Takashi Kawashima
@T___Kawashima
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Faculty at the Weizmann Institute of Science. Janelia alumnus. Neurophysiology, imaging, genetics, zebrafish. Dad of two.
Israel, Rehovot
Joined March 2012
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I want to thank international friends for your care. My family is safe. I lead a diverse group of Israelis (religious, secular), an Arab, and an American as a Japanese PI. One student fights for IDF now.
Our group members love each other. Hoping for better days to come soon.
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Now the first GABA indicator is out!! We contributed the fish part. Congrats Jonny and Loren!
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Today is an opening day of Kawashima lab @ Weizmann. We are now a diverse group of Israeli, Palestinian, American, and Japanese. So excited that we can start our own science!
We are recruiting at all levels. Nice weather and great support. Science is a lifestyle here.
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[報告] 先日、ワイツマン科学研究所（イスラエル）で新しい研究室をスタートすることが決定しました。単位研究者あたりで世界１０傑に入る名門です。宜しくお願いします。
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@koichi_kawakami
川上先生、私はいつも黙っているのですが、言わせてもらいます。このような見方がイスラエルの大学の主流と思ってもらっては心外です。私の研究室では、イスラエル側の親戚が殺された人と、ガザの親戚が爆撃された人が両方います。共存を本気で考えている人間が大学に沢山いることを知ってください。
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Now I'm starting my lab at
@WeizmannScience
. Looking forward to contributing to the amazing science community here. Will start recruiting students and postdocs soon.
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Our paper about PyZebrascope is now published! An open-source software for large-scale neural activity imaging using lightsheet microscope.
We are grateful for the editor's and reviewers' effort in improving the manuscript on a fast track.
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[decisions made] I just decided to start my new lab at the dept of neurobiology at Weizmann Institute of Science!! I am looking forward to contributing to the amazing scientific community at the WIS!
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今回の人質交換の件、単なる停戦を超えて、１０月７日以降火球のようだった周囲のイスラエルの方々の雰囲気にかつてない影響を与えている。心の中では死亡したと思っていた人質が、一部とはいえ現実に何十人も帰ってきた衝撃は大きい。おそらくこれまでの攻撃一辺倒だった世論、作戦も変わってくる。
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When I met Ca imaging 7 yrs ago, Ohki taught me that Ca is just an indirect readout of neural activity. Now, when I was trying Voltron, young people ask "Why voltage imaging? Ca imaging filed is big and well established". Hope this will change soon.
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All right lab construction done. Waiting for the inspection....
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Happy to share our recent discovery of psilocybin's anxiolytic effects on zebrafish, currently under review. We hope this opens a new path for investigating how serotonergic psychedelics impact subcortical structures. Stay tuned for our coming studies.
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My 2nd daughter was born. So thankful that we can still do this as a dual-career researcher couple.
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イスラエル科学界の国際化を推進するAzrieli財団で、私も一緒に働くMichal Hatuelより。国連ボイコットだけはだめだという言説。
Israel can’t afford to boycott the United Nations
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Our monthly zebrafish seminar series now have a website, thanks to
@SumbreLab
,
@yaksi_emre
@BormuthVolker
, and Elim Hong.
We are always looking for PIs, students and postdocs who share their exciting research! Welcoming nominations, including yours!
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@koichi_kawakami
Koichi, this is not fair. Read the article.
"Japan is not alone in encountering the problem. The US and European Union countries have also reported a shortage of low dead space syringes."
They shouldn't single out Japan for this. And this is a minor issue and not a major one.
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First paper submission from our lab! Introducing PyZebrascope, a software that we needed to kick start our science. Work by amazing
@ranibarbara
and
@KantharajuMadhu
and with
@kisharrington
. It works great for us, and we hope it helps others too.
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We made our zebrafish Voltron data available for everyone!
(1) behavior and imaging dataset
(2) simultaneous imaging and e-phys dataset
Hope this helps the community move forward!
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Big thanks to
@MishaAhrens
and
@HHMIJanelia
colleagues for the amazing 6 years. So grateful to have big publications, to have survived dual interstate career, and to be blessed with 2 daughters. And thank
@ryohei
and
@rubinovlab
for invited seminars before I leave the USA.
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Kawashima lab website is ready and we are now recruiting!!
We will focus on subcellular physiology of 5HT neurons in behaving animals and analyze its relationship to whole-brain neural dynamics. Anyone who's interested, plz apply!
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If you have coding/math skills and are cleaving for learning opportunities now, I recommend taking online machine learning/ AI courses (cs229 / cs231n) from Stanford.
I took it before and it was the best time investment I ever did. Better than just watching COVID news...
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Exciting insights on raphe system from whole-brain imaging in freely-swimming fish!
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Neurotechnology 2023 successfully concluded today! We, with
@OferYizhar
, thank all the speakers, presenters and participants for coming over and creating amazing synergy. See you next time!
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戦争開始後、終結に向けた議論が恐ろしくてできない雰囲気であったが、これを機に少しでも建設的な議論がイスラエル国内で拡大することを祈る。
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当然ですが、日本人で初めての挑戦です。えぇぇイスラエル？とみんな思うと思いますが、実際に行ってみると中は治安もいいし、綺麗だし、仕事は全て英語でできるし、イスラエルの方々は裏表無く付き合いやすいです。そして何より、オファーが来たら即「行こう！」と後押ししてくれた家族に感謝です。
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あまりに酷いプレゼンを見たので一言。今の時代だからみんなこの位知ってるだろう思っていろいろ説明を省くのは言語道断。今の時代、情報が氾濫しているからこそ、プレゼンではまず自分の世界を分かりやすく説明するべきなのです。
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After 12 air rides + 8 rapid trains over 3 countries🇳🇴🇯🇵🇺🇸 + 5 talks + Disneyland in a month, finally home to restart science. I'm thankful to many colleagues for the exciting discussions. And a heartwarming moment home.
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Voltron is finally out! A great invention by
@Abdelfattah__A
,
@ERSchreiter
and
@rhodamine110
! Honored to be one of the first users.
I'll leave the sensor part to them. Below I write from user's perspectives.
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また、ポスドクと大学院生を募集しています。ゼブラフィッシュを使った最先端のイメージング技術を勉強したいという方は、一時的でもいいので是非遊びに来てください。
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Larry Cohen's squid axon imaging based on birefringence (1968) was the origin of all neural activity imaging methods. It was so precious to sit together and learn about history (Keynes, Grinvald, Tasaki etc) last summer. With enormous respect.
We are sad to report that Dr. Lawrence Cohen passed away on April 19th. Larry was a scientific pioneer, an outstanding mentor and a much-admired member of
@AchemsInfo
and the neuroscience community. We hope to further honor him after processing this unexpected and sad news.
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Arcは昔研究してたので少しだけ分かる。Arc遺伝子が他の遺伝子と全く相同性がないというのは知られていて、敢えていうとすればウイルスの遺伝子が似てるというのは分野のコンセンサスだった。が、さすがにこんな事やっているとは思いもよらなかった。
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There are many fundraising efforts for destroyed communities. I'd like to draw your attention to the one for the families of hostages and missing persons.
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他の場所からもオファーを頂いてはいたのですが、「この人たちとなら安心して狂える」と思ったのが一���の理由です。（今のボスを選ぶ時もその基準で選びましたが。）ニュースとかを見るとなかなか来ようと思わない場所ですが、食事も美味しく楽しい場所ですから、是非遊びにきてください。
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Our first lab picnic ever! Finally we are going back to normal life.
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With
@OferYizhar
we are happy to announce this exciting NeuroTech2023 conference this April. Perfect time of the year to enjoy our campus and Israel. Calling for participants from wide disciplines to discuss our next frontiers. And yes,
@JWietek
will share his exciting work too!
Come visit us! ⚡️🧠🌈🔬💥🐭
Fantastic line-up with
@VivianGradinaru
@yulonglilab
@IOB_Roska
@EmilianiLab
@EmilieMaceLab
@DekelRosenfeld
@ShaniSternLab
@naomi_habib
@MishaAhrens
@WikiZong
@benjulab
@YoavAdam
@shaiberlin
@mansour_abed_A
@FennoLab
@T___Kawashima
@OferYizhar
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Not new, but confocal lightsheet is working great even after a coarse alignment. This tells how light scattering ruins your image as you go deeper. Highly recommended for high-throughput zebra histology.
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海外の論文のデータの多さに圧倒されて、日本の研究資金では。。。という論説を見た。確かに資金も一つのファクターなのだろうけど、神経科学含むバイオロジー全体が解析ヘビーな方向に向かっていて、それに乗り遅れているのも大きいと思う。パネルが多いからって実際の実験が多いとは限らない。
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We are presenting two posters tomorrow AM, on behalf of members who could not come.
X13 - S. Zadka. Voltage imaging of distributed sensorimotor computations across the zebrafish brain,
X17 - R. Haruvi. Motor learning by serotonergic disinhibition between serotonergic nuclei
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Cellのオンライン版でＤＲＮ論文が今日公開されました。興味のある方は是非読んでください。この論文の意義は、（１）ゼブラフィッシュの運動学習のメカニズムを解明したこと、そして（２）セロトニン性の縫線核内の詳細な計算メカニズムを明らかにしたことです。特に後者が評価されました。
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@koichi_kawakami
有難うございます。実際には、イスラエル側は私でもボランティアできるぐらいには安全なので、大使館の方々と密に連絡を取りつつまだこちらに居ます。また日本に帰るときに挨拶させていただければ幸いです。
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インタビューした時に、色々な人からUnprecedentedなスタートアップを貰えると言われたけど、本当だった。。。
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We are a dual-career couple with a kid, but we had to spare a significant fraction of our energy, time, and productivity after her birth. Luckily I got a faculty job in the end, but I assume there are lots of talented people who couldn't get it because they had to slow down.
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Missing Chicago, but
@MishaAhrens
will present our latest work with
@zq_wei
on a gating mechanism for sensory outcomes of motor actions in raphe 5-HT neurons!! Poster M13, Monday AM. Check out how Voltron and SnFRs deconstruct neural computations down to a single-cell level!
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Quite nice to see what I found a long time ago is now getting more exciting in a way I never imagined by other scientists.
Targeted gene editing improved anxiety levels and decreased excessive drinking in adult rats that had been exposed to alcohol during adolescence, according to a new study in
@ScienceAdvances
.
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The end of the 2nd home-coming trip to HHMI Janelia. Grateful to my family for allowing this. Thankful to
@MishaAhrens
for hospitality. This is the last one, as my lab will be soon ready.
And, who took that 9-foot Steinway from the studio ?? :|
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明けましておめでとうございます。年が変わった午前零時ちょうどその時、中部イスラエルに大量のロケットが飛来し、かなりの爆音がアパート上空で響き渡っています。なんの意図があるのか。。
昨年色々と激励して下さった方々、有難うございました。今年は早い戦争の終結と、建設的な未来を祈ります。
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>> Postdoc with children.
Lots of people replying to this are successful examples, of which fraction among the entire cases we do not know. Not sure just listening to successful people would contribute to solving this difficulty in academia.
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And meanwhile our temporary office became a geek paradise...
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@chutoislam
お久しぶりです。現地から質問があります。
アラブ系の学生から、イスラム過激派はイギリス統治時からスケープゴートとして積極的に醸成されて、それが現代まで継承されたという意見が出ています。現首相の政策は有名ですが、歴史的にイギリスの時代からというのも正しいのでしょうか？
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If you are interested in chasing mysteries in serotonin and dopamine systems using advanced optics in zebrafish, please feel free to contact me anytime. It's a beautiful Mediterranean place.
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やっと、やっと４か月前に奇跡的に出た神データを毎週取れるようにまで最適化できてきた。競争もありそうだし、進みが遅くてイライラするし上からのプレッシャーも半端ではないが、地道にやるしかない。でもあのデータがなければ最適化の目標もなかったわけで、幸運に感謝。
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ジャネリアが神経科学をやめるということはありません。これから向こう１０年、Mechanistic Cognitionというテーマで神経研究を続けます。
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Nice work on genomic evolution. Natural selection vs neutral mutation affects lifespans.
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昨年時間をかけて機械学習を勉強したのはとても良かった。もちろん専門家レベルではないけど、少なくとも簡単な線形学習や非線形学習、深層学習は実装できるようになったし、また多くの用語が理論神経科学と共通してるので、理論系の人たちと話が弾むようになったのは大きい。
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Big congrats to Ravid Haruvi for winning the best poster award at
#SEROTONIN20years
. Awarded from Prof. Michael Bader, who discovered tph2 two decades ago. We are very proud of you!
And thank you Natasha and Michael for organizing such a wonderful conference.
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マーカスのMagnetoGenetics全否定の論文読んだ。物理的に不可能であることが丁寧に証明されているのだけど、その不可能度の桁が大きすぎて、空想科学読本を思い出してしまった。いや笑いごとではないのだけど。
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CaMPARIについて凄い話題になっているので。コンセプトは革命的で素晴らしいツールですが、おそらく皆さんが夢に描いているような実験が可能になるまではかなり改良が必要という印象です。
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GABA sensor may look easy given the flood of indicators nowadays. But IT WASN'T EASY AT ALL. They made serious, bloody efforts for years and almost gave up multiple times. Big praise for their achievement. Now we can visualize this major neurotransmitter in behaving animals!
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来年の日本神経科学学会で、大規模イメージングのシンポジウムを主催させて頂けることに。頑張ります。あと、賞も頂けることになりました。これまで尊敬する先生方が受賞されているので、同じ賞を頂けて大変光栄です。
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As an alumnus, I highly recommend Misha's lab! Super-supportive mentor, creative discussion and amazing research environment!
We have postdoc openings. Experimental & computational neuroscience, whole-brain imaging & analysis of distributed computations for behavior. Neuronal & astrocyte networks underlying brain states. Get in touch if interested & spread the word!
@HHMIJanelia
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It was an exciting stay at Max Planck Florida Institute especially with
@Ryohei_Neuro
and
@LavivTal
. Thanks for the invitation and discussion. Let's push molecules forward!
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Kawashima lab's operation will be data mining, software development (and private daycare) for a while. At least we have this beautiful campus to walk around for a while...
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Very nice. Light- and Tet-controllable gene expression
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ＳＴＡＰ細胞に関連して、いかにも日本の問題点が明らかになったように書く言説を見るのだけど、正直アメリカでもよく聞くような話ばかりなのは気のせいかな。。。
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激しく同意。自分の間違いや欠点をスパッと議論して直せるかは科学者として一番重要な資質。
間違っていましたって言わない人は偉そうに見えても大抵は超一流ではないと思います。進歩ないもの。影で反省してたとしても、他人から教えてもらうチャンスを常に逃してるので進歩もしれてると思う。
たまに、超人的な努力でそのスタイルで一流の人もいるけど。私の会う超一流の人は皆謙虚だ。
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活動依存的なプロモーターの致命的な欠点である時間分解能をクリアしているという点は素晴らしいですが、ＵＶ光が必要という欠点があります。
組織透過性が非常に低いＵＶ光ですので、ネズミだと表面、もしくはファイバー付近しか標識できませんし、更には光照射の勾配がモロに影響してしまいます。
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Congratulations Alessio !!
Longitudinal tracking of Arc expression in hippocampal ensembles
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This indeed reflects the Weizmann culture. The former president of the institute told us. "We know your project will change. Go for it and we'll support it."
💃🏻Thanks to Emre
@yaksi_emre
for the alert - the cloud phase in science is so beautifully described: by Uri Alon: Why truly innovative science demands a leap into the unknown via
@YouTube
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東京○大の問題を共働きの奥さんと話しつつ。女性が働きやすいシステムというのは、男性にとっても働きやすくなるということを社会全体で共有して欲しいと切に思う。
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This method is very simple and straightforward. Could become a mainstream.
SYNPLA: A synapse-specific method for identifying learning-induced synaptic plasticity loci
#biorxiv_neursci
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OMG
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招待をいただいたので、神経活動依存的プロモーターの開発と応用に関するレビューを書かせて頂きました。
http://t.co/KyCZUwnCBM
多少宣伝も入ってしまいますが（特にＦｉｇ）、この分野の主要な仕事を網羅的かつフェアにまとめたレビューになっています。
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久々に目の覚める、というかこんな自由な発想で実験やると楽しいだろうなという論文。Fig２と３が素晴らしい。身内びいきかもだけど。
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And another poster this afternoon
PP5 - A. Rosenberg. Exploring brain-wide neural dynamics underlying psilocybin's psychoactive effects in zebrafish
Psilocybin rejuvenated the serotonin research field in many ways. We can't wait for the coming discoveries.
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Fast and accurate English info is very important for foreigners here. Haaretz is slow. The Times of Israel is almost real-time.
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赤外線のようなムラが出にくい光に変えることが出来ればいいのですが、今の所ＩＲでスイッチ可能な蛋白質は見つかっていませんので、この方向の改善は難しいです。おそらく、現在の蛋白の改良と例えば２光子ホログラフィーとかの光学的手法の改良で克服する方向に向かうと思います。
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リジェクトされた時にどう盛り返すかが大事というのは、自分の経験でも身に染みて分かってるし、ジャネリアの大御所もみんな言ってる。楽観視している時が一番危険。
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アメリカだって、男同士のノリや暗黙の了解というのはあります。時には日本よりも酷いものです。ただそれが日本ほど仕事上での強制力を持たないのは、女性の社会進出が比較的進んでいるからです。性差別はアメリカでも深刻な問題ですが、日本では性差別の定義すら共有されてないように見えます。
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I only got to chat with him once, but Amiram was like Bach for neural activity imaging. His contributions were so broad that most of us aren't even aware of his discoveries and inventions while standing on them. Deepest condolences.
עמיתנו, פרופ׳ עמירם גרינוולד, מפורצי הדרך לשיטות האופטיות לחקר המוח, נפטר הבוקר. יהי זיכרו ברוך.
Our colleague Prof. Amiram Grinvald, a pioneer and world authority in optical imaging methods in brain research, passed away. Of blessed memory.
@WeizmannScience
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さて、２件報告があります。１：長女が生まれました。２：Cに論文通りました。そのうち出るので読んで頂ければありがたいです。
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やっとResonnant２光子顕微鏡が完成。今回光学を勉強し直して、ほぼゼロから組んだので感慨深い。Shearing Interferometer使うの楽しすぎた。こういう贅沢な機会を与えてくれたボスに感謝。そして次は新型ライトシート。。。。。
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CUnninghamの新作。こういう解析のコントロールが必要だとはぼんやりとは考えていたけど、ここまできっちり議論をしてもらうとありがたい。是非全脳イメージングにも取り入れたいところ。
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This morning I woke up with a phone call from my CNC workshop buddy saying “Your microscope parts are ready!” 😅 I made sure it was not an Israeli joke. OK, I’ll go and grab them with my 2y and 4y olds.
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ただArcのこの性質が何の効果があるのかはよく分からない。。。ノックアウトの効果も報告はされてるけど、激烈な効果があるわけでもない。隣の細胞に可塑性をもたらすというのはbdnfとかのほうが効果が大きそう。でも今後の展開には期待。
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Happy new year, everyone. The moment the clock changed into 2024, rocket barrages came to central Israel, the first one in two weeks. Huge blasts above my apt. Very well prepared, for unknown reasons.
Wishing for hostage returns, negotiations and a better, constructive future.
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卒研以前に学生に研究をやらせることに反対って。。。本当に才能のある人は、どんな年齢でも、上のゴチャゴチャに関係なくしっかりと育つものです。そういう人を一人でも見つけるために、科学研究の門戸は常に開いておくべき。
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Are you in Israel? Nationality doesn't matter. Fill it in 30 sec and you'll help predictions of next outbreaks!
We are making our chatbot code for tracking coronavirus symptoms available as Open Source
Already in 5 languages, see here for English:
You can now use and adapt at your country, and contribute code to improve the tool
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まだ日本では報道されてないけど、ウクライナのロシア派リーダー（ロシア人）が「今日Ａｎ２６撃墜したぜ。だから飛行機飛ばすなって言っただろｗ」的なことをＳＮＳに書いて、第一報が出た後に削除したことがこちらで報道されてます。
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Still can't understand why Japan stick to it...I can say >95% of people there do not use/eat whale regularly. This is a made-up "tradition".
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今の研究、周囲が「は？無理だろそんな？何やってんの？」って感じで見ててくれるので、良いプロジェクトと判断する。しかしそれだけあって進みが遅い。。。。
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