shihoyaw
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札幌南/京都大学/名古屋大学大学院/東京大学理学系研究科濡木研究室助教 専門はGPCRとロドプシンの構造解析です
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博士号を取って5年(初めて論文を出してから5年半)という節目に
「文部科学大臣表彰・若手科学者賞」を頂きました。
日本結晶学会からの推薦です。
これまでの共同研究者の皆様に感謝いたします。
今後はより挑戦的な研究に比重を移して頑張ります。
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β1、β2の構造決定から13年間未解明だった、β3アドレナリン受容体の構造をMolecular Cell誌に発表しました！
過活動膀胱治療薬ミラべグロンとの複合体構造です。
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脂質受容体GPR34の構造をNature Communicationsに報告しました！
色々大変だった
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人生初のCo-コレスポ論文がCommnications Biologyに掲載されました。
ETBRと逆作動薬IRL2500との複合体構造の論文です。逆作動薬活性を持つことは我々が新規に発見しました。修士のなぎりさんとの仕事です、おめでとう！
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内在性LPAより30倍親和性が高い作動薬が結合した、
リゾホスファチジン酸受容体LPA1-Giの構造を
Nat Communに発表しました！
構造決定から構造多型の解析、機能解析系の立ち上げまで、
M1の赤坂君がやりきりました！
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生物物理学会で若手講演者賞を受賞しました。
ありがたいのと同時に、このネタと今の自分では
生物物理を語ることに対する限界も感じます。
機会があればリベンジします。
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エンドセリン受容体のシグナル伝達複合体の構造をeLifeに発表しました！ この受容体研究を始めて12年越しのゴールです！
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半端な特許が企業にとって邪魔というのはわかるが、
企業とコラボして仕上げた状態にするまで
論文化不可能になるので、
結局アカデミアでやる意味は？ってなる
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Our paper showing the Gs-complexed human PAC1R is out now in
@NatureSMB
!
PAC1R can be fully activated without the extracellular domain.
Great collaboration with Assoc. Prof. Asuka Inoue!
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味覚認識に必要なATPチャネルCALHM1およびファミリー分子のクライオ電顕構造を発表しました。
色々大変でしたが、面白くまとめられたと思います。
出村さんおめでとう！
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nature なう！「Activation mechanism of endothelin ETB receptor by endothelin-1」
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今年で3回目のさきがけ面接不採用でした
(他分野に挑戦したりと、色々な事情はある)
いつか受かった時に備えて魚拓取っておこう、つらひ
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有難いことに、若手研究および新学術領域「高速分子動画」の公募研究に採択されました。
HeRのような「変わり種のロドプシン」の構造をX線やXFELを用いて解明します。
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魔改造GPCR
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AF2時代の実験構造生物学者
・Cryo-EMだと複合体、動きの解析
・X線だと2Å分解能
・XFELで高分解能で動きをみる(ただし大変)
・おれは構造をやめるぞ！ジョジョーーッ！
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Our structures of rhodopsin phosphodiesterase (Rh-PDE) are out on
@biorxivpreprint
. Rh-PDE has an extra transmembrane helix TM0 and alpha-helical linker!
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Ice tag, 久々に面白い研究と思った
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Our paper showing the structural and functional analyses of enzyme rhodopsin Rh-PDE is out now in
@NatureComms
!
8-TM rhodopsin really exists!
Great collaboration with Kandori lab, and Congratulation to Tatsuya Ikuta
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新作、エンドセリン受容体B型とfull agonistおよびpartial agonistとの複合体構造です
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My 5 years effort is crystallized in this paper! (but Cryo-EM structure)
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今の時代majorな蛋白質構造は解けているわけで、どういう視点でscienceをするのかシビアに問われていると思う。そういう意味ではどんな蛋白質にも終わりはないし、視点が異なる人には終わったように見えるだろう。
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酵素型ロドプシンの構造と機能の論文を出版しました。
C末端側に酵素ドメインが融合している、変わったロドプシンです。
7ではなく8回膜貫通型ロドプシンであることを示し、新しく見えたTM0の機能解析や、全長の高速AFM観察を行っています。
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日本結晶学会誌に学会賞受賞記事を書きました。
エンドセリン受容体構造の仕事を紹介しています。
2-3ページ目には
構造決定に至るまでの裏話をまとめてます。
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ムーンショットで若手研究者から目標公募！っていうけど、記事読んだら20チーム半年調査して、最終的に1から2つの採択って渋すぎでは。。
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論文なう「X-ray structures of endothelin ETB receptor bound to clinical antagonist bosentan and its analog」
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エンドセリンETB受容体と、エンドセリン様の蛇毒sarafotoxinとの複合体を発表しました！
今回は構造のみで短くまとめました。
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GPCRであるエンドセリンB型受容体とcalcineurin融合体と、活性阻害ペプチドであるLasso peptideとの複合体構造をBioRxivに発表しました！
久々のFirst authorです、実験頑張りました。
Lasso peptide, ほんと不思議な構造。
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Happy to share about our latest work on the cryo-EM analysis of the GPCR-calcineurin fusion (ETB receptor)!
This study is the first to show how lasso peptides act on human cell surface receptors.
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Our structure of the signaling complex of the endothelin recepto is out on elife! This is a goal we have achieved over the past 12 years since we started this receptor research!
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「多くの同時進行する計画が記されており、期間内にどこまで進めることが出来るのかが不明確でした」
というコメントが来ていて、
(自分ではできる範囲で)かなり考えて書いても詰め込みすぎと言われて減点されることもあるんだなぁというね
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Equally contributed paper is now online in biorxiv!
5 structures of CALHM proteins, including the 2.66 Å resolution structure of the killifish CALHM1,
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アスガルドアーキアという特殊な古細菌の持つ、
内向き水素イオンポンプ、シゾロドプシンの構造をPNASに発表しました。樋口君おめでとう！
細胞内側のTM6が非常に短いのが特徴的で、水素イオンを細胞内に運ぶのに重要であることがわかりました。
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Crystal structure of schizorhodopsin (SzR) is out on
@biorxivpreprint
.
SzR has been identified in Asgardarchaeota genomes and works as an inward proton pump. SzR has the shortest TM6, and we propose a working model of "untrapped inward proton release."
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母から誕生日おめでとうなるメールが来たが、
「２７歳はもう立派なおじさんです。
食事、睡眠など気を付けなければ、成人病へまっしぐらとなるでしょう。」と心を抉ってくる内容だった。
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振り返るとETBR研究も8年目で
2016 ETBR+ET-1, ETBR-apo
2017 ETBR+bosentan, ETBR+k-8794 (阻害薬)
2018 ETBR+ET-3, ETBR+IRL1620 (B型選択的作動薬)
2018 ETBR+IRL2500 (逆作動薬)
と出してきました。あとはG蛋白質との複合体ですね。
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Our structure and functional analysis of the lysophophatidyl serine receptor GPR34 is out on
@NatureComms
!
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プレスリリースはこちら
副作用の少ないアドレナリン受容体創薬に貢献できると考えています。
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GPCRが複合体へとシフトしていくように、イオンチャネルも単体で解けるのは当たり前で、いかに生理的なヘテロチャネルを解いていくかという流れになっている。
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セロトニントランスポーターSERTの電顕構造
FabとscFv付けて分子量大きくしている。つよい。
この論文が示した希望に群がり、世界で犠牲者がたくさん出そうだ。。
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