Risa K Kawaguchi
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Junior Assoc Prof @ Kyoto Univ. 🇯🇵 ← Postdoc (CSHL 🇺🇸 and AIST) ← Univ. of Tokyo (S2,S,Kashiwa) 𝄆 Comp Bio, Bioinfo, Stats & ML 𝄇 河口理紗 (PhD)
Kyoto
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Our armadillo quadruplets paper is finally out in Nature Communications! My huge appreciation to the wonderful work of all authors esp for Sara. Let's dive into the mystery of "allelic identity signatures" across genetically identical quadruplets🧐
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Xでこういった発信をしてよいものか迷っていましたが、昨年の3月からラボを支えてくださっていた秘書兼技術員の方が、闘病の末ご逝去されました。初めは二人きりだったラボ、お仕事で助けて頂くだけでなく、お食事やお茶会でも楽しい時間を過ごさせて頂きました。コーディング・バイオインフォを1から
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昨日発表がありましたが、大変有り難いことに今年度からのACT-X「生命と情報」領域に採択頂きました。まだお休み中のため色々ご配慮頂きまして復帰後にPJをスタート予定です🫡申請資格の最終年度での初応募だったので、この機会に新進気鋭の採択者の皆様とも仲良くなれたら嬉しいです。
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論文出ましたよ！＞各位
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CiRAの紹介ページができました〜色々新しいことにもチャレンジして行きたいと思うので、関西の学生さんとかで興味がある方ぜひ声かけてください🙌早くウェブサイトも作らないと。
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私事になりますが今夏7月頃から産休のためしばらくお休みを取らせて頂きます。体調が戻り次第復帰予定ですが、連絡がつかない時期が出てくるかもしれません。特に年内は何かとご迷惑をおかけするかもしれませんが、新米親として悪戦苦闘予定のため何卒ご容赦頂けますと幸いです！
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明日は日本RNA学会で18:00〜アルマジロの一細胞研究についてお話します！学生時代に初めて参加した学会なので、京都開催で初めて口頭させて頂けるのは感慨深いです。毛色はだいぶ違うお話になりますが...楽しみです！💪🔥
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I and my husband are very excited that we are expecting our 1st baby this summer! I'll be taking my maternity leave from Jul, but try to be responsive somehow 🧐 I'm grateful for all your help and consideration, to my colleagues!
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1/29にお邪魔します、皆さん対戦よろしくお願いします！🏁
1月29日[月]に筑波大（＋Zoom）で、京都大学の河口理紗先生に講演いただきます！
１細胞RNA-seq解析とデータサイエンスの統合、エピジェネティクス動態研究に興味ある方など、学生・教職員・他機関・企業の方などどなたでも参加いただけます🐈
参加登録はこちらから：
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こちらの実験医学増刊に岩崎先生と「1細胞レベルのマルチオミクス解析のための基盤技術」というタイトルで、1細胞エピゲノム・プロテオーム解析を中心に紹介する総説を寄稿させて頂いています。私にとっては記念すべきCiRA内初の共同のお仕事です！🥳
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京都とバイオインフォマティクスが好きな人なら誰でも参加可能なアドベントカレンダー2023です、参加者まだまだ募集中！記事更新はいつでも可ですよ〜 Please freely join to our Kyoto.bioinfo Advent Calendar!
#kyotobioinfo
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【求研究室メンバー】 河口研究室で教務補佐員・技術補佐員を絶賛募集しています。経験に応じて無理ない範囲で取り組んで頂きますので、京大周辺にお住まいの方は生物・情報などの出身問わずお気軽にお声がけください。勤務時間や形態もかなり柔軟に対応します！
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糞便メタゲノムに被験体のゲノム情報が部分的に含まれるために個人と結びつく個人情報として扱う必要があるかもしれないという話、IIBMPで初めてお聞きしましたがとても面白かった。 → コロナ「制圧」タスクフォース
#bioinfowakate
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岡田随象先生の招待講演「研修医をしたが徹夜が向いていない、朝礼がつらい」意外です...！！😲若手へのメッセージは不利なところで勝負をしない、マイペースも突き詰めると武器になる。
#bioinfowakate
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妊娠後期で発生生物学会に初参加でしたが、講演途中に気分が悪くなって退出した際には運営スタッフの方がお茶や椅子など用意して気遣って下さり、ロームシアターの劇場スタッフの方も退出しやすいバルコニー席に案内して下さり、姿勢調節用にブランケットまでお借りできて大変助かりました☺️
#jsdb2024
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RNA構造予測の本がMethods in Molecular Biologyから出ました！いや、出てます！プロトコルシリーズなので簡単な使い方とサンプル紹介がメインで、二次構造・三次構造・ハイスループットな実験ベースの様々な（当時の）最新研究に参加して頂いてます。これはつよい😮😮
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来週1/17（火）に日本橋ライフサイエンスビルディングでLINK-Jと京都大学共催のネットワーキングイベントに参加させていただきます。CiRAの新しいつよつよ（私除く）PI陣が話します！オンラインもありますので、ご興味ある方は事前登録を📍
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突然ですがオムライス好きの私が独断と偏見で神宮丸太町から行けるオムライス屋さんを紹介します。1. おむらはうす 言わずとしれた京大生御用達オムライス専門店、10個オムライスを食べると1オムライス（基本額）無料。細かく刻まれた野菜の食感と滑らかな卵でいつまでも飽きずに食べられるオムライス
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メカノバイオロジー！過去のiCeMSの紹介が読み物としても面白いしわかりやすい👀
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I'm thrilled to announce the (full) release of "RNA structure prediction" from Methods in Molecular Biology, edited by me and Junichi 👍 I greatly appreciated the fantastic contributions of all authors from all over the RNA research world!
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It has been two months since I officially started working at CiRA, Kyoto university. Now their website has my page! 🤠 Please feel free to contact me if you are a student who is intrigued by computational biology and/or machine learning application 🔥
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はじめられて、紹介したバイオインフォマティクス技術者認定試験の合格を目標に懸命に勉強されていました。しかし、年末の試験が治療と重なり、日程変更後も体調の関係で会場に到着出来ず、受験出来なかったことをとても悔やんでいたとご家族からお聞きしました。もし万全の体調だったなら、と
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ラボの垣根を超えて集まれる定期ハッピーアワー���お茶会みたいな集まりを主催したいなぁとぼんやり思っているんですが、皆さん忙しそうだし何か良い方法はないものか...
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今週末は生命情報科学若手の会にお呼ばれしまして、招待講演でお話させて頂きます！スタッフとして最後に参加した2018年ぶりになりますが、現所属は比較的学生さんが少ない環境でもあるので、若手の皆さんの発表や議論からたくさん刺激をもらえるのが今から楽しみです😊
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留学中にご支援を頂いていた上原記念生命科学財団に、「社会の中の生命科学の中のバイオインフォマティクス��というタイトルで海外留学だよりを掲載していただきました（ニューヨーク→2021年度です）各国各地域の体験談が寄せられているので留学したい人覗いてみては👀
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思わずにはいられません。あまりにも早いお別れになってしまい誠に残念ではありますが、今はご家族のもとでの安らかなお眠りを心よりお祈り申し上げます。また、この件を知って所内の色々な方が心配して声をかけてくだってとても心強かったです、お気遣い頂き誠に有難うございました。
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Greatful to have our paper out in eLife! We had a great challenge to analyze yeast ChIP-seq data of Rad53, where many peaks are found around both replication origins and 20% of promoter regions 😱
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残念ながら大雨になってしまいましたが、IUPAB最終日に参加しています。そして昨日のポスターで産休前に予定していたすべてのプレゼンを無事終えることができました、聴きに来てくださった皆さんありがとうございました！🙇♀
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Our scATAC-seq meta-analysis paper is finally published in Briefings in Bioinformatics! We comprehensively compared 7 mouse brain data, and our annotation strategy based on meta-analytic marker sets from the BICCN mini atlas is shown to be pretty robust!😮
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先日承認を頂きJSBiの理事の末席に加えて頂くことになりました。投票してくださった方がいらっしゃるということに驚きとともに感謝申し上げます。たくさんの新しいことを学ばせて頂くとともに、お世話になってきたコミュニティに恩返しできるよう精進してまいります。2年間よろしくお願い致します😊
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今年も分子生物学会@神戸オンサイト参加いたします！2日目（7日）の11時に、毎年恒例GTPセッションで現在取組み中のお話をします。ぜひディスカッションいたしましょう！ → 網羅的一細胞トランスクリプトームから見る細胞種特異的なGTPセンサー分子による代謝制御の活性推定
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C elegans can literally jump to the lid of Petri plate... 😯
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今日は出勤納めでしたが、
#kyotobioinfo
アドベントカレンダーを書かなければ年は越せない...！ということで、先月出版されたアルマジロ論文の紹介と裏話の日本語エッセイをラボHPにあげました！🥳 一卵性四つ子のアルマジロの転写パターンに残る発達過程の確率的ノイズの検出
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私事ですが先日長男を出産し、親子三人無事退院しました！✨諸々の手続きはこれからです。しばらくは体調をみながら徐々にペースを掴んでいきたいと思いますので、引き続きどうぞよろしくお願いいたします。↓サメタモン😊
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来週は上村先生・服部先生にお誘いいただきまして、第57回日本発生生物学会のシンポジウム "Developmental homeostasis" に登壇いたします。発生生物学会には初参加なので、他のプログラムやイベントなども大変楽しみです！
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The new year is just around the corner, and 'Tis the season of advent calendars! 京都とバイオインフォが好きな人のための
#Kyotobioinfo
advent calendar 2023では、論文紹介でも解析サーベイでもどんな記事でも大歓迎です。皆様のご参加お待ちしております🎄🎅
Let's celebrate 2023 by writing a post for an advent calendar
#Kyotobioinfo
! 京都とバイオインフォが好きな人のためのアドベントカレンダーです。自分の論文や手法の宣伝でも自分なりのTipsでも、どんな記事でも大歓迎です。学生さんのご参加もお待ちしております！
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Let's celebrate 2023 by writing a post for an advent calendar
#Kyotobioinfo
! 京都とバイオインフォが好きな人のためのアドベントカレンダーです。自分の論文や手法の宣伝でも自分なりのTipsでも、どんな記事でも大歓迎です。学生さんのご参加もお待ちしております！
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本日は千葉大学医学研究院の堀江健太先生に胸腺のsnATAC-seqを中心とした、エピジェネティックな制御に関わる最新の研究についてセミナーをして頂きました！ご参加頂いた皆様のおかげで大変活発な議論となりました、誠にありがとうございました👏
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オムライス最新情報アップデート！京都・神宮丸太町から、歩いて行けなくはないオムライス屋さんです。まずは同僚の先生のオススメから 1. ル・フジタ 京大病院近くのケーキ屋さんですが、なんとお惣菜でオムライスも販売中。お肉とお野菜がゴロゴロで、
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分生初日は「オミクスを重ねた解析から我々は何を知ることができるのか？」と題したワークショップでエピゲノム・トランスクリプトームの相互作用についてお話させていただきました！やはり興味がシステム寄りで近かったので、みなさんのトーク面白かった。質問答えきれなくて申し訳ないです🙇♀
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運営にも長く携わらせて頂いた会に、ご招待いただきました。久し振りのオンサイト、盛り上がって行きましょう！👊 Let's lit it up!✨
【生命情報科学若手の会 第15回年会】
参加登録を開始いたしました！🎉
4年ぶりのオンサイト開催です。ぜひご参加ください！
・日程：2023年 10月7日 (土)～ 9日 (月・祝)
・会場：千葉県
・登録締切：2023年 9月8日 (金)
・招待講演：
岡田 随象 先生
河口 理紗 先生
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尾崎研究室のセミナーでお話させていただきました！聴いてくださった皆さまありがとうございます！🙌🥳
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We had a welcome party at lunch today. Number of Kawaguchi lab members++! ようこそ！
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研究室ホームページを更新しました！明日は筑波大の尾崎さん、来週は産総研の富井先生にセミナーをして頂く予定です。学内でご興味がある方はDMなどでご連絡ください😊
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I'll be a guest speaker at CiRA science cafe on Jan 28th! 1月28日（土）に現地とYoutubeライブのハイブリッドで開催されるCiRAカフェでお話します、ドキドキ。アルマジロの素敵なポスターも作って頂きました。
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My final chicken orzo 🥲 We rarely had a lunch together during pandemic, but still this is my best soup on the menu. I remember the days when I couldn’t understand half of lunch chat, but actually it was full of fun 🤗
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定量生物学の会初めて参加させて頂きましたが、色々な対象・現象を扱っている人たちばかりで大変楽しかったです。そしてローカルからもたくさんの素晴らしい発表を聞かせて頂いて、広島の数理生命強いぞ！💪というのを改めて感じさせて頂きました。運営の皆さまありがとうございました！
#qbio10th
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縁あって国際生物学賞の記念シンポジウムでセミナーをさせていただきました。昨日ランチや懇親会などでDurbin先生とお話させていただきましたが、とても柔らかい雰囲気の方で、しかし今も変わらぬ強い信念を持って最新の研究に取り組まれておられるように感じました。
Congratulations to Dr. Durbin again! His talk for these two days was impressive and motivating so much, where he talked the history of genomics and how the computing has contributed to it. I realized again the importance of open science at same time
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メディカルAI学会お疲れ様でした🙌先進的モデル化技術による生体情報の予測と発見のシンポジウムで、一細胞ATAC-seqへの深層学習の応用のお話をさせて頂きました。招待講演もセッションも面白い内容ばかりで大変刺激になりました！
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Our new projector really works well than I expected! 🥳 2枚目は電気つけた状態ですがこれでも割と見える！
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iPSアカデミアジャパンの2022年度研究助成に採択していただきました！iPS研究に取り組み始めたばかりのひよっこですが、選んでくださった皆さまの期待に答えられるよう、これまでの経験を生かして新たな研究を進めて行く所存です💪🔥
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分生に続いて、本日からのGTP hackathonに参加するために山梨に来ております！今回もまた実りの多い会になりますように🫡
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I attended a tutorial today, titled "Spatial transcriptomics data analysis: theory and practice". All the speakers did an amazing job and were dedicated to answering our (so many) questions! Some resources are also publicly available here 🙏
#ISMBECCB2023
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I've made a lab website (just a foundation) today using github pages and Rmarkdown! 突貫工事で研究室HPの枠組みをつくりました✌️✌️
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Currently, thanks to the support of everyone around me, I am able to prepare for the due date while taking an enough rest. I'm grateful for all the help🙏 ATST it is really disappointing that the current university accounting system does not allow people taking a temporary leave
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本日は同門である国立がん研究センター研究所の小嶋先生によるセミナーを開催しました。セミナー室がほぼ満員で質疑も盛り上がり、時間をかなり延長してたくさんの質問に答えて頂きました。ありがとうございました！セミナー終了後は昔話に花を咲かせました〜🌸またいつでも遊びに来てください😊
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研究室のメンバーが1から増加したのでラボ内情報交換をSlack+Scrapbox+Gitlabを中心にやってみようかと思っているのですが、他にオススメのやり方などありましたらぜひ教えてください！ #新米PI #研究室運営
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Check it out the latest article with our internship student Thadoe. I appreciate spending your precious time in our lab!
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Time flies! Autumn is almost here. During this summer, our internship students and visiting researcher were dedicated to pursue the research at CiRA, and presented their amazing works done within a very limited time. All the best for your bright future ahead of you 🥳
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We had a welcome lunch today for Eri, Thadoe, Yan, and Mona! 🥳
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琵琶湖のほとりで行われた2日間の所内リトリートが無事終了致しました！初めての対面でのリトリートながら委員を仰せつかり、他の超有能委員や推進室の皆さまに助けられながら（回線には苦しめられましたが）交流イベントなどを企画しました。参加者の皆さんに少しでも楽しんで頂けたのなら幸甚です✨
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研究室ウェブサイトをアップデートして、行動規範ver.1を追加しました！研究室内だけでなく、研究室セミナーの参加者の皆様にも、誰もが安心して参加できる環境作りへのご協力をお願いいたします🙇♀
We've updated our lab website to include Code of Conduct for not only lab members but also our seminar's attendees, to provide a welcoming environment for everyone! May not be perfect, but we will keep updating it. 🧐
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黄檗、たま木亭...これはすごく宇治...！
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インターンシッププログラムに本当にたくさんのご応募ありがとうございました。全員に参加して頂けないのは残念ですが、弊ラボでは三人の熱意ある学生さんのインターンが本日から始まりました🙌色々なプロジェクトに取り組んでもらう予定なので、今から楽しみです！
I'd like to thank many applications to our summer internship program. It's shame we couldn't invite everyone, but I'm glad three students who are enthusiastic for CB and regen med join our lab, started from today! Let's have a wonderful summer togetter 😋
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間もなく定量生物学の会のオンラインチュートリアルが開催されるようです。私は3時半から「離散的配列情報と高次元生命情報をつなぐ統計と機械学習」というタイトルでお話する予定です。楽しんでもらえるとよいのですが...！🫡
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Thank you so much every attendee for full of passion and energy for bioinformatics and CB research (or any better name if you come up with)! Got to know new people and studies inspiring me a lot, and enjoyed the reunion of former lab members having amazing dishes in Lyon 🥳 Thx!
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明日から三日間柏の葉で行われるIIBMP2023に参加します！二日目夕方のワークショップと偶数ポスターにいるらしいので、お久しぶりの皆様対戦よろしくお願いします😉✨
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どこからどう見ても詳しい専門家による解説です→
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First time in France and Lyon! Excited to attend
#ISMBECCB2023
🥳 It's been a while since the one held in Basel.
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神経オルガノイドコミュニティ集まれ！👀
立ち上がりました、Discordコミュニティーサーバー。すでに50名参加してくれてありがとうございます。１週間経ったので、新しいリンク置いておきます。
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This week I'll be attending IUPAB2024 （国際生物物理会議）, which starts tomorrow. My poster presentation 27P-098 is scheduled on 27th. Excited to explore a new research field and exchange ideas! 🤗
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Sox2-ot (overlapping transcript)というlncRNA、最近まで存在を知らなかったんですがかなりの長さ且つTSSやスプライシングのパターンが違うトランスクリプトがたくさん（160超えで）見つかっているらしく面白そうすぎるのですが、どなたか興味ある方いませんか。
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今年は元日から痛ましい事件が相次ぎましたが、できる範囲の支援ということで先日義援金を振り込ませて頂きました。石川は夫と初めて旅行に行った土地でもあり、被災された皆さんが少しでも早く日常を取り戻せることを、心より願っております🙏
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本日は京都大学前期の合格発表だそうですね、合格した皆さんおめでとうございます🥳🎉まだ後期が残っている方もいるかと思いますが、すべての受験生の皆さんが春からの新生活で輝かしい未来を切り開かれていくことをお祈りいたします！
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I kinda miss heavy snow in NY❄ -- first snow cover in Kyoto
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本日は大阪国際会議場で行われるNGS EXPO 2023にて、朝一発目にお話をさせていただきます。会場にいらっしゃる方はよろしくお願いします！
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Another spectacular news is that I will have a fantastic opportunity to become one of the speakers at the Commemorative Symposium for the 39th International Prize for Biology, which is awarded to Dr. Durbin. 国際生物学賞の受賞誠におめでとうございます！
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阿久津先生著のバイオインフォマティクスのための人工知能入門を献本頂きました！自分で購入するつもりだったので大変嬉しいです。人工知能とは言っても6章までは機械学習分野の特にバイオ分野で重要な基本が手広くまとめられており、7章もアテンションまで丁寧に説明されています。
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I'd like to thank Oxford journals people that they quickly corrected my name registered in Pubmed, from "Karakida Kawaguchi R" to "Kawaguchi RK". Good to know the metadata info can be easily updated on PubMed by press. .
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This is a genuine OMOTENASHI in Kyoto. 😌
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私も末席で関わらせて頂いているGTP研究の総説です！お三方との共同研究は私が学生時代にオミクス研究を実際にはじめるきっかけでした。そこから代謝研究は難しい...と唸りながらも、面白さに取り憑かれてずっと取り組んでいます。
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定量生物学の会の皆様にお誘い頂きまして「離散的配列情報と高次元生命情報をつなぐ統計と機械学習」というタイトルで、年会一週前の12/7に主に学生向けチュートリアルをオンラインで発表予定です。 こつこつ資料作っていますが、本会も含めて初参加なので今から楽しみです！
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Today we held the 2nd lab book club, and the assigned book was "The Elements of Style." (Learned about the different customs for placing the periods in UK and US.) Despite being over 100 years old since its first edition, it remains a classic and there is still much to learn. 🤗
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時間を大幅に超過してしまいましたが、1時間半しゃべり倒したくさん質問も頂けて謎の達成感💪貴重な機会を頂き有難うございました🙇♀✨一部発表資料とエビゲノムデータのモチーフ解析のデモ等はこちらにしばらく置いておきますので、ご興味ありましたらこちらからどうぞ！
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本日は「幹細胞の培養法・培養工学のためのコンソーシアム第6回シンポジウム」でお話させていただくために大阪大学に来ております。著名な先生方の中で実はiPSを生で見たこともない完全に門外漢なのですが、勉強させていただきます！🔥🔥
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研究所だと人の流動性がそこまで高くありませんが、生協周辺の学生さんたちの賑わいで新学期の雰囲気を感じます🌸もし京大の学生さんで生命科学のデータ解析のOAなどに興味がある方はぜひご連絡ください。また国内向けCiRAインターンシップのご応募も5/26までです！→
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Today I visited iCeMS buildings after having a lunch at a restaurant inside Kyoto Univ Clock Tower. What a wonderful day! 😋
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広報室の皆さま方と準備を進めてきたサイエンスカフェの開催もついに明日に迫りました！京都は今日明日と雪模様で生憎のお天気ですが、Youtubeで奥本先生の素晴らしいセンスと回しを見て頂けると幸いです。ゆっくりしていってね！
明日1月28日(土)14時より、一般の方向けにCiRAカフェ「ズレも積もれば発見となる～コンピュータと見つける生物システムの謎〜」をハイブリッド開催します！
YouTube Liveより配信しますので、ぜひご覧ください！（申し込み不要）
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Today I visited Uji campus of KU for the first time to give a talk at Akutsu lab's seminar. Prof. Akutsu, Prof. Mamitsuka, and Prof. Ogata kindly gave me a tour🙏 Thank you for your attendance at the seminar and meeting me on 🎅🎄 day!
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予定日直前39wで面接が入りいつ生まれるかヒヤヒヤしながら、PC作業が出来る僅かな時間を資料準備に追われるというスケジュールでしたが、KURAや推進室の皆様にも無理を言って助けて頂き完遂できました。ご助力くださった方々、領域の立ち上げや審査をしてくださった先生方に改めて感謝申し上げます。
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