでしょう。有名誌なのにこんな訳の分からない誤植で不憫… と思いを致した次頁からの因果推論手法の総説と解説でかなりがっつり適当こいているので同情心も消えたのであった
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
某業務にて神楽坂だったので、たまにはお外で飲ませて下さい。美味しくてロマンのあるセゾンは本当にいいです
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
Our invited commentary on the ASA Biopharma Section-Working Group's series of papers is just out🤘 Comment on “Biostatistical Considerations When Using RWD and RWE in Clinical Studies for Regulatory Purposes: A Landscape Assessment”
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
3 years
臨床研究でよくつかう予測指標についての和文総説
@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
臨床予測モデルの研究はやや独特な慣習があり、いろんな指標の報告が求められます。計算はやれば誰でもできるのですが、つながりや推定原理について統一的に解説したものがなかったのでレビューしました セミナー(もう2年前)でのスライドはdocsplayerってとこに落ちてます
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
Our new paper led by Dr. Hagiwara proposes to conduct ITT analysis more formally by borrowing the concept of stochastic dynamic treatment regimes. ITT analysis cannot provide "effectiveness" nor "treatment policy effect" estimates by itself.
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
臨床誌の査読。同じ調査データで同じテーマの論文が同じ雑誌に出てるのに(これも自分が査読)全く引用されてないのを尋ねたら「こっちが先に投稿したけど向こうはすぐ採択されてこっちはもう2年(泣)」と斜め上からの返答。途中から査読入ったから知らなかったけど可哀想に。ま���査読終わらんよ
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
9 months
現地参加の申込は明日までです! 申込は→ ✅プレセミナーだけの申込も可 ✅オンデマンドあり(申込は2月末まで) ✅オンデマンド受講者向けQ&Aあり ✅講義資料に加えてR/SASコード配布 ✅他のプレセミナーと同時受講可(オンデマンド含め私も全て参加予定です)
@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
9 months
🎍疫学会プレセミナー2024🎍 恒例の計量生物学会共催企画は、因果生存解析(causal survival analysis)をこの分野の最先端を走る若手講師陣でお届けします! 現地参加は1月24日(オンデマンドは2月末)まで受付中です。プレセミナーのみの申込みも可能です👇
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
@kyoritsu_pub さんと東大社研の大久保先生からお贈りいただきました。SAGEのこのシリーズはもともと好きで翻訳はありがたい企画です。 傾向スコアの本書は150ページ弱と分量コンパクトなまま、訳註も豊富で、Rコードも翻訳時に更新してくれているそうです(公開は発売後?)
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
8 months
パラメトリックシミュレーションでは分かっている漸近性質の有限標本性能を確認するのが関の山なので、手法比較の研究ではもっと広がっていい気がします とはいえ個人的には公開データ以外ではやっても再現性が…と二の足を踏んでいる体たらくなので、こういうガイドラインはありがたいです
@triadsou
Triad sou.
8 months
Tutorial in Biostatistics Statistical plasmode simulations–Potentials, challenges and recommendations. Nicholas Schreck, Alla Slynko, Maral Saadati, Axel Benner. Statistics in Medicine.
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
6 years
某因果推論の会にて「解釈」重視なのが(良くも悪くも)医学・疫学でとくに特徴的だと指摘され納得したが、いきすぎと感じることがある。禅問答の如く「解釈」を問い詰め、論点がずれてきたところで研究の意義を矮小化するような指摘をし、「やっぱ難しいね」で場が納得するさまをここで何度見てきたか
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
Parts 1 and 2 of Causal Inference Book have been updated!
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
2 years
overlap weightや傾向スコアマッチ後の多変数調整は、線形モデルなら条件付きリスク差に対するg-推定量にもなっていて、DR性もあります。効果修飾を含むこともできます。 対数線形モデルでは、状況は限られますが条件付きリスク比のg-推定量となるときもあります。 (4/4)
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
4 years
最初特論でPart 1を使ったときには10年かかるとは思いませんでしたが、何にせよおめでたい。 この10年で出てきた話題で本書で取り上げられているのはMLでのモデル選択、SWIGとtarget trialの論点整理くらい。それでも読み直して毎回感じ入るものがある本で、今後10年も入門書決定版になりますかね
@triadsou
Triad sou.
4 years
The Causal Inference book (1st edition, 2020)になっている。
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
相関のあるベルヌーイ試行での共通オッズ比のMantel-Haenszel推定量が(sparse-data limitingの意味で)一致性をもつはずという発想が常人離れして一見奇怪なのですが、推定方程式でMH推定量を導いた(そしてGEEに繋げた)Liang先生にとっては自然な発想だったと気付くと極めて論理的で面白い論文です
@triadsou
Triad sou.
5 years
層内に相関のあるK×2×2分割表の共通オッズ比の推測について - Triad sou.
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
1 year
某講義にて。学生さんも良い質問だし、坂巻さんも素晴らしい回答でした!
@hankagosa
松浦 健太郎
1 year
Q「統計を学ぶ上でプログラムを動かして学ぶか、理論から学ぶかどっちがいい?」 坂巻先生A「その人の特性による。データから特徴つかんで理解を深めるのが得意な人、理論から理解を深めるのが得意な人がいる。センスない方を長々とやるのはつらいので、自分のタイプを考えよう」 良いこと言うなぁ!
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@she_knows_a_key
Tomohiro Shinozaki
5 years
RCTのメタアナリシスに記載されるCochraneのRisk of Bias評価はかねて有名無実と思っていたけど、この改訂版は見た目だけ残して観察研究用のROBINS-Iと整合性を図るため全面刷新という感じで驚いた RoB 2: a revised tool for assessing risk of bias in randomised trials
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