Yoshitaka Moriwaki
@Ag_smith
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とある文京区のラボォです。タンパク質の立体構造とバイオインフォマティクスに興味があります。I'm interested in protein bioinformatics. ORCID: 0000-0003-0448-9790
Bunkyo-ku, Tokyo, Japan
Joined August 2008
かつて私がパソコンのことで困ったとき、助けになったのはどこかのおっさんの書いた備忘録的ブログ記事でした。.今では私がどこかのおっさん。書くのはもちろん備忘録的なブログ記事。.なぜなら、私もまたどこかのおっさんだからです（進次郎構文）.
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Wikipedia「平家物語に祇園精舎の鐘の声とあるが、インドの祇園精舎に本来鐘はなかった。しかし日本人の団体が1981年に祇園精舎に鐘をプレゼントしたので今は存在する。」. これもうわけわからんな？.
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財務省や文科省はノーベル賞が基礎研究に与えられた点でもめっちゃ不満顔してそう（最近応用応用ばっかり言ってる）.
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昨日の獣医さんたちの会話.A「（ヒトの）ちっちゃい男の子って電車🚃好きですよね。あれなんでなんだろう？女の子はそうでもないことが多いし。」.B「サルの実験だけど、どうやらオスは電車に限らず『なんか細長いやつ』が本能的に好き、という論文があるらしくて、修学旅行先での木刀も同じ理屈かも」.
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ん？この制度、もし大学卒業後にまだ扶養に入ったままになることが許されるなら、大卒後即新卒入社する風潮が変化して、ゆっくり会社を選べるようになるとか自分探しの旅とか大学院進学とか寝そべり族とかが社会的に許されるようになる……？？？.
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うちらの学会ではスーツを着用しないよと言ったら「意味がわからない。学会でスーツ着用はマナーでしょう」って反応したワシと同専攻の昔のB4もいれば「裸でなければいいじゃん。服で発表内容が変わるんか？」っていう物理・数学専攻のベテランの反応もあるわけで、このへんは分野の文化の違いよね.
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この修論書く時期毎年言ってるんだけど、MS Wordは神ツールなのでもっと神のことをちゃんと勉強するべき.特にWordのスタイル機能と見出し機能、図表番号の自動ナンバリングと自動参照機能の4つを知らずにWord使って論文を書こうとしてWordはクソとか言っちゃうのは神に対する冒涜.
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単位が足りなくて卒業直前に学生本人に電話がかかってきて驚く事例、聞いたことがないわけではないが、そのうち1件は当該学生が「これは私の運命ですね、じゃあ留年じゃなくて退学するッス」ってさらっと本当に辞めた事例を知ってる。そのときワシはとんでもねえ大物やなと感心した。.
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数学者相手のデートだと「それって0に近づけたらどうなるの？」「無限大になるとどうなるの？」だけ言ってれば勝手に色々喋ってくれる上に大満足されるからチョロいみたいな話が.
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ある学生の修論のwordファイルのファイルサイズが200MBを超えていて、保存ボタン押してから保存完了するのに1分くらいグルグル回ってるケースに今年遭遇したのですが、原因はいくつかの画像のファイルサイズが15MBになっており、さらに調べてみると（続）.
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ワシ、ウェブブラウザのタブを同時に開いている数が10を超えることないんだけど（いらないものは消していく）、ナウなヤングたちは普通に50個100個くらい開いたままなのを見ると、メモリが少なかった時代に生きた人間として「これが時代か……」ってなる（適当）.
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「授業料は教育を享受する学生が負担」って、その理屈ならなんで学部学科によらず授業料が一律設定なんですかね？おかしくないですかね？.
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三角関数ってのはものの例えで、要は真面目に数学を勉強して働くより、同じ数字遊びなら、社会人の時の蓄えや親族から受け継いだ資産の運用テクを学んだ方がもっと簡単に儲かるんだから、これからの若い人たちはみんなそうしなよ、って言いたいのが真の狙いなんでは？と思った.
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大学院生になるためにはまず出願書を期限内提出しないといけないわけだが、これがまた意外と難関で、ふつうに出し忘れて隠れ院死した（orしそうになった）例は見てる範囲でも3件あった 院試合格後の手続き期限切れ院死も含めて.
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その画像はまずイラレで図を描き（1MBくらい）、それをパワポに貼り、そこで文字や矢印オブジェクトを追加してから、それらをまとめてパワポからwordにコピペしたところファイルサイズが爆増していた（15MB）ということだった.
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最近、訳あって高校生物の資料集をペラペラめくって眺めてるけど（※業務ではない）、生物は物理や化学と違って教科書のアップデートが激しいよね。酵素・DNAの構造的な記述とか一昔前からすごく詳しくなってる。教える先生はついて行くのに大変だったりしないのかな。.
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やりました！！AlphaFold2の完全動作完了です！！！！. ……そして……恐ろしいことに……未発表の結晶構造データで試してみたのに予測構造が実験結果と寸分の狂いなく本当に一致している……（画像なし）.同日発表のRoseTTAFoldさんはそこそこ外してたのに
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この間のクリスマス飲み会.M1「今就活するか博士かで悩んでるんですけれど、どうして博士課程行こうと思ったんですか！？」.ワシ「朝起きれなかったから 今となっては朝起きないといけないんだけど」.先輩「社会に興味がなかったから 今となっては社会人ぽくしなきゃいけないんだけど」.うーんこの.
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長年たけのこの里派でしたが、キーボード打ち込み業が激しくなってくるにつれ、きのこの山はクッキー部分が露出していてそこを触れば手が汚れないということに感銘を受けてから、きのこの山に改宗したワシ.
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阪神がもしアレした場合の大騒ぎに対応するよう大阪府警が繁華街を中心に1300人待機する厳戒態勢を敷いているのを聞いて「じゃあオリックスがアレしたら何人必要？」と尋ねたら「オリックスファンは数が少ないし、みんなお行儀が良いので警備いらん」と返された話好き.
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NTTは民間企業でありながら法律（日本電信電話株式会社等に関する法律・第一条）によって研究することを強制されている日本で唯一の企業って聞いたことあるゾ.
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【プレスリリース】早起きは三文の損: 朝型人間の夜ふかしと、夜型人間の早起きが生産性低下と関連 .ようやく時代が追いついたか…….
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AlphaFold2 can also predict heterocomplexes. All you have to do is input the two sequences you want to predict and connect them with a long linker.
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10年くらい昔、計数工学とかの理論・計算系のある助教の先生が言っていた「研究の結果だけ言えば、一般的な修士学生が2年で出す結果は、自分の2週間〜2ヶ月のがんばり以下。ただその学生の経験値はしっかり貯まってるので、博士以降も続ければ時間がかかった分の元が取れる。」ってのは、（続）.
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この間、研究室の20周年OB/OG大規模オフ会があったんだけど、東京科学大学の名刺見せたとき「（……知らない大学……）」って反応が半分くらいあって、「東工大と医科歯科大って10月から合併するんですよ」という説明を繰り返すことになった。.𝙎𝘾𝙄𝙀𝙉𝘾𝙀 𝙏𝙊𝙆𝙔𝙊でキャッキャしてる場合違うで.
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少し前に、地元出身で現在某省庁の官僚をずっと務めている同期に会ったのだけれど、「政治家がなにか新しい法案を作ろう・改正しようと言い出すとね、官僚としてはなんとかして表面上の体裁を保ちつつ、実際にはうまいこと骨抜きにするように調整してるんです。」という話が出て、.
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「AlphaFoldの予測構造って物理化学的性質を陽に扱ってないんですよ 結合長とか電荷とか原子体積とか水素結合とか全然計算せずに学習したパラメータから『こうなるやろ』で出してるので」って物理系の人に説明したらだいたいこう言われる
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>結婚相談所で理系の男性を希望したら、やってきた男が農学系だった…やってきた男性が農学専攻でドン引きした. なんだァ？ぽめぇ….
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「6年解けなかった構造があっさり」──タンパク質の“形”を予測する「AlphaFold2」の衝撃 GitHubで公開、誰でも利用可能に > 伏信進矢教授は「6年間解けなかった分子の結晶構造があっさり解けた」とコメント。.
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病院「こちら処方箋でーす」.ワシ「薬局ってどちらですか？」.病院「皆さんあちらの方に歩いていかれますねー」.これなんで三店方式にしてんの？.
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大学院は大学の中の組織の1つであり、大学院生も学生であることを考えると、「大学生」って大学院生も含まれていいよなと思う.
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DeepMindのDemis Hassabis氏.・13歳でジュニアのチェス世界ランカー.・17〜20歳頃はゲームデザイナーで、ともに開発した「テーマパーク」は数百万本売れた.・20代はゲーム会社を経営.・30前後でAI開発のために脳神経科学の博士課程に入り、いくつかの有名な業績を残す.・34歳でDeepMind社を立ち上げる.
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この感じだといずれこの科学技術の有識者枠に有名YouTuberとかTikTokerとかが入ってきてもおかしくないなあ.
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> つまり、DeepLといったようなAIベースの翻訳ツールを使う際に「翻訳が間違っているとわかるだけの英語力」が必要なのと同様に、AlphaFold2を適切に使うには、そのために必要な素養を適切に身に着けている必要があるであろうということです。. これ.
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ワシのツイートがNature系列誌のreferenceに載って認められるなんて、これが一番びっくりやで🤪.
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世界中の研究者「へぇ〜TwitterのYoshitaka Moriwakiって人が複合体予測できることに気付いたんだ どんなひとなのかTwitter見てみよ」(ﾎﾟﾁ. （ワシの普段のツイート）. 「あっ……」. こんなんどうしようもないやん.
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もしかして鶴見理研や横浜市立大学の研究者はときどき神奈川県警に捕まって人知れず精神病院送りにされている可能性が……？.
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こないだミネソタ大学の教員方と色々お話しする機会があったけど.ワシ「最近はChatGPTのおかげで英語論文書きやすくなりましたねー」.准教授「我々もめっちゃ使い倒してるよ」.ワシ「え？現地の方々も使ってるんですか？」.准教授「そらそうよ。論文表現とか参考になりまくりよ。」.へぇーってなった。.
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環境構築ってそんな難しくないんだけど、巷の情報にはとりあえず「.bash_profileにexport PATH追記しとけ」「condaいれとけ」「pipつかえ」が溢れてるので、それらが複数混ざった結果意図せず環境破壊が起きたときへの対処法が本とかに書かれてないのが難しいんよね.
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ここ半年くらいほとんど研究というよりは勉強してばかりなんだけど、大学学部でやるべきだった基礎の学び直しと新分野の論文を読んで体系だった勉強を、今ここでやらないともうこの先絶対やれるチャンスがないよなという勘が働いているので、今やれていることには満足している.
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「研究者が金儲けなんて…」って思う人は、レオナルド・ダ・ヴィンチが金稼ぎのためにミラノ公国の君主に送った全力靴舐め打算120%の手紙を読むと驚愕しますよ。徹底した「軍事に役立ちまっせ」アピールで顧客のニーズを刺し、「芸術がやりたいねん」という本性は最後の最後でチラつかせるだけ、そして
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> 実験は簡単で、小さな金属製の容器にアルミホイルと一滴の水、そして二酸化炭素を入れて機械でシェイクしただけです。（略）その実験の最中、パソコン画面上の分析グラフで天然ガスのメタンが生まれた証拠が現れたときの感動は忘れられません。. ？？？.
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博士課程の入試は、今は内部の修士課程からであれば、修士論文さえ出せば事実上合格になることが多いので、就活を名目として修士の2年間まるで研究せず、サークル活動に打ち込み、修士論文は実質10ページで提出し、それでいて博士課程に進学しようとした例も（うちの専攻じゃないけど）あるからね・・.
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> （東大の）農学部の権力は絶大。東大は、農学部の意向に反するような決定はできない。. これマジ？やはり時代は農学やな（適当）.
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明日10月1日からの新名称を尋ねられた時、東京科学大学と答える者は現役の学生・教職員ではない。現役の者ならば今日まで延々とメール等で𝙎𝘾𝙄𝙀𝙉𝘾𝙀 𝙏𝙊𝙆𝙔𝙊と答えるよう訓練を受けてきたからだ。.
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調べてみたらカイジの借金額は第1章「エスポワール」開始時点で385万円、第2章「鉄骨渡り」開始時点で600万円、第3章「沼」開始時点で1000万円前後だったし、ほーんって感じだった（D進並感）.
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第一種のみ借りるとして.学部卒業時点「240万円」.修士卒業時点「460万円」.博士卒業時点「900万円」. おっ、カイジの借金額みたいやな？.
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「政治家は現状を破壊するのが仕事、官僚は現状を維持するのが仕事」ってほんまなんやなぁとしみじみ感じた。.なので、「だから政治家がアホやと官僚に丸め込まれて何も変わらないんですね〜」とも思った。.
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なんなら実験系の研究室に入った学生で初日から研究室に来なくても「リモートを認めないのは時代にそぐわない！多様性の時代！」って言って実験をせず卒業を要求する学生もいるらしい.
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修士の修了式の日の研究室卒業生の記念撮影のとき.M2のAさん「はじめまして、Aです。」.M2のBさん「はじめましてー」.N2のCさん「はじめましてー」.
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いま大学に残っている研究者勢、師が世界的研究者のブルーブラッドか何でもできるストロングスタイルか将来設計という考えが皆無のオプティミストサバイバーのいずれかなのでは.
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