Sultan III. Selim, Fransa Cumhuriyeti’ne karşı önce şaşkın, sonra tarafsız, ardından da eli açık davranmıştı. Fransız Devrimi'nin ilk yıllarında, bütün Avrupa'da devrimci amblemler bir bir yasaklanırken, III. Selim İstanbul’daki Fransızların bu amblemleri taşımalarına göz yumdu. Avusturya, Prusya ve Rusya temsilcileri, Türkiye’de yaşayan Fransızların üç renkli kokart başta olmak üzere diğer devrimci amblemleri taşımalarının yasaklanmasını istediklerindeyse bu taleplerini geri çevirdi. Kamu Güvenliği Komitesi’yle dostane ilişkiler kurmaya çalıştı. Bastille Baskınının yıl dönümünde İstanbul'daki Fransızlar kutlamalar düzenlendi. Her şey yeni bir çağın başlangıcını müjdeliyor gibiydi. III. Selim ve sırdaşları sarayın en ücra köşelerinde Fransa ve İtalya’dan esen yeni düşüncelerle ilgili yazıları okuyorlardı. Fakat Napoleon Bonaparte’ın Mısır'ı işgal girişimiyle birlikte Fransa ile Osmanlı arasındaki yüzlerce yıllık dostluk bir anda Mısır’ın kumlarına gömüldü. Saygısız fakat politik olmayan bu sefer III. Selim’i savaşa itti. Osmanlı, tarihinde ilk kez Fransa’ya savaş ilan ediyordu. Napoleon her ne kadar Mısır'da Selim’in gönlünü okşayacak söylemler sarf etse de böyle bir ortamda söylenen ifadelerin pek bir önemi yoktu. Mısır’daki asıl amacının Britanya'nın Doğu Akdeniz'deki gücünü kırmak olduğunu açıklaması için Talleyrand'ı İstanbul’a göndermek istemesi, belki de durumu biraz olsun yumuşatabilirdi ancak Talleyrand Napoleon’a verdiği sözün aksine İstanbul’a hiç uğramaması işleri daha da kötü bir noktaya taşıdı. Bu Talleyrand’ın Napoleon’a atacağı ilk “kazık” olmayacaktı. Napoleon'un niyeti iyi ola dursun, sefer başlar başlamaz İngilizler Amiral Nelson'ı kurtarıcı olarak Sultan Selim'e gönderdi. Nelson, Fransız donanmasını Nil’de denizin dibini gönderdi. Amiral Sidney Smith ise Napoleon'a karşı Mısır muhalefetini güçlendirmek ve Mısır'da mahsur kalan Fransız ordusunu yok etmekle görevlendirildi. Akka’da, Cezzar Ahmet Paşa'nın savunmasını güçlendirmesine yardım etti ve ona gemilerinden ek toplar sağladı. Gemiyle gönderilen Fransız kuşatma topçularını ele geçirmek ve Fransız ordusunun Yafa’dan kıyı yolunu kullanmasını engellemek için de denizden bombardıman gerçekleştirdi. Nitekim Mısır Seferi Napoleon için amacına ulaşamadan hüsranla sonuçlandı. Tüm bu yaşanan kötü olaylara rağmen, askeri ve yönetici şöhretiyle Divan'ın bile gözünü kamaştıran Napoleon'un Mısır’a yaptığı seferi bağışlamaya hevesli görünen III. Selim, Ebu Hur’da kendisine karşı zafer kazanmasına rağmen onu takdir ediyordu. Fransa ile Osmanl�� Devleti arasındaki üstü kapalı ve doğal ittifakı ilk kez bozan adam için umut beslemekte ısrarcıydı. Fransa’nın kudretli adamının Avrupa’da sahip olacağı kesin egemenliğinin onu Kuzey’in aşırı isteklerinden ve saldırılarından koruyacağını düşünüyordu. Napoleon imparatorluğunu ilan ettikten sonra (1804) İstanbul'a General Horace Sebastiani'yi elçi olarak göndererek iki ülke arasındaki ilişkilerin yumuşamasını sağladı. Zaten III. Selim bir süredir, pek fazla gizlemeyi başaramadığı bir ilgiyle Fransız imparatorunun başarılarını izliyordu. Uzaktan uzağa, sevinçle Avusturya’nın çökmesini, Prusya’nın istila edilmesini ve Rusya’nın rezil olmasını gözlüyordu. 1805 yılında Prusya’nın dağılmasını hayranlıkla karşıladı. Austerlitz Savaşı ve Ren Konfederasyonu’nun kurulması, III. Selim’e büyük kişisel başarılar olarak gözüküyordu. Austerlitz’den hemen sonra Napoleon’a bir elçi göndererek onun şahsında Fransız halkını kutladı. Hatta padişah, 1806 yılında Prusya, Rusya ve Napoleon arasında çıkması muhtemel savaşın, Macaristan ve Prut üzerine yayılması halinde Fransa lehine müdahale etmeye de hazırdı. Fransa için III. Selim ile sıkı bir ittifak kurma fırsatı ikinci kez ortaya çıkmıştı. Horace Sebastiani'nin görevi de III. Selim’i Fransa ile sağlam bir ittifaka ikna etmekti. Ayrıca Tuna’yı İngilizlere, Bağaz’ı Ruslara kapatabilecek bir donanma yaratmak ve silahlandırmak, Londra ve Petersburg hükümetlerinin Osmanlı İmparatorluğu üzerindeki baskılarını hafifletmek, Fransız ordularının desteğiyle Boğaz’dan ve Besarabya üzerine yürütmek de Sebastiani’nin görevleri arasındaydı. Fransa böyle bir anlaşma için iyi bir elçi seçmişti. General Sebastiani genç, yakışıklı, ihtiraslı, kahraman, diplomat olduğu kadar başarılı bir askerdi. Napoleon’un gözdesi, Korsikalı serüvenci mizacına Fransız zarafetini ve İtalyan diplomatik inceliğini ekleyerek III. Selim’i ikna edebilecek özelliklere sahipti. Fransız elçisinin görkemli biçimde huzura kabul edilmesi ve kısa sürede sultanın güvenini kazanması, tarafsız kalmasını zorla sağladıkları III. Selim’in üzerinde Napoleon’un etkisinin arttığını düşünen Rusları ve İngilizleri derin bir kaygıya düşürdü. Kaygılarında haksız sayılmazlardı, Ruslar da tam tersine Osmanlı’nın Fransa'ya savaş ilan etmesini istiyorlardı. Ancak Rusya'nın, Osmanlı Devleti'nden kendisini Balkanlar'daki Hristiyanların koruyucusu olarak kabul etmesini istemesi ve Sırp isyanlarını desteklemesi Rusya'yla olan ilişkileri gerginleştirdi. Sonunda Rusların Eflak ve Boğdan'a girmesiyle Rusya'ya savaş açıldı. Birleşik Krallık bir ültimatom vererek, III. Selim’den Sebastiani'yi sınır dışı etmesi, Fransa'ya savaş açması, Eflak ve Boğdan'ın Rusya'ya verilmesi gibi kabul edilemeyecek taleplerde bulundu, III. Selim bu ültimatomu reddetti. Talepleri kabul edilmeyince de Admiral Sir John Thomas Duckworth komutasındaki Birleşik Krallık donanması 19 Şubat 1807'de Çanakkale Boğazı'ndan Marmara Denizi'ne girerek Osmanlı donanmasını imha etti. Donanmasını İstanbul limanında demirleyen Duckworth, Osmanlı ile anlaşmaya çalıştı. Bir anlaşmaya varılamadı ama geçen süre boyunca Sebastiani'nin de yardımıyla İstanbul'un savunması güçlendirildi. Siperler kazıldı ve şehri savunmak için toplar yerleştirildi. O günlerde III. Selim'in şehri korumak için Sébastiani ile birlikte bizzat siper kazdığı söylenir. Şehrin savunmasını kıramayacağını anlayan Duckworth ağır kayıplar vererek donanmasını geri çekti ve İstanbul'dan ayrılmak zorunda kaldı. Böylece İstanbul önemli bir bombardıman tehlikesini atlatmış oldu. Yeni patlak veren Osmanlı-Rus Savaşı'nda Nizam-ı Cedit ordusundan beklentiler büyüktü fakat Mısır'dakinin aksine önemli bir başarı gösteremediler. Bu sırada Yeniçeriler arasında Nizam-ı Cedit'e karşı olan rahatsızlık git gide büyüdü. 1807 yılında yeniçeriler Nizam-ı Cedit ordusunun kaldırılması için Kabakçı Mustafa'nın liderliği altında ayaklandılar. III. Selim, Nizam-ı Cedit ordusunu dağıtmak ve kendisi de tahttan çekilmek zorunda kaldı. Başkent büyük bir kaosa sürüklendi. Napoleon ve Fransa’yla ivme kazanan ilişkiler bir anda kesildi. Napoleon, Selim’in tahttan indirildiğini, Sebastiani’nin gizli mektuplarını getiren elçilik katibinden öğrendiğinde, birkaç gün önce Friedland’da Rusları perişan etmiş, koşullarını zorla kabul ettirdiği Tilsit’te yorgunluk gideriyordu. XVI. Louis’in idamına ağlayan III. Selim gibi, Napoleon da Selim’in tahttan indirilmesine ve sonra da öldürülmesine derin bir üzüntü duydu. III. Selim’i severdi, onun uysal politikasını tanımış, İngiliz donanmasının girişimini boşa çıkarıştaki gayretini, Fransa’nın başarılı olacağına olan inancını ve nihayet ortak düşmanları olan İngiltere ve Rusya’ya karşı savaşa girmesini takdir etmişti. Amaçlarına varmada yararlı olacağını düşündüğü bir dost ve müttefiki böylece kaybediyordu.