Ulrich Elling
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@ulielling.bsky.social Genetics, CRISPR, stem cells, Covid-19 testing and sequencing. | Private Twitter Account reflecting my thoughts.
Wien, Österreich
Joined May 2015
Johannesburg (Gauteng, Südafrika) erlebt derzeit einen sprunghaften Anstieg an Covid-19. Von November sind aus dieser Region erst sieben Mutationsanalysen öffentlich. Alle scheinen eine völlig neue Variante von SARS-CoV2 zu sein mit über 30 (!!!) Mutationen in Spike!
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Wer würde sich heuer mit Influenza anstecken, um nächstes Jahr einen milderen Verlauf zu haben? Immunität ist reversibel. Erkrankung ist kein Ziel sondern ein Risiko, individuell und gesellschaftlich. Infektionen sind niemals vorteilhaft und damit bestmöglich zu verhindern.
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Looking like with the latest turn of direction the virus has managed to escape our immune system efficiently yet again. There is an unprecedented number of highly diverged variants coming up and two brand-new studies shed light on this concerning situation. Amazing work!.1/
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Another sublineage of great concern is expanding in India and has also made landfall in the US and Europe (Austria): BJ.1. Numbers are still very low, but the newly acquired mutations are really a nasty combination in critical places. 1/7
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BA.2.75 Maybe the new lineage to worry about? I don’t like the observed mutations. Before we are done with the BA.5 wave we might already have to prepare for the next. Let’s take a closer look. 1/
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Wir steuern auf eine der höchsten Covid-Wellen jemals zu. Mit Ende der Rhino-Interferenz und Beginn der Kälte lange erwartet. Noch nicht von Pirola/JN.1 verursacht, wird aber auch kommen. Wir erwarten keine überfüllten Intensivstationen, aber sonst das Übliche. 1/2
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Wir stehen mit #Omicron kurz vor einem Rekord an erkrankten MENSCHEN und eventuell wieder überfüllten Krankenhäusern und den überforderten PFLEGERN und ÄRZTEN. Und worüber macht man sich Sorgen? Dass der WIRTSCHAFT die ARBEITSKRÄFTE fehlen. ? Wo bleibt die Mitmenschlichkeit ?.
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Die Effizienz der Maske ist eine KONSTANTE physikalische Größe. Aber der Einfluss der Maske auf das pandemische Geschehen nimmt aufgrund reduzierten Einsatzes leider ab.
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Um jegliche Zweideutigkeit auszuschließen: ich bin GEGEN die Aufhebung der Quarantäne. Lösen wir den Personalmangel im Gesundheitswesen, Schulen, und anderswo nachhaltig. Akzeptieren wir, daß dieser endemische Zustand so nicht tragbar ist. Hört noch jemand zu?.
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"Ich sehe meine Rechte nicht beschränkt oder bedroht. Ich sehe mich bedroht durch Rechte und Beschränkte. Lieber glaube ich Wissenschaftlern, die sich auch mal irren als Irren, die glauben sie seien Wissenschaftler.". Fabian Eisenring.
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Wer sich heute ansteckt, ist in einer Woche in der Statistik. Zwei Wochen später eventuell auf Intensiv, dort für mehrere Wochen. Die jetzige Überlastung ergibt sich daraus, dass wir vor 3 Wochen 3000 Fälle am Tag hatten. Sehenden Auges in die humanitäre Katastrophe! 😭.(1/6).
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Selber Trend in mehreren Europäischen Ländern soweit Daten vorhanden. Wäre jetzt halt klug i) frisch geimpft zu sein ii) Maske zu tragen iii) Rücksicht zu nehmen. Zur Erinnerung: Für Geimpfte gab es de facto keine Erstinfektion. Nein, Corona ist kein Schnupfen. 2/2.
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Der einzige Schul-PCR-Test meiner Kinder von letzter Woche ist immer noch nicht ausgewertet, auch der 2. Test wartet schon. Wer hat diese Labore eigentlich validiert bevor sie den Auftrag bekommen haben?. Sichere Schule?? #WirStreiken weil Schule nicht wurscht ist!.
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Die Entscheidung in Niederösterreich die Covid-Impfkampagne einzustellen wird bei den Vulnerablen, wo Impfung wichtig bleibt, unnötig Tote fordern. Fakt. Alternative fact: aber der Populismus und Machthunger fordert eben auch Opfer. 🤬.
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#Omicron BA.2 ist in vielerlei Hinsicht wohl „schlimmer“ als BA.1! .Und diese Variante breitet sich weltweit, auch hierzulande, aus. Eine beeindruckende Studie aus Japan liefert dazu detaillierte Labordaten. (1/11).
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„Was ist eigentlich noch normal? Darf man noch normal sagen?“ Karl Nehammer. Das ist jedenfalls nicht normal.
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Zumindest im öffentlichen Verkehr, wo Menschen oft keinen Abstand halten können, halte ich die Maske weiterhin für unabdingbar. Klare Linie! Ausserdem werden die Zahlen in nicht zu naher Zukunft wieder steigen. Erinnert mich an den Rohrkrepierer "Freedom Day" Anfang März.
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Die Akutphase der Corona-Welle hat laut Abwasserdaten voll begonnen. Erwartungsgemäss dieses Jahr früher als letztes Jahr. (Letzte Welle lange her und Zahlen waren schon längere Zeit deutlich über Vorjahresniveau.).1/
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Ich kann bestätigen was Nikolaus Forgo hier berichtet. Persönliche Recherchen haben ergeben, dass Paxlovid in Österreich vergriffen ist weil es national nicht rechtzeitig bestellt wurde. Fehlendes Paxlovid und fehlende Kommunikation wird Leben kosten! 1/.
#dasprivateistpolitisch.Um an diese (ärztlich verschriebene) Packung #paxlovid zu gelangen, habe ich gerade in 29 Wiener Apotheken erfolglos angerufen, weil es NICHT LIEFERBAR sei. Die 30. hatte noch eine Packung. In einer #covid19-Welle. Was machen Menschen ohne Angehörige?
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The immune escape really appears to be shockingly efficient, new highly mutated variants appear almost every week, and there is no reason to believe that the process will end. 9/
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Thank you for your attention and again: Congratulations and thank you to all researchers and the international research community involved in variant tracking, analysis, discussion, and interpretation.👏🏼👏🏼👏🏼🙏🏼.14/.
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Currently there is a trend towards convergent evolution in SARS-CoV-2. But is that the whole picture? All roads to Rome and that’s it? Or where do we go from here?. My 2 cents in an illustrated 😊 thread…. 1/
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Der Effekt der Drittimpfung in Israel wurde gerade publiziert: .
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The comparison to Delta makes it even more obvious, that we are dealing with a new spike protein in Omicron. From faster spread through asymptomatic disease to more severe outcomes everything seems possible at this point. Thanks for sharing, @EricTopol
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BA.1 Impfstoff liegt auf Halde, Zulassungsstudien für BA.5 haben noch nicht einmal begonnen. Keine lmpfkampagne weit und breit. Der Herbst beginnt oft im September.
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So what do we do? Start a new primary vaccination round with the highly diverted and convergent variants? One thing appears certain: SARS-CoV-2 is still able to outrace us again and again. 13/.
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This package of mutations makes further significant immune evasion highly likely. One can only hope it comes at significant cost for the virus regarding infectivity. Let's keep a close look at this potential concern, for that continuous sequencing surveillance is pivotal. 7/7.
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Wie kann man eigentlich eine Pferdewurmkur als probates Mittel gegen Corona angepriesen haben, und jetzt ständig auf Fehlern anderer herumreiten?. Die FPÖ war es die soziale Unruhe geschürt hat, aber gar nichts gelöst hat!.
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The Austrian Covid Sewage dashboards have been updated. We continue to dwarf the waves we have seen before. Here is the national signal, sewage in blue, individual tests in orange. 1/.
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PPPS: bevor man sich wieder überrascht gibt: die erste Omicron Welle traf eine Bevölkerung die frisch 3 mal geimpft war oder Delta genesen. Jetzt war lange Ruhe. Auch beim impfen. (Dabei passt die Impfung gut auf die aktuellen Varianten.) .Also bitte nicht wundern!.
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Aufarbeitung der Covid-Pandemie tut dringlich Not. Es gilt über alle (!) strukturellen und individuellen Fehler zu sprechen. Die Pandemie ist gesamtgesellschaftliche Verantwortung. Aufarbeitung bedarf also auch, dass dafür Verantwortliche folgende Fehler einzugestehen:.
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Ein Bildungsminister und ehemaliger Unirektor setzt sich GEGEN die Erhöhung der Universitätsbudgets ein. Heute ist Faschingsanfang.
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Ja, die Omicron-Verläufe in Südafrika sind milder. Weil es dort jetzt zu Infektionen in immunisierten Personen kommt. Für immun-naive gibt es derzeit keinen Grund anzunehmen, dass #omicron milder verläuft. IMPFEN, BOOSTEN, es gibt nur noch wenige Tage Zeit.
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But what we observe now is that SARS-CoV-2 has gone through so many iterative rounds of escape, that we are running out of antibodies neutralizing current variants like BA.2.75.*, BJ.1, BQ.1.1, BA.2.3.20, and many others. 7/
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@trvrb Die Daten für BA.4/5 werden immer klarer. Es läuft bei uns wahrscheinlich auf eine Welle im Juli raus. Soviel zu 3 Monaten Maskenpause. .
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Weitere Fälle von B.1.1.529 (Nu?) in Botswana und Hongkong. Es ist wie Februar 2020: Wir stehen vor einer neuen Pandemie. Noch wissen wir zu wenig, aber alles was wir wissen, ist sehr besorgniserregend. Wenn handeln, dann JETZT und ENTSCHLOSSEN! . 🤔Haben wir gelernt?.
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Dauerhaft werden wir uns nicht vor SARS-CoV-2 verstecken können. Irgendwann muss sich der Umgang damit normalisieren. Der Übergang in die Endemie. Ist jetzt mit #Omicron der richtige Zeitpunkt? Sind wir vorbereitet? Was sind die bekannten Wissenslücken? (🧵 1/9)
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Warum poche ich bei #Omicron so auf Transparenz in der Information? Weil der Staat alleine es nicht richten kann! Die allermeisten Infektionen geschehen dort, wo der Staat kaum Einfluss hat. Mitdenken/helfen muss jedeR selbst! Bei Omicron gibt es dazu wichtige Änderungen. (🧵1/5).
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Omicron BA.2 ist noch nicht vorbei und schon kommt das Nächste. >> INFLUENZA A H3N2 <<. In Dänemark schon Rekordzahlen, Influenza-Impfung wirkt nicht. Der Saisoneffekt wir hoffentlich helfen, dann kommt es halt im Herbst. I mog nimmer! 🙈.
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In one study, Ben Murrell and colleagues show five-fold escape from serum neutralization by BA.2.75.2 in pseudovirus assay. 2/.
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1)Die Impfung schlecht geredet zu haben, die nachweislich Millionen Menschen gerettet hat und sehr sehr viel weniger Menschen geschadet hat. Damit wurden gerade in der unnötigen Delta-Welle viele Tote verschuldet.
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But these new variants will likely dominate in winter. And if they indeed escape the subset of antibodies selected after WT vaccination and Omicron breakthrough, then also our new vaccines are in question, too. 12/.
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Niemand würde mit Tempo 200 in eine Nebelbank fahren. Die Unsicherheiten um #Omicron bedeuten verminderte Sicht. Die Kurve ist steil, man droht also außerdem ins Schleudern zu geraten. Deshalb: Tempo rechtzeitig drosseln und behutsam fahren. ( 🧵Zusammenfassung/9).
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2)Wissenschaftliche Evidenzen zu negieren. Evidenzen, Anekdoten, Gerüchte, und Meinungen gleichberechtigt nebeneinander zu diskutieren. Wider besseren Wissens krude Behauptungen in die Welt gesetzt zu haben.
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Solange wir über Masken sprechen als sei es eine Gängelung kommen wir aus der Pandemie nicht raus. Wir haben nun auch sauberes Trinkwasser in Reaktion auf frühere Pandemien und ich sehne mich nicht nach dem Davor zurück. Und Zähneputzen gegen Karies ist auch allgemein akzeptiert.
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I sincerely hope this HIGHLY SPECULTIVE thread will turn out to be false alarm!.Big shoutout to all colleagues that already shared valuable information. @PeacockFlu .@CorneliusRoemer .@Mike_Honey_ . and those I missed. 13/.
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Heute, Mittwoch, 3. Tag nach den Ferien. In der Schule unserer Kinder wurden immer noch keine PCR Tests gemacht weil keine Testkits da sind. 🤬.
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#Omikron BA.1 vs. BA.2: Eine dänische Haushalts-Studie gibt wichtigen Aufschluss über Infektiösität und Immunschutz. Das ermöglicht eine Spekulation, was zu erwarten ist. (1/9).
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Our immune system works a bit like the guy with a hammer: every problem looks like a nail. This phenomenon is called antigenic sin. Once we have an antibody repertoire, we try to tackle similar viruses with the old repertoire. 5/
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PPS: Erklärung bezüglich Rhino-Interferenz: Coronawellen kommen antizyklisch mit Schnupfen. Und die Schulanfangs-Rotznasen sind durch 😏 . Daten aus den USA von
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Der Krieg in der Ukraine, das unerträgliche Leiden und die ohnmächtige Wut lässt Covid-19 in den Hintergrund treten. Bei aller notwendigen Fokussierung auf den Frieden gilt es trotz allem auch die Pandemie weiter im Auge zu behalten. (1/9).
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This was somewhat expected, because we knew that Omicron has accumulated enough change to be poised for complete immune escape. 8/.
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"Wenn dieses wissenschaftsfeindliche Klima weiter um sich greift, machen wir einen Schritt weiter zur Bananenrepublik." Peter Klimek, November 2021.
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5)Demonstrationen vor Krankenhäusern organisiert zu haben. Menschen bedroht zu haben. Menschen diffamiert zu haben.
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While #Omicron BA.1 leads the race, the little sister BA.2 is catching up in numbers. They are rather different with likely functional implications. BA.2 might be more immune evasive in RBD, less in NTD. And due to reduced mutation load in NTD maybe different fusion properties?
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3)Nachweislich falsche und gänzlich unbelegte Behauptungen über Impfschäden verbreitet zu haben.
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Kürzere Ansteckungsintervalle und hohe Infektiösität bei #Omicron. Was bedeuten die Omicron Mutationen für die Fusion mit der Zelle und unsere erste Immunantwort? Das Daten-Puzzle fügt sich zusammen. Hier zunächst die Funktion des Spike-Proteins:.(1/11).
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In another very impressive study, Xiaoliang Sunney Xie and colleagues study many current sub-sub variants comprehensively. 3/.
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Liebe verantwortlichen Politiker, lieber Herr Gesundheitsminister @johannes_rauch , die Wahl ist geschlagen, das böse C-Wort kann keine Ergebnisse mehr verhageln. Bitte sorgen Sie dafür, dass die von Ihnen gekauften 1.2 Mio Impfdosen in die Oberarme kommen!.3/.
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Die B.1.1.7 Variante mit der "Südafrika" Mutation E484K breitet sich in Tirol exponentiell aus, weil sie infektiöser ist als die normale Südafrika-Variante B.1.351. Testen alleine reicht nicht mehr, Zeit für verordnete Kontaktreduktion.
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4)Egoistische Karriereambitionen oder Profit über Menschenleben gesetzt zu haben.
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Was ist mit Omicron zu erwarten? Ein🧵 zu den wichtigsten Erkenntnissen:. 1/7) Die Omicron Welle kommt. UK erwartet sie schon im Dezember. Hier ist der Beginn durch Mangel an Daten etwas unsicher, aber ebenfalls sehr bald zu erwarten. Spätestens Januar.
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To achieve this, current variants specifically mutate in the remaining surfaces of the spike protein that were not mutated yet. Therefore, we observe the same mutations again and again: convergent evolution (orange). 10/
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Bei aller Euphorie über die mit Omikron mildERen Verläufe behalten wir bitte im Auge, dass sich die Risiken mit den Inzidenzwerten multiplizieren.
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The number of 8 additional mutations in BA.2.75 is remarkable, Delta had 8 in spike in total. 3 mutations can make a huge difference (BA.5). Thus the 11 Mutations distinct between BA.5 and BA.2.75 could allow for yet another wave as BA.5 immunity might not protect. 12/.
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„Wenn du dich in Situationen der Ungerechtigkeit neutral verhältst, hast du dich auf die Seite des Unterdrückers gestellt.“.Desmond Tutu.
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Können wir bitte JETZT mit der Vorbereitung auf die nächste Covid- und Influenza Saison beginnen? Nach der Welle ist vor der Welle!. Impfziel festlegen, systematisch herausfinden wie erreichbar, im Sommer vorbereiten, im Herbst umsetzen. 5. Covidwinter.
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Sehr wichtige Preprint-Studie aus China zum Zoo an neuen BA.2 Varianten BA.2.12.1 (NYC) sowie BA.4/5 (S.A.) und anderen wurde gerade publiziert. 1/8
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Mutations of BA.2.86 are obviously not at random places but to specifically evade immunity against RBD & NTD. Number of independent cases growing suspiciously fast. While still uncertain, big wave after the currently growing Eris wave becoming more likely.
#Covid #SARSCoV2 BA.2.86 saltation mutation schematic. Changes in red highlight differences to BA.2 progenitor spike. Large number in RBD, RBM and NTD. This is mocked up on a BA.1 Spike structure.
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This strategy limits our immune response, but importantly makes it faster and over time can generate and select antibodies that work against a wide range of variants. So there is a reason for it. 6/.
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„Durchseuchung“ mag eine Option für die sein, die Selbstvertrauen in ihre persönliche Gesundheit haben. Für viele von uns stellt dieses Szenario aber eine echte Drohkulisse dar. Für all jene müssen wir einen dichten Schutzschirm spannen bevor wir die Endemie einläuten. (🧵 8/9).
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Please read the wonderful threads by the authors themselves for a detailed summary, I will focus on the main take-away. 4/.
Sharing our investigation on the unprecedented convergent RBD evolution of BA.2.75 and BA.5 on sites including 346, 356, 444-446, 450, 460, 486, which have generated highly concerning variants such as BA.2.75.2, BR.1, BJ.1, and BQ.1.1. (1/n).
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With the cold season starting in the northern hemisphere now incidence has begun to rise e.g. in several European countries. So far this is not primarily driven by the new variants, only mutation of 346 in BA.4/5 plays some role. 11/.
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The BA.5 wave in Austria coincided with school holidays in summer. Looks like kids are making up for it now (green line).
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"Pandemie der Ungeimpften" war verkürzt, ja. Aber In der Delta-Welle waren Ungeimpfte tatsächlich vielfach häufiger schwer krank und hospitalisiert. Diese Wahrheit müssen wir schon verteidigen. Danach hatten fast alle irgendeine Form von Immunisierung.
Hospitalisierungs-Inzidenz nach #Impfstatus: Inzidenz der hospitalisierten #COVID19 Fälle getrennt nach Geimpften und Ungeimpften – Ergänzung heute im #Wochenbericht: S. 29 ff. #ÄrmelHoch #ImpfenSchuetzt #ZusammenGegenCorona
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🧵 The number of recent SARS-CoV-2 genomes analysed and shared is a disgrace. Numbers since July 1st:.Africa: 50.Asia: 7.7k.Europe: 2.8k.North America: 7.1k.Oceania: 1k.South America: 92. Europe must do better! Only some European countries still provide limited sequencing:
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Im Gegensatz zur Impfung bringt die Erkrankung an SARS-CoV2 potentiell Langzeitfolgen mit sich: Long-Covid. Es gibt schlichtweg keine Daten wie häufig Long-Covid bei #Omicron ist. Bei „Durchseuchung“ also ein unabschätzbares Risiko. (🧵 7/9).
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Die Welle war lange erwartet. Nein, sie kommt nicht überraschend. Die Vorbereitung auf selbige ist praktisch abwesend. Wer nicht impft ist gewissermassen selber schuld. Wer keinen Impfstoff oder sogar kein Paxlovid bekommt ist aber unverschuldet im Risiko. 3/.
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Das sei nur ein Anfang. Ich würde mich freuen, wenn wir hier weitere Punkte sammeln könnten, die nicht Auslegungssache sind sondern eklatante Fehler. Wenn die Verantwortlichen diese dann eingestanden haben, dann kommt die Aufarbeitung der Pandemie endlich vernünftig in Fahrt.
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- In den USA liegen schon >100 000 MENSCHEN im Krankenhaus. - Es trifft auch nicht nur "die anderen", in Dänemark sind 70% der Hospitalisierten geimpft. -Das Argument "ich bin jung, gesund und mir passiert eh nix"widerspricht allen Grundsätzen unserer Gesellschaft. Vergessen?.
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Wenn hunderttausende gleichzeitig krank sind, dann leiden nicht nur die Intensivstationen. Bei jeder (zukünftigen) Welle muss es das Ziel sein, die Anzahl der Infizierten so gering wie möglich zu halten. Nicht nach dem Motto:Im Krieg gibt es eben Opfer!1/2.
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Deshalb: JedeR hat es selbst in der Hand, das Umfeld im privaten und beruflichen sicher zu gestalten. Reden wir uns nicht immer auf den Staat raus, denn wir wollen keinen Polizeistaat. Nach 2 Jahren Pandemie wissen wir genau wie wir uns schützen, handeln wir danach! .(5/5).
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@lungendoc Für mich hat die Maske viel Freiheit gebracht. Sie hat Begegnungen ermöglicht und infektionsfrei gehalten. Ablegen gerne, aber der Begriff freedom day ist historisch falsch, ignorant gegenüber Vulnerablen, und irreführend.
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🇦🇹 After 114 next generation sequencing runs without a single failed one and a total of 217 302 successfully sequenced SARS-CoV-2 samples this is the final SARSeq report for Austria. The pipeline was a very successful partnership of academia and the state of Austria. 1/
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@neuwirthe Ein skandalöser Sager, der vom Misverständnis der Rolle der Experten zeugt. Politiker -und nur diese- entscheiden. Denn Experten können und sollen per Definition gemäss ihrer Expertise sprechen, nicht viele Gesellschaftsaspekte integrieren. Ich brauch Bier oder Psychopharmaka🙃.
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Es geht auch nicht darum, nochmals einen letzten Covid Winter oder eine letzte Welle zu durchtauchen. Es geht darum, sich an die bis auf weiteres neue Realität zu adaptieren. “Adapt or perish, now as ever, is nature's inexorable imperative.” HG Wells.
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Nun zeigt auch das wirklich gute Abwassermonitoring in Tirol ein deutliches Signal: Die Schätzung ergibt bis zu 4% der Bevölkerung Covid positiv. 1/n.
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The lineage was noticed already a month ago, you can follow the details and expansion in this pango-designation issue:.Thanks to all the colleagues keeping such good track of the variant-zoo!.2/7.
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Aus aktuellem Anlass: Doch, die Doppelwelle war vorhersehbar. Und zwar im Januar. Und im Interview mit @EvaStanzl auch diskutiert.
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Bei der Wahl der Massnahmen gegen die Pandemie wäre es übrigens sehr hilfreich zunächst mal das Ziel klar zu definieren. Das wird aber offensichtlich immer unschärfer.
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BJ.1 is a BA.2 sublineage with 14 additional mutations in spike (plus others). What is immediately obvious is, that the many new mutations cluster densly in the receptor binding domain and the NTD antibody binding “supersite”. 3/7
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First pandemic summer society was so naiv to think it's over after the lockdown. Second summer we were overly optimistic to think vaccination ended it. This summer we just declare it over without any good argument and without infrastructural adaptation.
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Diese fortgesetzte Mangelwirtschaft um die Paxlovid Beschaffung ist untragbar. Wer übernimmt die Verantwortung anstatt weiter zu verdunkeln? Gibt bekanntlich klare Zuständigkeiten.
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The new SARS-CoV-2 variant BA.2.86 is really not just another BA.2 but an entirely refurbished virus. Not even Omicron really, rather Pi. It was thus called Pirola now for better communication.
More cases of the highly mutated BA.2.86 variant being detected in additional countries and it now looks like we will need a way to communicate about it more easily. After much discussion among variant trackers, we've decided to nickname BA.2.86 "Pirola".
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Für mich zusammengenommen ein schwerer gesundheitspolitischer Fehler. Pandemic resilience?. Spoiler: Im Winter 2024/25 gibt es immer noch Corona. Machen wir es da besser? 4/.
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Winter is coming and with it Covid-19 is back. While the variants remain dynamic, the pandemic exhaustion has led to a critically low degree of surveillance. Here are all available European sequences collected in November as of this morning. (eg 20 from Germany, seriously?!?) 1/2
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Nachdem #Omicron BA.2 wohl Omicron BA.1 verdrängen wird, gilt es nun ebenfalls zu verstehen, ob und in welchem Masse dies alles auch für BA.2 gilt. Erstaunlich, was dieses Virus an Haken schlägt. Beeindruckend, wie schnell die Wissenschaft Antworten liefert. 👏🏼👏🏼👏🏼 .(11/11).
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