📌
تحت هذه التغريدة سوف أضع روابط لتغريداتي السابقة التي تخص علم البكتيريا والهندسة الوراثيه والجينوم، بحيث تُسهل على الجميع الوصول إليها…
:
أسال الله التوفيق لي ولكم
انتقلت صاحبة هذا الحساب ليلي اللهيبي إلى رحمة الله، اللهمّ أنزلها منازل الصدّيقين، والشّهداء، والصّالحين، وحسُن أولئك رفيقاً.
اللهم اجعل ما قامت به من نشر للعلم والمعرفه في هذا الحساب، صدقة جارية وشفيعاً لها إلى قيام الساعة، كل ما أرجوه منكم هو أن تدعوا لها بالرحمة والمغفره.
شعور لا يوصف عندما نعتاد على تكبير الله في كل الأحوال،نكبر لله حينما نخوض في صراعات الحياة و نقيم حينها حوارات بيننا و بينه ونستشعره في كل كبيرة وصغيرة،نكبر الله حينما نخطئ ونعود اليه راجين منه عفوه و محبته فهو قريب منا و هو أكبر.الحمد لله على التبصر في حب الله و تكبيره في قلوبنا
🔴 جهاز الطرد المركزي(centrifuge ) هو جهاز يستخدم لفصل مكونات الخليط على أساس الحجم، الكثافة، لزوجة الوسط وسرعة الدوار.
:
✨هُنا مراجعة سريعة لأنواعه المختلفة 👇🏻
SDS-PAGE تقنية لفصل البروتين على أساس الوزن الجزيئي ، بينما western blot للكشف عن البروتين المهم باستخدام أجسام مضادة محددة.
هُنا راح أتكلم عن SDS-PAGE بشكل يساعد على الحصول على نتيجة ناجحة باذن الله✨👍🏻
من أساسيات عمل المختبر هو معرفة تحضير بعض المركبات الكميائية بطريقة صحيحة، هنا موقع جدًا جميل يساعد بطريقة سهلة وسريعة في معرفة Mass, concentration and volume 👍🏻✨
بعد عملية PCR لغرض amplification of your desires gene،
ظهرت عندك النتيجة على شكل ظهور أكثر من باند (bands)…! مما يعني بأن النتيجة غير دقيقه👎🏻
هُنا راح أذكر أحد التقنيات المستخدمة مع ذكر بعض النقاط التي تخص هذه التقنية في سبيل الحصول على نتيجة أكثر دقة 👌🏻باذن الله ✨
التلوث هو العدو الاقوى الذي يتعرض نجاح التجارب العملية في المختبرات الطبية.
هُنا إضاءة بسيطه على بعض الامور الغير متداوله بشكل كبير (أمثلة) والتي تساعد في تفادي حصول هذا التلوث أثناء عمل التجربة✨
📚في هذه السلسلة من التغريدات راح تكون تجميع لأغلب الكتب و التي سبق وأن غردت بها👍🏻 لتسهيل الوصول لها✨
📍 Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA
4th Edition
كتاب👇🏻
Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA
4th Edition
📍يركز على أساسيات التكنولوجيا الحيوية بشكل عام، سهل وبسيط👍🏻✨
📍PDF👇🏻
عملية إستخلاص DNA لها أهمية أولية وأساسية لدراسة الأسباب الوراثية للمرض ولتطوير طرق تشخيصه وعلاجه. كما أنها ضرورية في التسلسل الجيني والكشف عن البكتيريا والفيروسات وعلاجها.
هُنا راح أتكلم عن بعض النقاط التي تساعد باْذن الله في نجاح إستخلاص BACTERIAL DNA👍🏻✨
كتاب👇🏻
Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA
4th Edition
📍يركز على أساسيات التكنولوجيا الحيوية بشكل عام، سهل وبسيط👍🏻✨
📍PDF👇🏻
اذا كان لديك تسلسل حمض نووي ( DNA sequence )، ماهي العمليات التحليلية التي تستطيع القيام بها؟!
:
هذه التغريدة تحتوي على اكثر العمليات شيوعًا في إستخدام تسلسل الحمض النووي ( DNA sequence )
بيئة العمل هي أكثر مكان ممكن نقضي فيه وقتنا، لذلك نحن ملزمون او حتى مجبرين في مواضع اخرى بأن نتعامل مع الأشخاص المتواجدين في هذه البيئة. ولكن بشرط بأن لا نشعر أننا نستنزف او نهدر من وقتنا و طاقتنا من خلال تعاملنا او تواجدنا.
لذلك هنا👇🏻نقاط كنت احرص عليها شخصيًا وهي كالتالي
Western blot
تقنية مستخدمة في الكشف عن البروتينات. قد يحصل في أثناء إجراء التجربة التعرض لمشاكل عده منها: (1) ظهور (bands) باند غير عادية أو غير متوقعة ،(2) لا وجود للباند ،(3) باند باهت أو ضعيف، (4) خلفية ملطخه و (5) باند وبقع غير منتظمة أو غير متساوية👇🏻
كتاب MOLECULAR CELL BIOLOGY
؛
📍Book by Harvey Lodish, Arnold Berk and Paul Matsudaira
:
✨يبدأ من أساسيات الكيمياء والبروتين ، وينتهي بوصف جزيئي واضح جدًا لدورات الخلايا والسرطان.
:
PDF 👇🏻
كيف تصنع أطباق بيئات زراعية بكتيرية مثالية في كل مرة👌🏻✨
يعد صنع الإطباق الزراعية، إجراءً بسيطًا في علم الاحياء الدقيقة. ولكن هناك بعض النقاط المهمة و التي قد تؤثر على الزراعة وبالتالي تؤثر على النتائج. لذلك هنا👇🏻ثريد عن أهم النقاط في سبيل الحصول على أطباق مثالية.
سلم الحمض النووي ( DNA ladder ) هو محلول من جزيئات الحمض النووي ذات الأطوال المختلفة المستخدمة في agarose or acrylamide gel electrophoresis. والذي يُستخدم كمرجع لتقدير حجم جزيئات الحمض النووي غير المعروفة و المفصولة على أساس حركتها في المجال الكهربائي.
📍ثريد عن DNA ladder
بما ان من جدول اليوم أطلب بعض primers، حبيت أشارككم هنا طريقة تصميم primers عبر برنامج snapGene الذي سبق وأن ذكرته لكم👌🏻.الطريقة مبسطه عبر فيديو قصير👇🏻بالتوفيق✨
Plasmid Isolation
عملية عزل البلازميد تُعتبر من العمليات المهمة والتي تلعب دور مهم في نجاح كثير من التجارب، سواءcloning، DNA Seq ، gene therapy و غيرها.
حيث أن عملية العزل هذه تحتاج لدرجة عالية من نقاوة البلازميد المراد إستخلاصه.
:
هنا بعض النقاط المهمة في عملية عزل البلازميد
SDS-PAGE Electrophoresis📍
سبق وأن تحدثت في تغريدة سابقة عن النقاط المهمة والتي تلعب دور كبير في الحصول على نتيجة ناجحة باذن الله منذ بداية تحضير الجل الى تشغيل الجهاز.
💡هنا راح أُضئ على بعض النقاط المهمة ايضاً ولكن التي تخص مرحلة تشغيل جهاز electrophoresis وبعده👌🏻
"لا تسخر من أي شئ ولا تقلل من قيمة أي شي إطلاقًا. لأن كل شئ يمثل "قيمة" لشخص ما، ولا تكن متجاهلًا لظروفهم ومشاعرهم وأذواقهم ومستوى فهمهم ومستهزئًا ومستخفًّا بعاداتهم، تقاليدهم، توجهاتهم واهتماماتهم. المطلب هنا هو التفهم النابع من النظر إلى "الآخر" نظرة إحترام، تفهم، تراحم ولطف"
هذا الكتاب أنا أعتبره كنز عظيم، التقنيات مكتوبة بطريقة بسيطه، دقيقة ومختصره مع شرح مبسط. للمهتمين خاصه في
-Genetic code, gene expression, etc
-cloning
-In vitro Mutagenesis
-Isolation techniques for cloned genes
الحمد لله حتى يبلغ الحمد منتهاه.
بفضل من الله تم نشر ورقة علمية للمرحومة د.ليلى اللهيبي، كانت جزء من بحثها في الدكتوراة.
بعنوان:
"Heterogeneous glycosylation and methylation of the Aeromonas caviae flagellin"
تُستخدم تقنية الهندسة الوراثية في الألف من المختبرات حول العالم.
هُنا راح أذكر بعض المعلومات العملية باذن الله التي تساعد في نجاح عملية استنساخ جزء من الحمض النووي، عن طريق ذكر بعض النقاط التي ساعدتني من خلال تجربتي الشخصية في نجاح هذه العملية 👍🏻👌🏻
#Genetics
#علوم
TRIzol Reagentهو أحد الكواشف الجاهزه التي تُستخدم لعزل RNA
من الخلايا والأنسجة. حيث يعمل من خلال الحفاظ على سلامة الحمض
أثناء تجانسه مع الأنسجة ، و في نفس الوقت يكسر الخلايا ومكونات الخلية.
هنا راح أذكر بعض النقاط التي تساعد في نجاح عزل RNA باذن الله ✨
يلعب الناقل دور مهم جداً في عملية الاستنساخ الجزيئي وتقنية الهندسة الوراثيه، plasmid هو جزيء DNA يستخدم كوسيلة لنقل المواد الوراثية الخارجية إلى خلية أخرى.هنا راح أتكلم عن البلازميد بشكل يساعد على فهم أعمق لعملية الاستنساخ الجزيئي مما يساعد باذن الله على نجاح هذه العملية👍🏻
شغل اليوم 🙏🏻
Automated protein purification
تنقية البروتين بشكل آلي عن طريق إستخدام ÄKTA system 👌🏻
:
للمهتمين بمثل هذا النوع من التقنية، هذا الرابط يفيد باذن الله👇🏻✨
protect microorganism preservation system
من التقنيات البسيطة جداً التي ممكن أن تُعمل في مختبر المايكرو للحفاظ على الكائنات الحية الدقيقة المهمة بدلاً من الزراعة الفرعية المتكررة✨
:
يتبع
هل تعرف ماهو promoter،
Shine Delgarno sequence،
ribosomal binding site،
multiple cloning site، البلازميد، expression vector؟
:
و إذا لم تكن تعرف، أو ترغب فقط في تحسين هذا النوع من المعلومات، تابع سلسلة التغريدات هذه✨
أعترف بأني أُحب جداً🙏🏻 وقت وصولي لمرحلة الشغف هذه في الاكتشاف لبعض الأبحاث ومرحلة فضول عاليه جداً لمعرفة الاجابات المثبتة و الجاهزة لبعض التجارب المعلبه😉، واللي بتخليني أجلس لهذا الوقت في المعمل من يوم الجمعه✨😍
:
من المشاكل التي نواجهها بكثرة أثناء عمل التجارب المختلفة، وهو بأن يكون تركيز العينات المستخدمة ضعيف او قليل سواء مثل عينات DNA، بروتين وغيرها من عينات مختلفة، جهاز Vacuum Concentrators👇🏻 أحد الخيارات المساعدة جداً في زيادة تركيز هذه العينات 👍🏻✨
Docking Molecular
هي تقنية molecular modeling تُستخدم للتنبؤ بكيفية تفاعل وتوافق البروتين (الإنزيم) مع الجزيئات الصغيرة (الروابط).
:
🔸سلسلة التغريدات هذه تحتوي على بعض الخوادم المختلفة عبر الإنترنت والتي تساعد في معرفة توافق البروتينات معاً.
اليوم يوم 31 August يعتبر Summer bank holiday في بريطانيا، وفرصة للي عندهم شغل في المعمل أنه يشتغلوه في هدوء تام 😅😁🙏🏻
:
بس سؤال حقيقي جميل👇🏻
Are you intellectual or educated🤔
📍 Guide for Analysing and Interpreting Gel Electrophoresis Results
📍مرفق دليل لتحليل وتفسير نتائج Gel Electrophoresis
👍🏻 مفيد جدا بحيث يعطي امثلة بالصور على النتائج المختلفة للجل مع أقتراحات وحلول لكل نتيجة
:
🔴 Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE)
:
🔺تقنية تُستخدم لفصل جزيئات
deoxyribnucleic acid (DNA)
الكبيرة.
🔺من خلال المجال الكهربائي على الجل بحيث يتم تغيير الاتجاه بشكل دوري.
:
📍هنا ثريد عن تقنية PFGE
🔴نقطة إضافية (فيما يخص SDS و western blot)
-في حال كان الهدف هو قياس تركيز وكمية البروتين في العينة يُعمل لها BCA protein assay
او Bradford بدلًا عن الـ SDS ومن ثم إذا احتاجت العمليه نكملها بـ Western blot
-BCA يعتبر أكثر حساسية من Bradford
اذا كنت مهتم
-Protein and the enzyme purification
-How to make an extract
-Separation by different techniques
-protein crystallization
هذا الكتاب جيد✨
protein purification principles and practice .
من احسانك لنفسك بأن تحتفظ بجميع مفاتيح مشاعرك لك أنت فقط. لا تجعلها متداولة بين أيدي الاخرين ومبنية على ظروفهم وآرائهم. لإن حينها لن تستطيع بأن تشعر بالفرح او حتى الحزن إلا من خلال تقييمهم لك. فلا تفرح إلا حين يُقال لك كلام مفرح و تحزن لان الاخر ازعجك!
احسانك لنفسك حق عليك.
تُعد عملية محاذاة التسلسل
(sequence alignment )
طريقة لترتيب تسلسلات
DNA, RNA & proteins
لتحديد مناطق التشابه التي قد تكون نتيجة تشابه وظيفية أو هيكلية أو لأهداف تطورية بين التسلسلات.هناك برامج عديدة يمكن إستخدامها في عمليه المحاذاة هذه و من المفضلة عندي Clustal✨👍🏻
SDS-PAGE تقنية لفصل البروتين على أساس الوزن الجزيئي ، بينما western blot للكشف عن البروتين المهم باستخدام أجسام مضادة محددة.
هُنا راح أتكلم عن SDS-PAGE بشكل يساعد على الحصول على نتيجة ناجحة باذن الله✨👍🏻
Implen NanoPhotometer
جهاز يؤدي نفس وظائف
Thermo Scientific NanoDrop و الذي سبق وأن ذكرته✨ويُعتبر بديل أفضل👍🏻
نستطيع من خلاله قياس تركيز كلاً من:
DNA, RNA and protein
:
يتبع
Cowan and Steel's Manual يعتبر له دور مهم جداً في مختبر الاحياء الدقيقة الطبية وبشكل خاص البكتيريا لسنوات كثيرة.
الكتاب الذي في الصور هو First Edition, وتم بعد كذا تحديث هذه النسخة بشكل مُنقح ومُفصل في إصداراته الثانية والثالثة.
:
يتبع
بعد تجهيز عينة PCR 👇🏻سيناريو قد يتكرر كثيراً وهو عند إكمال التجربة و إجراء (gel electrophoresis) وبدلاً من اكتشاف الباند (band) الذي نريده، لا نرى شيئًا او قد نرى أكثر من باند…!
هُنا راح أتكلم على بعض النقاط التي تساعد باذن الله في تفادى حدوث هذه المشكلة👍🏻
نسخ DNA بإستخدامPCR.الجهه اليسرى توضح المركبات التي تُخلط داخل الPCR. الجهه اليمنى توضح سير تفاعل الPCR.١- التسخين ٩٥ درجه لفصل الDNA.٢- التبريد لدرجة ٥٥ لكي نسمح لك بادئ Primer بالالتصاق بواحد DNA ونسخه.٣- معاودة رفع الحراره الى ٧٢ ليصنع البادئ واحد DNA جديد.وهكذا تتكرر العمليه
Over expression of protein in bacteria:
بيكون عن طريق:
1- recombinant vectors
2- T7 control
3- IPTG induction
ويكون الغرض من هذه التقنية هو الحصول
protein overexpressed
( recombinant protein over expression in bacteria)
:
يتبع
The Eagle effect او تأثير إيچل
وهو تأثير مناقض لمضاد للبنسلين مما يكون نطاقين من الحساسية للمضاد ويحدث ذلك احياناً لاختلاف تركيز جرعة المضاد في اختب��ر الحساسية لبكتيريا بها نسبة ممانعه له
سمي بضاهرة إيچل نسبة لمكتشفه د.هاري إيچل عالم الامراض الامريكي .
📌في البكتيريا ، الجين الذي أثبت أنه يحتوي على أكثر المعلومات المفيدة التي تفيد في عملية دراسة
🔺gene expression
🔺أو كأداة لتحديد البكتيريا على مستوى الأنواع والمساعدة في التمييز بين الأنواع البكتيرية
هو
◀️ 16S rRNA
:
يتبع
اخيراً هذه تجربة مهما كانت قصتها غيرت فينا للأفضل وأضافت لنا، و "أخلاقهم لهم فإن أساؤوا فتلك صحائفهم و أخلاقك لك فإن أحسنت، أحسنت في صحيفتك. فعاملهم بما تحب أن تراه يوم القيامة لا بما يستحقون في الدنيا"
شارك رسالتك هنا 👇🏻
فيديو يشرح أحد الحلول البديلة عن إستخدام الثلج العادي أثناء عمل التجارب. حيث بهذه الطريقة المذكورة يمكن تفادى التلوث، ذوبان الثلج الذي يؤثر بشكل سلبي على جودة العينات👇🏻👌🏻
:
Video by Corning life Sciences
Crystallization
أو التبلور هي تقنية استخدمت منذ فترة طويلة في تنقية المواد سواء أملاح او بروتينات أو غيرها. تبدأ عند وضع مادة صلبة (مركب واحد) في سائل ، ثم تذوب. و عند إضافة المزيد من المادة الصلبة ، يتم الوصول في النهاية إلى نقطة التبلور.
:
💠يتبع
Galaxy Europe
عبارة عن منصة مفتوحة لإجراء أبحاث بيولوجية حسابية، سهلة الوصول إليها.
كما أنها تحتوى على أغلب أدوات تحليل البيانات التي تخص الـ bioinformatics👌🏻✨
تُستخدم تقنية الهندسة الوراثية في الألف من المختبرات حول العالم.
هُنا راح أذكر بعض المعلومات العملية باذن الله التي تساعد في نجاح عملية استنساخ جزء من الحمض النووي، عن طريق ذكر بعض النقاط التي ساعدتني من خلال تجربتي الشخصية في نجاح هذه العملية 👍🏻👌🏻
#Genetics
#علوم
هنا👇🏻 عدد من برامج تحليل التسلسل المجانية التي يمكنك تنزيلها واستخدامها. يعمل البعض منها على أجهزة Mac ، والبعض الآخر على أجهزة الكمبيوتر ، والبعض الآخر يعمل على الاثنين.
🔸
:
🔸
Gene Expression
🔸Coding and noncoding regions of DNA are transcribed into mRNA.
🔸Some regions are removed (introns)
🔸The remaining exons are spliced, and the spliced mRNA is prepared for export out of the nucleus
🔸In the cytoplasm,the mRNA can be used to construct a protein