Today we publish a paper in
@ScienceMagazine
that expands nanopore readings to the proteome:
a nanopore-based scanner to read off PROTEINS at the single-molecule level! 🤩
Awesome experiments by postdoc Henry Brinkerhoff of our
#CDlab
, with MD simulations of
@aksimentievLab
1/x
Protein sequencing is a big deal and goes way beyond DNA sequencing. While we have ~20000 protein-coding genes, we have _millions_ of protein variants, mainly because of post-translational modifications that attach a side group to amino acids.
1/
Today, in a paper in Science, we resolve a long-standing heated debate on what powers the organization of the DNA in our cells:
We show by real-time movies that a single condensin protein complex extrudes loops of DNA!
Today we released a preprint
where we take a step towards the next challenge:
building a nanopore single-molecule PROTEIN sequencer! 😳
Awesome experiments by postdoc Henry Brinkerhoff of our
#CDlab
, augmented with MD simulations of
@aksimentievLab
1/x
I’m thrilled to be able to announce that we were granted a NWO Summit grant entitled ‘Evolving Life from Nonlife’ (EVOLF) with 40 million euro for a 10-year project aimed to cross the gap between non-life and life by assembling a living synthetic cell from lifeless biomolecules!
YEAHHH!!
Fantastic news:
I got awarded a 3rd ERC Advanced Grant!
This
#ERCAdG
allows us to work on SMC proteins and chromosome biophysics in the next 5 years. We will pursue a ‘genome in a box’ approach: to build a chromosome bottom up!
Super happy with this hattrick 🤩 🤩 🤩
Biophysics question:
In transcription, RNApol generates positive supercoils ahead of it and negative ones behind it
WHY?
Why doesn’t RNApol instead simply track 1 strand of the duplex, follow its helical twist along the duplex, and thus rotate without any supercoil generation?
I am stunned and truly honored that I am the recipient of the 2024 Raymond and Beverly Sackler International Prize in Biophysics - together with
@leonidmirny
and
@SchwilleLab
!
What an incredible honor to receive this prestigious prize!
#humbled
#thankful
Nice news!
It is a true honor to learn that I will be awarded the 2021 Nano Research Award ‘for significant contributions to nanoscience ranging from carbon nanotubes to nanobiology.’
I am humbled and very thankful for this great honor to me and
#CDlab
So far, most DNA-loop-extrusion data were taken on naked DNA. But what happens on chromatin in cells where DNA is loaded with many proteins? Will SMC proteins (that are fast but weak motor proteins) get blocked? Or find a way to translocate the roadblock into the extruded loop?
/
Biophysics question:
In transcription, RNApol generates positive supercoils ahead of it and negative ones behind it
WHY?
Why doesn’t RNApol instead simply track 1 strand of the duplex, follow its helical twist along the duplex, and thus rotate without any supercoil generation?
Latest
#CDlab
paper online now in
@ScienceMagazine
:
In this important hypothesis paper we sketch a possible mechanistic model for SMC motor proteins that make loops in DNA.
This is a collaborative effort of
@HaeringLab
, JM-Peters, B-Rowland,. and us
1/
De artsen wllen het plan ‘voltooid leven' van D66 niet,
patientenverenigingen ook niet,
de adviescommissie Schnabel (prominent D66 lid) adviseerde tegen,
maar Kaag/D66 per se wel,
en ze wil daarom niet regeren met CU - ondanks programmatische overeenkomsten rond urgente thema’s.
Ja, lijkt me echt het meest prangende probleem en thema om op te clashen: levensbeeindiging…
#not
Klimaat, vluchtelingen, onderwijs! Dat zijn de thema’s! Praat eens over leven!
‘D66 wil niet verder met ChristenUnie in nieuw kabinet’
Our latest paper in
@NatureNano
:
We developed a new type of single-molecule trap that can hold and study a single unlabeled protein for very long times.
Superb work by
@sciSonja
(then a postdoc in our
#CDlab
, now PI at WUR), with
@hendrik_dietz
lab
1/
Many surprises on SMC proteins in this
@Nature
#CDlab
paper: :
- DNA loops can mutually exchange size.
- Condensins can pass one another!
- to form totally new type of ‘Z-loops'
- that can fill DNA gaps
- and can form a symmetric DNA-pulling dimer motor
We now put a new
#CDlab
paper on
@biorxivpreprint
where we use our recently introduced nanopore single-protein scanning method (see here ) to detect single PTMs within single molecules:
4/
Today we publish a paper in
@ScienceMagazine
that expands nanopore readings to the proteome:
a nanopore-based scanner to read off PROTEINS at the single-molecule level! 🤩
Awesome experiments by postdoc Henry Brinkerhoff of our
#CDlab
, with MD simulations of
@aksimentievLab
1/x
Soms is er toch een succesje:
Vanmorgen werd een Afghaans gezin, ondanks sterke druk IND, NIET uitgezet door prima werk van advocaat
@wileikelboom
die liet zien dat uitzetting illegaal was en door stille druk via politici nav steunbrief van kerkleden met beroep op humaniteit
#PTL
Leuk weetje:
Vandaag is de enige dag ooit dat alle volwassenen geboren zijn in de 20ste eeuw maar
alle kinderen en jongeren in de 21ste eeuw…
Dus ~5 miljard mensen uit de 20ste eeuw, en ~2.3 miljard uit de 21ste
My lab has multiple OPENINGS for postdocs & PhD students -
for research on DNA biophysics, SMCs, NPC mimics, nanopore protein sequencing.
Talented and communicative candidates: please check this out and apply:
RT = 👍😃😍🤓🙏
Ik stem vandaag
@christenunie
, omdat CU een christelijk sociale koers vaart,
omdat CU klimaat en armoede hoog op de agenda heeft,
omdat CU lef toont,
omdat CU vele integere politici kent van het statuur van
@mirjambikker
@DonCeder
@gertjansegers
etc,
omdat CU de ander ruimte gunt
Amazing to see that
@Nature
selected our CTCF-cohesin study as there COVER story for this week's print issue of Nature!
For the content of our paper, see this thread on the online publication last week:
Today, we publish a paper in
@Nature
that describes how the DNA-binding protein CTCF regulates DNA loop formation by cohesin.
This is a collaboration with Jan-Michael Peters' lab at
@IMPvienna
, greatly led by 1st authors Iain Davidson (Vienna) &
@RomanBarth2
(CDlab at Delft)
1/
New perspective article out in
@NatureComms
:
Towards A Synthetic Cell Cycle!
By Lorenzo Olivi et al from John vanderOost lab & other
@BaSyCresearch
labs, with our
#CDlab
(Nicola De Franceschi & me)
Read all about the challenges to build a synthetic cell.
Preprint of our
#CDlab
&HaeringLab on DNA loop extrusion by SMCs
Many surprises here:
- Loops can mutually exchange size
- Condensins can pass one another!
- to form totally new type of ‘Z’ loops
- that may fill DNA gaps
Our latest paper just out on
@BioRxiv
:
These are the first-ever images of the circular chromosome taken in live bacteria – revealing unexpected domain structures.
I think this is übercool, and I am looking forward to what others think!
...voor baanbrekende bijdragen aan single-molecule biofysica, toepassing van nanotech op biologische systemen, doorbraken in DNA- en eiwit-sequencing met nanoporiën, experimentele ontdekking van DNA-lusvorming, ontwikkeling van synthetische cellen.
😳
⚡️Ukraine’s Zelensky posts a new video of himself and his team outside the presidential administration in Kyiv’s government quarter after rumors in Russian media that he’d fled. “We are here. We are in Kyiv. We are defending Ukraine.”
Blok is niet integer. Hij wil voor de publieke camera wat anders beweren dan wat hij eigenlijk zelf vindt.
C.S. Lewis schreef ooit: ' Integriteit is het goede doen terwijl niemand toekijkt.'
#Op1
was leuk om te doen. TV is wel uitdaging om te doen omdat alles echt _razendsnel_ moet in korte zinnen.
Ruimte voor serieuze inhoudelijke verdieping is er niet echt… Best lastig voor een academicus :)
I’m pretty sure that I told you about SMC complexes such as condensin and cohesin: molecular motor proteins that extrude loops in DNA, to organize and control the structure in our chromosomes. 😉
Greatly intriguing: structuring a chromosome by pulling loops and loops
-1/7
Dag begint geweldig: met nieuws dat Afghaans vluchtelingengezin waar ik mee meeleef verblijfsvergunning krijgt!!
De gehandicapte ouders kunnen nu normaler gaan wonen, 20-er meiden kunnen leven gaan opbouwen.
#PTL
Ook lof voor volhardende professionele helpers zoals
@wileikelboom
Latest
#CDlab
paper online in
@NatureComms
!
Here we show that the height of a microchamber dramatically affects in vitro Min patterns, which was key to finally understand how in vitro and in vivo patterns relate.
Superb collaboration with
@PhysOfLifeLMU
!
Today, we put 2 new
#CDlab
papers on the
@arxiv
preprint server – which both report, in different ways, on demonstrating nanoscale rotary motors that are driven by a flow through a nanopore.
1 /
“Ik vind het een enorme eer dat ik deze prijs in ontvangst mag nemen, juist omdat de studenten en promovendi mij hebben voorgedragen”
#grateful
#humbled
Baudet benoemt christendom als een religie voor losers.
Hij heeft gelijk. We mensen zijn helemaal niet altijd zo sterk, mannelijk, heldhaftige krijgers.
De andere wang toekeren, het kruis opnemen toont een andere, alternatieve, meer hoopvolle weg.
#Jezusisloseroverwinnaar
Dit is mijn eerste
#CUcongres
. Ik ben aangenaam verrast. Ik zie veel elan, een warm hart, en cultureel ook een hoopvolle cultuur met veel jongeren en een goede mix van vrouwen en mannen.
5 maanden terug, op 17 maart, waren er verkiezingen. Toch is er nog geen enkel concreet zicht op een nieuw kabinet. Ik vind dat eigenaardig en laakbaar.
Anyway, I’m pretty excited about all this. Much much more to do of course, to develop these first proof-of-principle data on protein identification into a full de novo nanopore single-molecule protein sequencer, but a very exciting development imho.
8/8
@aksimentievLab
Strikingly, we can RE-read one and the same molecule hundreds of times, which drives the read accuracy to 100% with an error rate for single amino-acid variant identification of < 1 in 10^6 on 1 peptide molecule – alleviating a major problem in nanopore sequencing!
6/x
Bluemics — reading proteins, one by one
On this sunny day, we did something I never did before: With 4 biophysicists, we formally started a company!
Name is Bluemics & aim is to sequence proteins at the single molecule level.
Start of a great adventure!
Out now in
@NatureSMB
, our paper reporting liquid-AFM images of open and collapsed states of yeast condensin and the dynamic toggling between such states:
Great job by postdoc
@JeKyungRyu1
from our
#CDlab
in a collaboration with the Haering lab at EMBL.
Now online in
@NaturePhysics
:
our
#CDlab
paper on a nanoscale rotary machine that we built, a simple DNA bundle that self-organizes into a rotor that autonomously rotates at 10 Hz, as driven by a flow through a nanopore. 🤩
See
De Heer is echt opgestaan!
Al 2 millennia lang groeten christenen elkaar zo op paasmorgen.
Vandaag is Pasen! Het grootste feest!
Jezus was dood maar kwam tot leven.
Teken van overwinning.
Teken van leven na dit leven.
Teken van hoop.
Ik wens iedereen een prachtig pasen!
New
#CDlab
paper online at
@biorxivpreprint
:
Here
@MembraneMachine
shows that the protein Dynamin A can act as division machine to split a dumbbell-shaped liposome into two daughter vesicles!
1/
Dit gaat alle perken te buiten. Kijk en huiver. Dit is Groningen 2024, niet 1941.
Terwijl in het Catshuis werd overlegd over
#antisemitisme
, ontzegt in
#Groningen
een joelende menigte ‘studenten’ de toegang aan een
#Joodse
student. Wij willen geen ‘zionisten hier’ roept de
Exciting finding:
The cohesin SMC complex is not only a DNA-loop extruder but can also induce phase separation!
Now at
@biorxivpreprint
:
Check out this major surprise! Great work of postdoc
@JeKyungRyu1
at
#CDlab
together with
#Uhlmann
&
@Dmichiel1
labs.
Latest
#CDlab
paper now in
@NatureNano
:
Here 1st author
@MembraneMachine
showed that the protein Dynamin A can act as (single-component!) division machine to split a dumbbell-shaped liposome into two daughter vesicles!
Oud&nieuw2019: 4 doden, 100den gewonden, blindheid, littekens, oog, vingers of hand kwijt, materiële schade…
We veroordelen terecht de vrije verkoop van wapens in de VS omdat dat voorspelbaar tot vele doden leidt. Maar dit dan?
Tijd om de vrije verkoop van vuurwerk te stoppen!
Just released: Our latest
#CDlab
paper in
@Nature
!
“DNA-loop extruding condensin complexes can traverse one another”
We’re proud on this cool discovery of a new type of DNA loops (Z loops) by postdoc
@eugene_kim__
, in this collaboration with
#HaeringLab
wow wow, wat een lovende ★★★★★recensie van OER in
@Trouw
!
Briljant, helder uitgelegd, humor, intelligente toespelingen, creativiteit, het kan niet op. Het jaar is niet om, maar ‘Oer’ zou zomaar het beste theologische boek van het jaar kunnen worden..
Het haalt weinig headlines:
In de afgelopen kerstdagen werden weer 200 mensen afgeslacht in Nigeria. In de afgelopen 20 jaar werden 50.000 christenen vermoord door jihadisten in Nigeria.
Hamas like organization has kiIIed atleast 198 innocent people mainly Christians in over 20 villages on Christmas Eve in Nigeria.
It was the bIoodiest vioIence since 2018 when more than 200 people were kiIIed.
More than 50,000 Christians have been kiIIed in the Nigeria over
My lab is willing to help fight corona, e.g. with ML2 PCR tests for SARS-CoV-2.
What Dutch virology or medical lab can advise whether that makes any sense, given that our biophysics/nanobiology lab is not licensed for such tests
Other suggestions where we can help also welcome!
Proud to see our latest paper online in
@NatureComms
now:
In this paper we managed to visualise the circular chromosome of E coli bacteria, revealing its interesting internal dynamic structures.
Great work by
@fabaiwu
and Sandro Japaridze in our
#CDlab
@andriesgknevel
Ik weet het niet Andries…
Wat is liegen?
Rutte’s uitspraken klinken mij te veel als Bill Clinton’s ‘I did not have a sexual relation with that woman’ - waarbij hij zijn eigen definitie van zo’n relatie hanteerde.
Prof.
@marthewalvoort
issued some sharp and interesting scientific questions to the new young doctor.
But she is mother too, which created a funny intermezzo when she comforted her baby during the most formal part of the ceremony - while being unmuted 😃
Happy new year!!
Ik wens iedereen voor 2021 meer openheid, minder lockdowns, meer avontuur, langere lontjes, meer menselijkheid, meer gezondheid, meer geloof, hoop en liefde – bless you!
Wat een prachtig dankwoord van Femke Halsema waarin ze uitgebreid de woorden van Jezus citeert.
En wat een prachtig compliment vor
@DonCeder
, nu kamerlid voor de
@christenunie
Vandaag heeft
@DonCeder
afscheid genomen van de gemeenteraad. Burgemeester Halsema sprak hem toe met de woorden van Jezus uit Mattheüs 25 waar Don zijn werk in de raad mee begon.
"Want Ik had honger en u hebt Mij te eten gegeven; Ik had dorst en u hebt Mij te drinken gegeven."
WANTED - a PhD student to build microfluidic circuitry for mimicking the life cycle of a synthetic cell.
Joint project of
#CDlab
with
@gijsjekoenderi1
lab and the
@BaSyCresearch
consortium.
Feel free to apply for this exciting position!
RT = nice
Leuk nieuws: de verkoop van OER gaat zó hard dat er nu al een 4de (!) druk in aantocht is.
Tevens heeft de uitgever nu besloten dat er ook een e-book versie komt.
Tof!
Leuk nieuw thuisprojectje gedaan:
Een ‘memory lane’ gemaakt: onze lange hal behangen met foto’s uit het verleden, ~1 foto per reis die mn lief en ik samen maakten. Alles bij elkaar bijna 90 foto’s, elk met een eigen herinnering en verhaal.
#coronatijd
#waardevol
#teveelgavefotos
It's great to see the enthusiasm about our paper on DNA loop extrusion by condensin. Please note that this cool result emerged from crucial teamwork between the Haering lab and my lab, a close scientific collaboration where we jointly did what neither of us could have done alone.
Our latest preprint:
Here,
@LWuerthner
& Fridtjof Brauns from
@PhysOfLifeLMU
develop a model for multiscale patterns in spatially heterogeneous geometries. And Greg Pawlik from our
#CDlab
confirmed this with experiments on Min protein patterns in a wedge
>1000 Israeli’s killed
Children burned alive
Families shot
Baby’s beheaded
Women raped and disgraced
I can’t find words for the absolutely horrific and inhumanely cruel massacre by the Hamas terrorists on innocent Israeli citizens.
#PrayforIsrael
#Prayforwisdomandjustice
This was the last photo taken of Liron.
A trained paramedic, she stayed to help the people wounded by Hamas. Her father begged her to leave, but she chose to stay and save lives. Hamas found her and shot her.
These are our angels. May Liron’s memory be a blessing 🕯️
Op 1 mei 1006 verscheen een zeer heldere ster aan de hemel: supernova SN1006. Nu, 1013 jaar later, is dat een gaswolk met een doorsnede van 60 lichtjaar (570.000.000.000.000km!), met een grote schoonheid zoals te zien in bijgaand
#beeldvandedag
Our department of Bionanoscience at
@tudelft
is gathering mouthcaps and gloves from our stocks to donate them to the
@LUMC
and
@ErasmusMC
hospitals, where they need them for treatment of corona patients.
Other labs are invited to join!